| 中文摘要 | 第1-11页 |
| 英文摘要 | 第11-14页 |
| 本文所用主要缩略词 | 第14-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-36页 |
| 第一章 棉纤维发育相关基因和EST研究进展 | 第15-23页 |
| 1 已克隆的棉纤维发育相关基因 | 第15-20页 |
| 2 棉纤维发育EST研究 | 第20-23页 |
| ·EST的基本概念 | 第20页 |
| ·EST的获取 | 第20页 |
| ·EST的应用 | 第20-21页 |
| ·鉴定新基因 | 第20-21页 |
| ·制备基因芯片 | 第21页 |
| ·用于分子标记开发 | 第21页 |
| ·棉纤维发育相关EST研究进展 | 第21-23页 |
| 第二章 棉花分子遗传图谱研究进展 | 第23-35页 |
| 1 分子遗传图谱应用的分子标记 | 第23页 |
| 2 SSR | 第23-25页 |
| 3 EST-SSR | 第25-27页 |
| ·EST中SSR的检测 | 第25-27页 |
| ·非冗余EST的获得 | 第25页 |
| ·SSR-EST的获得 | 第25-26页 |
| ·EST-SSR引物设计 | 第26页 |
| ·EST-SSR标记的开发与应用 | 第26-27页 |
| 4 SNP | 第27-28页 |
| ·基于SNP的SNAP标记 | 第27-28页 |
| ·基于SNP的RFLP和CAPs标记 | 第28页 |
| 5 遗传连锁图谱的作图群体 | 第28-29页 |
| ·单交组合所产生的F_2代或由其衍生的F_(2:3)家系 | 第28-29页 |
| ·重组近交系(Recombinant Inbred Line,RIL) | 第29页 |
| ·加倍单倍体(Doubled Haploids,DH)群体 | 第29页 |
| ·回交群体 | 第29页 |
| 6 遗传图谱的构建 | 第29-30页 |
| 7 棉花分子遗传图谱研究进展 | 第30-34页 |
| 8 棉花分子遗传图谱研究存在的问题 | 第34-35页 |
| 本研究的目的与意义 | 第35-36页 |
| 第二部分 研究报告 | 第36-87页 |
| 第三章 棉花EST-SSR的开发及定位 | 第36-72页 |
| 1 材料与方法 | 第37-43页 |
| ·植物材料 | 第37页 |
| ·EST来源 | 第37-38页 |
| ·EST中SSR的搜索 | 第38页 |
| ·EST-SSR引物开发 | 第38-39页 |
| ·EST-SSR标记的命名 | 第39页 |
| ·DNA的提取 | 第39-40页 |
| ·SSR扩增和电泳 | 第40-42页 |
| ·SSR反应体系 | 第40-41页 |
| ·SSR PCR程序 | 第41页 |
| ·SSR PCR扩增产物的PAGE/银染检测 | 第41-42页 |
| ·DNA片段的回收、连接、转化、测序和序列分析 | 第42页 |
| ·遗传作图 | 第42-43页 |
| ·功能分析 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-66页 |
| ·EST-SSR的特征 | 第43-48页 |
| ·亚洲棉EST-SSR的特征 | 第43-44页 |
| ·陆地棉EST-SSR的特征 | 第44-47页 |
| ·来源于陆地棉7235和徐州142 EST-SSR的特征 | 第44-45页 |
| ·来源于陆地棉TM-1 EST-SSR的特征 | 第45-47页 |
| ·亚洲棉和陆地棉大于18bp的EST-SSR特征分析 | 第47-48页 |
| ·EST-SSR引物的开发 | 第48页 |
| ·EST-SSR测序鉴定 | 第48-49页 |
| ·EST-SSR遗传图谱的构建 | 第49-63页 |
| ·锚定标记的选择与连锁群的构建 | 第49-50页 |
| ·EST-SSR图谱的主要特征 | 第50-53页 |
| ·重复位点在染色体上的分布特征 | 第53-54页 |
| ·四倍体棉种遗传图谱的总特征 | 第54-63页 |
| ·EST-SSR功能分析 | 第63-66页 |
| ·EST-SSR功能分类 | 第63-65页 |
| ·多态EST-SSR的功能分析 | 第65-66页 |
| ·定位的功能基因 | 第65页 |
| ·功能基因在染色体上的分布 | 第65-66页 |
| 3 讨论 | 第66-72页 |
| ·EST-SSR是具有功能的标记 | 第66-68页 |
| ·SSR设定的标准 | 第68-69页 |
| ·EST-SSR引物的多态率 | 第69页 |
| ·EST-SSR位点分布 | 第69-70页 |
| ·四倍体棉花遗传图谱的长度的估计 | 第70页 |
| ·EST-SSR在棉花基因组研究中的应用 | 第70-72页 |
| 第四章 2个棉纤维发育相关基因的SNPs研究及定位 | 第72-87页 |
| 1 材料与方法 | 第73-75页 |
| ·材料 | 第73页 |
| ·方法 | 第73-75页 |
| ·引物设计 | 第73-74页 |
| ·DNA提取、PCR扩增、回收、克隆、测序及分析 | 第74页 |
| ·CAPs标记开发 | 第74页 |
| ·SNAP标记开发 | 第74-75页 |
| 2 结果和分析 | 第75-84页 |
| ·四倍体棉种中FbL2A和FIF1的克隆和SNP分析 | 第75-80页 |
| ·四倍体棉种中FbL2A的克隆和SNP分析 | 第75-78页 |
| ·四倍体棉种中FIF1的克隆和SNP分析 | 第78-80页 |
| ·基于SNP的标记开发 | 第80-83页 |
| ·CAPs标记 | 第80-81页 |
| ·SNAP标记 | 第81-83页 |
| ·基因的染色体定位 | 第83-84页 |
| 3 讨论 | 第84-87页 |
| ·四倍体棉花基因的克隆 | 第84-85页 |
| ·棉花的SNPs标记及其基因定位 | 第85-87页 |
| 全文结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-100页 |
| 附表1 | 第100-157页 |
| 附表2 | 第157-193页 |
| 附表3 | 第193-226页 |
| 发表论文及参与课题 | 第226-227页 |
| 致谢 | 第227页 |
