| 中文摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 1 文献综述 | 第15-53页 |
| 1．1 中国养鸡业发展趋势及对地方品种资源多样性的影响 | 第15-17页 |
| 1．2 鸡种遗传资源 | 第17-20页 |
| 1．2．1 中国地方鸡遗传资源的起源与驯化 | 第17-18页 |
| 1．2．2 中国红色原鸡与我国家鸡起源关系的遗传学证据 | 第18-19页 |
| 1．2．3 中国地方鸡品种资源现状 | 第19-20页 |
| 1．3 中国地方鸡品种遗传多样性研究和保护的紧迫性 | 第20-21页 |
| 1．4 群体遗传结构研究方法 | 第21-26页 |
| 1．4．1 形态学水平 | 第22页 |
| 1．4．2 生理生化水平 | 第22-23页 |
| 1．4．3 细胞遗传学水平 | 第23页 |
| 1．4．4 分子遗传学水平 | 第23-26页 |
| 1．5 中国地方鸡遗传多态性研究现状 | 第26-32页 |
| 1．5．1 形态学水平的遗传多态性 | 第26页 |
| 1．5．2 染色体水平的遗传多态性 | 第26-27页 |
| 1．5．3 生理生化水平的遗传多态性 | 第27-28页 |
| 1．5．4 DNA水平的遗传多态性 | 第28-32页 |
| 1．6 鸡MHC | 第32-49页 |
| 1．6．1 MHC的研究背景 | 第32-34页 |
| 1．6．2 鸡MHC基因结构、功能及研究现状 | 第34-49页 |
| 1．6．2．1 鸡MHC B区基因家族成员及其结构 | 第34-40页 |
| 1．6．2．2 鸡MHC基因功能 | 第40-45页 |
| 1．6．2．3 鸡MHC的研究进展 | 第45-49页 |
| 1．7 鸡的产蛋性状主效基因及其侯选基因研究进展 | 第49-53页 |
| 2 本研究的目的和意义 | 第53-54页 |
| 3 材料与方法 | 第54-73页 |
| 3．1 材料 | 第54-58页 |
| 3．1．1 样品 | 第54-56页 |
| 3．1．1．1 血样采集 | 第54页 |
| 3．1．1．2 组织样品 | 第54页 |
| 3．1．1．3 产蛋性状资料 | 第54-56页 |
| 3．1．2 培养基、酶及试剂盒 | 第56页 |
| 3．1．3 菌株 | 第56页 |
| 3．1．4 主要试剂及配制 | 第56-57页 |
| 3．1．5 主要仪器设备 | 第57-58页 |
| 3．1．6 主要分子生物学软件及数据库 | 第58页 |
| 3．1．6．1 主要分子生物学软件 | 第58页 |
| 3．1．6．2 常用分子生物学数据库 | 第58页 |
| 3．2 方法 | 第58-73页 |
| 3．2．1 用RACE方法获取鸡MHC B-G基因cDNA全长序列的方法 | 第58-63页 |
| 3．2．1．1 用于基因分离的引物设计 | 第58-59页 |
| 3．2．1．2 总RNA提取、检测、DNase-I处理及纯化 | 第59-60页 |
| 3．2．1．3 RNA的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第60页 |
| 3．2．1．4 RACE技术 | 第60-61页 |
| 3．2．1．5 RACE、RT-PCR产物的纯化、克隆、鉴定和测序 | 第61-62页 |
| 3．2．1．6 DNA序列同源性检索鉴定 | 第62-63页 |
| 3．2．1．7 cDNA序列分析 | 第63页 |
| 3．2．1．8 主要组织相容性抗原的抗原性分析 | 第63页 |
| 3．2．2 MHC B-LBⅡ和B-G基因第二外显子序列的多态性检测方法 | 第63-67页 |
| 3．2．2．1 全血裂解法提取基因组DNA | 第63-64页 |
| 3．2．2．2 PCR扩增引物设计 | 第64页 |
| 3．2．2．3 PCR扩增条件 | 第64-65页 |
| 3．2．2．4 PCR扩增产物的纯化、克隆、鉴定和测序 | 第65页 |
| 3．2．2．5 PCR扩增产物的同源性检索 | 第65页 |
| 3．2．2．6 MHC B-LBⅡ和B-G基因第二外显子序列多态性分析 | 第65页 |
| 3．2．2．7 MHC B-LBⅡ和B-G等位基因的命名 | 第65-67页 |
| 3．2．3 用PCR-RFLP方法检测鸡B-LBⅡ和B-G基因的多态性 | 第67页 |
| 3．2．3．1 PCR扩增条件 | 第67页 |
