| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-21页 |
| ·共进化概述 | 第9-10页 |
| ·共进化计算方法及应用 | 第10-14页 |
| ·残基水平的共进化计算方法 | 第11-12页 |
| ·蛋白水平的共进化计算方法 | 第12-14页 |
| ·直系同源序列与共进化分析 | 第14-19页 |
| ·直系同源物识别方法 | 第15-18页 |
| ·常用同源数据库 | 第18-19页 |
| ·蛋白质二级结构元件共进化研究进展 | 第19-21页 |
| 2 数据集与方法 | 第21-31页 |
| ·数据集 | 第21-23页 |
| ·数据集下载 | 第21-22页 |
| ·数据集预处理 | 第22-23页 |
| ·方法 | 第23-31页 |
| ·蛋白质二级结构元件相互作用的定义 | 第23页 |
| ·理化性质的定义和计算 | 第23-25页 |
| ·共进化分析模型的核心算法 | 第25-27页 |
| ·共进化分析流程 | 第27-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-47页 |
| ·二级结构元件间相互作用的共进化分析 | 第31-36页 |
| ·二级结构元件的两种模型的共进化 | 第36-47页 |
| 4 讨论 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-59页 |
| 附录1 | 第59-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 个人简介 | 第77页 |