模拟退火遗传算法在生物多序列比对中的应用研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-18页 |
| 1 研究背景和意义 | 第9-10页 |
| 2 序列比对基础知识 | 第10-14页 |
| ·序列比对概述 | 第10页 |
| ·序列比对分类 | 第10页 |
| ·空位罚分 | 第10-11页 |
| ·相似性得分矩阵 | 第11-12页 |
| ·多序列比对算法评价基准数据集 | 第12-13页 |
| ·CLUSTALX | 第13-14页 |
| 3 生物信息学中序列比对算法的现状 | 第14-16页 |
| ·双序列比对的算法现状 | 第14页 |
| ·多序列比对算法现状 | 第14-16页 |
| 4 研究的主要内容及方法 | 第16页 |
| 5 本章小结 | 第16-18页 |
| 第二章 模拟退火遗传算法的构建 | 第18-29页 |
| 1 遗传算法 | 第18-23页 |
| ·遗传算法的基本技术 | 第18-20页 |
| ·遗传算法的主要运行参数 | 第20页 |
| ·遗传算法的优越性和不足 | 第20-22页 |
| ·标准遗传算法的流程图 | 第22-23页 |
| ·标准遗传算法的形式化描述 | 第23页 |
| 2 模拟退火算法 | 第23-25页 |
| ·模拟退火算法的基本思想 | 第23-24页 |
| ·模拟退火算法的参数控制问题 | 第24-25页 |
| ·模拟退火算法的优点和不足 | 第25页 |
| 3 模拟退火遗传算法的构建 | 第25-28页 |
| ·遗传算法“早熟”产生的原因 | 第25-26页 |
| ·模拟退火遗传算法的提出 | 第26页 |
| ·模拟退火遗传算法的特点 | 第26-27页 |
| ·本研究提出的模拟退火遗传算法流程图 | 第27-28页 |
| 4 本章小结 | 第28-29页 |
| 第三章 模拟退火遗传算法在多序列比对中的应用 | 第29-46页 |
| 1 引言 | 第29页 |
| 2 多序列比对问题的数学模型 | 第29-30页 |
| 3 MSA-GASA的简单描述 | 第30页 |
| 4 MSA-GASA的设计 | 第30-39页 |
| ·编码设计 | 第30-32页 |
| ·初始化种群 | 第32页 |
| ·适应度函数 | 第32-33页 |
| ·遗传算子 | 第33-37页 |
| ·群体更新 | 第37页 |
| ·算法终止条件 | 第37-38页 |
| ·模拟退火参数的设计 | 第38-39页 |
| 5 算法的实现 | 第39-45页 |
| ·试验环境 | 第39页 |
| ·试验算法的参数 | 第39页 |
| ·试验数据 | 第39-42页 |
| ·试验设计 | 第42页 |
| ·试验结果与分析 | 第42-45页 |
| 6 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 全文总结 | 第46-48页 |
| 1 总结 | 第46页 |
| 2 展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 作者简介 | 第53页 |
