| 摘要 | 第1-7页 |
| 图目录 | 第7-8页 |
| 表目录 | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-21页 |
| ·选题意义 | 第9-13页 |
| ·蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学 | 第9-10页 |
| ·蛋白质磷酸化修饰位点的生物信息学问题 | 第10-11页 |
| ·本文研究内容和目标 | 第11-13页 |
| ·蛋白质磷酸化修饰位点规则挖掘与预测现状 | 第13-19页 |
| ·Consensus Sequence规则挖掘 | 第13-15页 |
| ·磷酸化修饰位点预测方法 | 第15-19页 |
| ·本文贡献及内容结构 | 第19-21页 |
| 第二章 蛋白质磷酸化修饰位点数据及分析 | 第21-33页 |
| ·蛋白质磷酸化位点预测的数据来源 | 第21-23页 |
| ·磷酸化修饰蛋白质数据库 | 第21-22页 |
| ·氨基酸性质数据库 | 第22-23页 |
| ·激酶分类数据库 | 第23页 |
| ·样本集合 | 第23-28页 |
| ·样本构造 | 第23-24页 |
| ·样本集合构造 | 第24-28页 |
| ·氨基酸性质数据预处理 | 第28-29页 |
| ·修饰位点邻近序列氨基酸种类分布 | 第29-33页 |
| 第三章 基于支持向量机的蛋白质磷酸化修饰位点预测算法 | 第33-43页 |
| ·支持向量机方法简介 | 第33-34页 |
| ·PredPhospho采用的特征提取与选择方法 | 第34-35页 |
| ·特征提取方法改进探索 | 第35-38页 |
| ·采用不同特征构造提取方法的实验结果及分析 | 第38-39页 |
| ·特征选择方法改进 | 第39-41页 |
| ·改进特征选择方法的SVM磷酸化位点预测实验结果及分析 | 第41-43页 |
| 第四章 基于AdaBoost的蛋白质磷酸化位点预测方法AproPhos | 第43-53页 |
| ·AdaBoost算法简介 | 第43-45页 |
| ·AproPhos磷酸化位点预测方法 | 第45-47页 |
| ·利用Fisher可分性判据选择氨基酸性质 | 第45-46页 |
| ·利用AdaBoost算法进行特征选择 | 第46-47页 |
| ·分类器训练 | 第47页 |
| ·AproPhos磷酸化位点预测方法实验结果及分析 | 第47-53页 |
| 第五章 蛋白质磷酸化修饰位点规则抽取方法 | 第53-63页 |
| ·AdaBoost规则抽取算法 | 第53-57页 |
| ·基本思想 | 第53-54页 |
| ·基于AdaBoost算法的规则抽取算法 | 第54-55页 |
| ·规则修剪算法 | 第55-57页 |
| ·AdaBoost规则抽取算法实验结果及分析 | 第57-60页 |
| ·抽取规则的分类性能实验结果及分析 | 第57-60页 |
| ·抽取规则正确性验证实验结果及分析 | 第60页 |
| ·小结 | 第60-63页 |
| 第六章 串联质谱碎片离子分子式预测系统FFP | 第63-71页 |
| ·背景介绍 | 第63-65页 |
| ·FFP分子式预测算法 | 第65-67页 |
| ·FFP算法性能分析 | 第67-68页 |
| ·FFP分子式预测系统介绍 | 第68-71页 |
| 第七章 结束语 | 第71-73页 |
| ·本文工作总结 | 第71-72页 |
| ·下一步研究方向 | 第72-73页 |
| 附录A：PhosphoBase中出现的激酶按激酶group和家族分类表 | 第73-75页 |
| 附录B：Fisher可分性判据筛选得到前五名氨基酸性质 | 第75-77页 |
| 附录C：多肽 VLDALDSIK 的质谱中的一些离子的同位素模式 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
| 作者简历 | 第87页 |
