| 中文摘要 | 第10-14页 |
| 英文摘要 | 第14-19页 |
| 符号说明 | 第20-22页 |
| 第一章 研究背景 | 第22-43页 |
| 1.1 肺癌及肺腺癌概况 | 第22-24页 |
| 1.1.1 肺癌 | 第22页 |
| 1.1.2 肺腺癌 | 第22-23页 |
| 1.1.3 肺腺癌治疗及相关的分子病理研究 | 第23-24页 |
| 1.2 基因芯片技术及其在肿瘤中的应用 | 第24-25页 |
| 1.2.1 基因表达谱芯片技术 | 第24页 |
| 1.2.2 肿瘤研究领域基因表达谱的应用 | 第24-25页 |
| 1.3 生物信息学概况及基因表达谱数据库 | 第25-26页 |
| 1.3.1 生物信息学概况 | 第25-26页 |
| 1.3.2 基因表达谱数据库 | 第26页 |
| 1.4 基因表达谱通路富集分析 | 第26-28页 |
| 1.4.1 数据预处理 | 第26-27页 |
| 1.4.2 差异表达基因 | 第27页 |
| 1.4.3 信号通路 | 第27-28页 |
| 1.4.4 信号通路与肺腺癌治疗 | 第28页 |
| 1.5 蛋白质相互作用网络 | 第28-31页 |
| 1.5.1 蛋白质相互作用 | 第28-29页 |
| 1.5.2 网络 | 第29-31页 |
| 附图 | 第31-33页 |
| 参考文献 | 第33-43页 |
| 第二章 构建肺腺癌基因相互作用网络的新方法 | 第43-77页 |
| 2.1 前言 | 第43-44页 |
| 2.2 材料和方法 | 第44-50页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第44-45页 |
| 2.2.2 数据预处理 | 第45-46页 |
| 2.2.3 数据集整合 | 第46页 |
| 2.2.4 差异表达基因的筛选 | 第46-47页 |
| 2.2.5 差异表达基因的基因相互作用网络构建 | 第47-49页 |
| 2.2.5.1 STRING数据库分析 | 第47页 |
| 2.2.5.2 DCGL软件包分析 | 第47-48页 |
| 2.2.5.3 EB法 | 第48页 |
| 2.2.5.4 WGCNA法 | 第48-49页 |
| 2.2.5.5 四种蛋白互作网络构建方法的基因相关值的转换和结合 | 第49页 |
| 2.2.6 拓扑学分析 | 第49-50页 |
| 2.2.7 通路富集分析 | 第50页 |
| 2.3 结果 | 第50-54页 |
| 2.3.1 数据预处理 | 第50-51页 |
| 2.3.2 差异表达基因筛选 | 第51页 |
| 2.3.3 基因相互作用网络构建及拓扑学分析 | 第51-53页 |
| 2.3.4 通路富集分析 | 第53-54页 |
| 2.4 讨论 | 第54-56页 |
| 2.5 结论 | 第56-57页 |
| 附图表 | 第57-72页 |
| 参考文献 | 第72-77页 |
| 第三章 肺腺癌发展进程中激活通路的研究 | 第77-93页 |
| 3.1 前言 | 第77-78页 |
| 3.2 材料和方法 | 第78-79页 |
| 3.2.1 数据收集 | 第78页 |
| 3.2.2 数据预处理 | 第78页 |
| 3.2.3 数据集整合 | 第78-79页 |
| 3.2.4 差异表达基因的筛选 | 第79页 |
| 3.2.5 基因相互作用网络构建 | 第79页 |
| 3.2.6 通路富集分析 | 第79页 |
| 3.2.7 通路活性分析 | 第79页 |
| 3.3 结果 | 第79-81页 |
| 3.3.1 差异表达基因的筛选 | 第79-80页 |
| 3.3.2 基因相互作用网络构建及分析 | 第80页 |
| 3.3.3 通路富集分析 | 第80页 |
| 3.3.4 通路活性分析 | 第80-81页 |
| 3.4 讨论 | 第81-83页 |
| 3.5 结论 | 第83-85页 |
| 附图表 | 第85-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 第四章 总结与展望 | 第93-95页 |
| 4.1 总结 | 第93页 |
| 4.2 主要创新点 | 第93-94页 |
| 4.3 展望 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 攻读博士学位期间发表和待发表的论文 | 第96-97页 |
| 英文论文1 | 第97-118页 |
| 英文论文2 | 第118-132页 |
| 附件 | 第132页 |