| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 英文縮略词表 | 第13-14页 |
| 前言 | 第14-18页 |
| 材料和方法 | 第18-38页 |
| 1. 研究对象 | 第18页 |
| 2. 实验材料 | 第18-20页 |
| ·主要仪器与设备 | 第18-19页 |
| ·主要试剂与耗材 | 第19页 |
| ·主要生物分析软件与在线工具 | 第19-20页 |
| 3. 实验方法 | 第20-30页 |
| ·样品采集 | 第20页 |
| ·样品处理和保存 | 第20-21页 |
| ·血细胞分类计数 | 第21页 |
| ·CD4 T细胞绝对计数 | 第21-23页 |
| ·病毒载量测定 | 第23-24页 |
| ·血浆RNA提取 | 第24-26页 |
| ·巢式PCR(nested-PCR)扩增gag序列 | 第26-27页 |
| ·PCR扩增产物鉴定 | 第27-30页 |
| ·HLA分型 | 第30页 |
| 4. 序列分析 | 第30-34页 |
| ·序列拼接、清理和比对 | 第30-31页 |
| ·亚型判定和系统进化分析 | 第31-33页 |
| ·遗传多样性分析 | 第33-34页 |
| 5. 人群水平上HLA相关多态性(HLA-AP)分析 | 第34-36页 |
| ·人群水平上HLA-APs的鉴定 | 第34-36页 |
| ·鉴别HLA相关的表位多态性 | 第36页 |
| ·HLA相关多态性位点作图(mapping) | 第36页 |
| ·HLA相关的多态性氨基酸位点数及突变氨基酸数与临床指标(pVLCD4 T计数)的关系 | 第36页 |
| 6. 数据分析 | 第36-38页 |
| 结果 | 第38-58页 |
| 1. 研究对象基本信息 | 第38页 |
| 2. HLA I类等位基因在研究对象中的分布 | 第38-42页 |
| 3. HIV-1 B’gag基因变异特征分析 | 第42-45页 |
| ·系统进化分析 | 第42-44页 |
| ·gag基因变异特征分析 | 第44-45页 |
| 4. HLA相关多态位点鉴别 | 第45-52页 |
| ·PDN方法计算样本序列HLA相关的多态性位点(HLA-APs) | 第45-48页 |
| ·HLA-APs在CTL表位内外的分布 | 第48-52页 |
| 5. HLA-APs与临床指标(pVL、CD4 T)的相关性 | 第52-58页 |
| 讨论 | 第58-63页 |
| 1. HLA在样本人群的分布特点 | 第58页 |
| 2. HIV-1 B’gag基因变异特征 | 第58-59页 |
| 3. H1V-1 B’gag蛋白HLA-APs在样本人群的分布特点 | 第59-60页 |
| 4. HIV-1 B’gag蛋白HLA-APs在CTL表位间的分布特点 | 第60-61页 |
| 5. HIV-1 B’gag蛋白HLA-APs与HIV适应性的关系 | 第61页 |
| 6. 问题与思考 | 第61-63页 |
| 小结 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 附表 | 第68-93页 |
| 综述 | 第93-100页 |
| 参考文献 | 第97-100页 |
| 个人简介 | 第100-101页 |
| 论文发表情况 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102页 |