| 3．2．3．2 限制性酶切条件 | 第67页 |
| 3．2．3．3 用PCR-RFLP方法进行基因分型 | 第67页 |
| 3．2．3．4 B-LBⅡ和B-G基因遗传多态位点基因型和等位基因频率分析 | 第67页 |
| 3．2．4 用PCR-SSCP方法检测鸡B-G基因的遗传多态性 | 第67-68页 |
| 3．2．4．1 PCR扩增B-G基因片段 | 第67页 |
| 3．2．4．2 PCR产物检测 | 第67-68页 |
| 3．2．5 基因与性状的关联分析方法 | 第68-69页 |
| 3．2．6 群体遗传结构分析方法 | 第69-73页 |
| 3．2．6．1 个体PCR-RFLP基因型检测 | 第69页 |
| 3．2．6．2 品种内的遗传变异参数统计分析方法 | 第69-70页 |
| 3．2．6．3 品种间的遗传变异参数统计分析方法 | 第70-73页 |
| 4 结果 | 第73-128页 |
| 4．1 鸡MHC B-G基因的分离、鉴定及相关研究 | 第73-77页 |
| 4．1．1 鸡的总RNA提取与检测结果 | 第73页 |
| 4．1．2 B-G基因的cDNA及RACE扩增结果 | 第73-74页 |
| 4．1．3 B-G基因的cDNA及氨基酸序列分析 | 第74-76页 |
| 4．1．4 B-G抗原分子的抗原性预测 | 第76-77页 |
| 4．2 MHC B-G基因第二外显子序列遗传变异分析 | 第77-85页 |
| 4．2．1 B-G基因第二外显子序列遗传多态性分析 | 第77-84页 |
| 4．2．1．1 B-G基因第二外显子片段扩增结果 | 第77-78页 |
| 4．2．1．2 所分离的B-G基因片段的序列分析与鉴定 | 第78页 |
| 4．2．1．3 B-G新等位基因的发现 | 第78-82页 |
| 4．2．1．4 B-G等位基因间的系统发生分析 | 第82-84页 |
| 4．2．2 B-G抗原分子Ig-V结构域抗原性分析 | 第84-85页 |
| 4．3 MHC B-LBⅡ基因第二外显子序列遗传变异分析 | 第85-97页 |
| 4．3．1 B-LBⅡ基因第二外显子遗传多态性分析 | 第85-89页 |
| 4．3．1．1 B-LBⅡ基因第二外显子序列扩增结果 | 第85页 |
| 4．3．1．2 所分离的B-LBⅡ基因片段的序列分析与鉴定 | 第85-86页 |
| 4．3．1．3 B-LBⅡ新等位基因的发现 | 第86页 |
| 4．3．1．4 B-LBⅡ新等位基因第二外显子序列遗传多态性分析 | 第86-89页 |
| 4．3．1．5 B-LBⅡ新等位基因β1结构域氨基酸序列比较 | 第89页 |
| 4．3．2 B-LBⅡ抗原分子β1结构域抗原性分析 | 第89-90页 |
| 4．3．3 B-LBⅡ等位基因间的系统发生分析 | 第90-91页 |
| 4．3．4 禽类B-LBⅡ基因与哺乳动物MHC Ⅱ类β基因第二外显子序列遗传多态性 | 第91-97页 |
| 4．3．4．1 MHCⅡ类β基因第二外显子序列相似性比较 | 第91-92页 |
| 4．3．4．2 MHCⅡ类β基因第二外显子序列的核苷酸相对替换率比较 | 第92-93页 |
| 4．3．4．3 MHCⅡ类β基因第二外显子所编码的β1结构域氨基酸序列比较 | 第93-95页 |
| 4．3．4．4 家禽与哺乳动物间的系统发生关系分析 | 第95-97页 |
| 4．4 MHC B-LBⅡ和B-G基因的遗传变异与PCR-RFLP多态性检测结果 | 第97-120页 |
| 4．4．1 MHC B-LBⅡ基因的第二外显子突变与PCR-RFLP多态性检测 | 第97-114页 |
| 4．4．1．1 MHC B-LBⅡ基因第二外显子突变的发现 | 第97页 |
| 4．4．1．2 B-LBⅡ基因第二外显子AluI酶切位点多态性的检测 | 第97-101页 |
| 4．4．1．3 MHC B-LBⅡ基因第二外显子序列CaⅡ,CfrI和HinlI三个酶切位点的遗传变异检测 | 第101-102页 |
| 4．4．1．4 B-LBⅡ基因第二外显子CaⅡ酶切位点遗传多态性分析 | 第102-104页 |
| 4．4．1．5 MHC B-LBⅡ基因第二外显子CfrI酶切位点遗传多态性分析 | 第104-105页 |
| 4．4．1．6 MHC B-LBⅡ基因第二外显子Hinl I酶切位点遗传多态性分析 | 第105-106页 |
| 4．4．1．7 MHC B-LBⅡ基因第二外显子Hinf I酶切位点多态性的检测 | 第106-109页 |
