玉米两个亚基因组与调控途径的关系研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 插图或附表清单 | 第9-11页 |
| 注释说明清单 | 第11-12页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-20页 |
| ·禾本科基因组倍增历史和现状 | 第13-15页 |
| ·水稻基因组 | 第13-14页 |
| ·高粱基因组 | 第14-15页 |
| ·玉米基因组 | 第15页 |
| ·玉米两个亚基因组的形成和分化 | 第15-16页 |
| ·玉米调控途径的研究 | 第16-19页 |
| ·调控途径下的通路数据库 | 第17-18页 |
| ·玉米调控途径研究现状 | 第18-19页 |
| ·研究目标及意义 | 第19-20页 |
| 第2章 理论分析 | 第20-27页 |
| ·序列比对 | 第20-23页 |
| ·动态规划算法 | 第20-22页 |
| ·BLAST 算法 | 第22-23页 |
| ·共线性分析 | 第23-24页 |
| ·点阵图的构建 | 第23页 |
| ·基因组水平的共线性分析 | 第23-24页 |
| ·系统发育分析 | 第24-27页 |
| ·系统发育树的概念 | 第24-25页 |
| ·构建系统发育树的基本流程 | 第25页 |
| ·构建系统发育树方法的选择 | 第25-27页 |
| 第3章 玉米和高粱的比较基因组学分析 | 第27-31页 |
| ·玉米和高粱同源基因搜索 | 第27-28页 |
| ·数据与材料 | 第27页 |
| ·玉米和高粱基因序列相似性的计算 | 第27-28页 |
| ·玉米和高粱基因组的共线性分析 | 第28-31页 |
| ·构建玉米和高粱基因组水平点阵图 | 第28-30页 |
| ·玉米和高粱基因组的共线模块分析 | 第30-31页 |
| 第4章 玉米两个亚基因组的统计学研究 | 第31-45页 |
| ·玉米染色体中两亚基因组基因的分布 | 第31-33页 |
| ·数据与材料 | 第31页 |
| ·全基因组中两亚基因组基因的分布 | 第31-32页 |
| ·代谢通路中亚基因组基因的分布 | 第32页 |
| ·两亚基因组基因染色体分布的趋势分析 | 第32-33页 |
| ·玉米两亚基因组基因序列长度的统计分析 | 第33-37页 |
| ·两亚基因组基因长度的偏向性统计检验 | 第37-40页 |
| ·双样本 t 检验的基本步骤 | 第37-38页 |
| ·全基因组中两亚基因组基因序列长度的 t 检验 | 第38-39页 |
| ·代谢基因中两个亚基因组基因序列长度的 t 检验 | 第39-40页 |
| ·代谢通路中两亚基因组基因保留的统计检验 | 第40-44页 |
| ·卡方检验的具体步骤 | 第40-41页 |
| ·两亚基因组基因保留差异显著的代谢通路 | 第41-42页 |
| ·代谢通路的功能分析 | 第42-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第5章 玉米代谢通路下亚基因组基因的进化分析 | 第45-58页 |
| ·问题描述 | 第45页 |
| ·构建通路层系统发育树的方法概述 | 第45-46页 |
| ·玉米 C4光合通路中两亚基因组基因的进化分析 | 第46-51页 |
| ·pepc 基因的进化分析 | 第47-49页 |
| ·ppdk 基因的进化分析 | 第49-50页 |
| ·NADP-me 基因的进化分析 | 第50-51页 |
| ·玉米糖酵解通路中两亚基因组基因的进化分析 | 第51-56页 |
| ·数据与材料 | 第52-53页 |
| ·磷酸果糖激酶编码基因的进化分析 | 第53页 |
| ·丙酮酸激酶编码基因的进化分析 | 第53-56页 |
| ·小结 | 第56-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 附录A 数据表 | 第63-74页 |
| 附录B 程序 | 第74-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 导师简介 | 第85-86页 |
| 导师简介 | 第86-87页 |
| 作者简介 | 第87-88页 |
| 学位论文数据集 | 第88页 |