| 4．4．1．8 MHC B-LBⅡ基因第二外显子Rsa I酶切位点多态性的检测 | 第109-112页 |
| 4．4．1．9 MHC B-LB基因第二外显子BsuRI酶切位点多态性的检测 | 第112-114页 |
| 4．4．2 MHC B-G基因第二外显子的遗传变异与PCR-RFLP多态性检测 | 第114-120页 |
| 4．4．2．1 MHC B-G基因第二外显子两个酶切位点的的遗传变异检测 | 第114-115页 |
| 4．4．2．2 MHC B-G基因第二外显子MspI酶切位点的多态性分析 | 第115-116页 |
| 4．4．2．3 MHC B-G基因第二外显子TasI酶切位点的多态性分析 | 第116-118页 |
| 4．4．2．4 MHC B-G基因第一内含子BsuRI酶切位点多态性的检测 | 第118-120页 |
| 4．5 B-LBⅡ和B-G基因的PCR-RFLP多态位点与鸡部分经济性状间的关联分析 | 第120-123页 |
| 4．5．1 B-LBⅡ基因三个酶切多态位点与产蛋性状间的关联分析 | 第120-121页 |
| 4．5．2 B-G基因的第二外显子两个酶切多态位点与产蛋性状间的关联分析 | 第121-122页 |
| 4．5．3 B-G基因的第一内含子BsuR I酶切位点与产蛋性状间的关联分析 | 第122-123页 |
| 4．6 群体遗传结构分析 | 第123-128页 |
| 4．6．1 各品种内的遗传变异 | 第123-124页 |
| 4．6．2 品种问的遗传变异 | 第124-128页 |
| 4．6．2．1 各品种间的遗传分化 | 第124-125页 |
| 4．6．2．2 各品种间的遗传距离 | 第125-128页 |
| 5 讨论 | 第128-142页 |
| 5．1 新基因全长cDNA的分离 | 第128-129页 |
| 5．2．1 总RNA的提取与RNA质量 | 第128页 |
| 5．2．2 关于克隆全长cDNA的RACE方法 | 第128-129页 |
| 5．2 关于鸡MHC抗原分子的抗原性预测 | 第129页 |
| 5．3 B-G基因的遗传变异分析 | 第129-130页 |
| 5．3．1 B-G基因第二外显子序列的多态性分析 | 第129-130页 |
| 5．3．2 B-G抗原类Ig-V结构域氨基酸序列遗传变异 | 第130页 |
| 5．4 B-G等位基因不均衡分布与系统发生分析 | 第130-131页 |
| 5．5 B-LBⅡ基因的遗传变异分析 | 第131-132页 |
| 5．5．1 B-LBⅡ基因第二外显子序列的遗传变异分析 | 第131页 |
| 5．5．2 B-LBⅡ基因第二外显子序列多态性的进化机制 | 第131-132页 |
| 5．6 MHCⅡ类β基因第二外显子序列相似性比较 | 第132-133页 |
| 5．6．1 家禽B-LBⅡ基因与哺乳动物Ⅱ类β基因第二外显子序列的比较 | 第132页 |
| 5．6．2 不同动物种类间的系统发生关系分析 | 第132-133页 |
| 5．7 关于鸡MHC等位基因的命名 | 第133页 |
| 5．8 鸡B-LBⅡ基因和B-G基因PCR-RFLP多态性检测 | 第133-134页 |
| 5．8．1 PCR-RFLP多态性检测 | 第134页 |
| 5．8．2 PCR-RFLP用于B-LBⅡ等位基因检测的因素分析 | 第134页 |
| 5．9 MHC PCR-RFLP多态位点与鸡部分经济性状间的关联分析 | 第134-135页 |
| 5．10 地方鸡种群体遗传结构分析 | 第135-142页 |
| 5．10．1 PCR-RFLP分子标记与群体遗传结构分析 | 第135-136页 |
| 5．10．2 地方鸡品种内遗传变异 | 第136-137页 |
| 5．10．3 地方鸡品种间的遗传变异 | 第137-142页 |
| 5．10．3．1 品种间遗传分化 | 第137-138页 |
| 5．10．3．2 品种间基因流 | 第138-139页 |
| 5．10．3．3 品种间遗传距离 | 第139-142页 |
| 6 小结 | 第142-145页 |
| 参考文献 | 第145-155页 |
| 附录1 缩略词表 | 第155-156页 |
| 附录2 B-LBⅡ基因扩增片段PCR-SSCP电泳分型图 | 第156-157页 |
| 在读期间发表论文题录 | 第157-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
