| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-44页 |
| ·系统生物学 | 第10-22页 |
| ·系统生物学的产生与发展 | 第10-14页 |
| ·系统生物学的内涵 | 第14-18页 |
| ·系统生物学的研究方法 | 第18-20页 |
| ·系统生物学目前存在的问题 | 第20-22页 |
| ·代谢组学和代谢网络建模 | 第22-31页 |
| ·代谢组学 | 第23-25页 |
| ·代谢网络的研究进展及重要性 | 第25-31页 |
| ·经典的流平衡分析建模方法 | 第31-41页 |
| ·流平衡分析方法的产生 | 第31-34页 |
| ·代谢网络的平衡稳态 | 第34-35页 |
| ·约束的数学表示 | 第35-37页 |
| ·微分等式约束 | 第37-39页 |
| ·求解条件 | 第39-41页 |
| ·本研究的主要内容及组织 | 第41-44页 |
| ·论文的主要工作 | 第41-42页 |
| ·论文的组织 | 第42-44页 |
| 第二章 C_3植物光合作用代谢网络动态模型 | 第44-100页 |
| ·C_3植物光合作用代谢途径的特性 | 第44-54页 |
| ·光合作用代谢的重要性 | 第44-45页 |
| ·光合作用系统的主要代谢途径 | 第45-52页 |
| ·干旱对光合作用的影响 | 第52-53页 |
| ·高CO_2浓度对光合作用的影响 | 第53-54页 |
| ·动态流平衡分析DFBA的数理基础 | 第54-67页 |
| ·最优控制理论 | 第54-56页 |
| ·动态规划 | 第56-60页 |
| ·非线性插值有限元素数值求解方法 | 第60-64页 |
| ·最优控制理论为基础的动态流平衡分析方法 | 第64-67页 |
| ·C_3植物叶绿体光合作用代谢网络动态模型的构建 | 第67-75页 |
| ·简化代谢反应机理的必要性 | 第67-68页 |
| ·简化光合作用代谢网络的原则 | 第68-70页 |
| ·光合作用代谢网络的简化结果 | 第70-71页 |
| ·C_3植物叶绿体光合作用代谢网络的建模 | 第71-75页 |
| ·动态模拟结果与讨论 | 第75-99页 |
| ·基于DFBA方法的C_3植物光合作用代谢网络动态模拟 | 第75-82页 |
| ·基于MOMA最优化原则的C_3植物光合作用动态模拟 | 第82-89页 |
| ·基于M-DFBA最优化原则的C_3植物光合作用动态模拟 | 第89-99页 |
| 本章小结 | 第99-100页 |
| 第三章 光合作用代谢网络的协同性分析 | 第100-114页 |
| ·代谢网络的基本特征 | 第100-103页 |
| ·代谢网络的复杂性 | 第100-102页 |
| ·代谢网络的鲁棒性 | 第102-103页 |
| ·系统的互信息特征 | 第103-107页 |
| ·互信息的提出和发展 | 第103-105页 |
| ·互信息在生物医学中的应用 | 第105-107页 |
| ·光合作用代谢系统的互信息度量 | 第107-113页 |
| ·光合作用代谢系统的协调性 | 第107-108页 |
| ·互信息计算结果与讨论 | 第108-113页 |
| 本章小结 | 第113-114页 |
| 第四章 小麦光合作用代谢网络动态模型 | 第114-130页 |
| ·缺水对小麦的影响 | 第114-115页 |
| ·小麦的光合作用代谢网络的重要性 | 第114页 |
| ·干旱对小麦光合作用的制约性 | 第114-115页 |
| ·小麦光合作用代谢网络动态模型的构建 | 第115页 |
| ·干旱扰动的动态模拟结果与讨论 | 第115-129页 |
| ·基于DFBA方法的小麦光合作用代谢网络动态模拟 | 第115-118页 |
| ·基于MOMA最优化原则的小麦光合作用动态代谢网络 | 第118-121页 |
| ·基于M-DFBA最优化原则的小麦光合作用动态代谢网络 | 第121-124页 |
| ·小麦光合作用代谢系统的互信息度量 | 第124-129页 |
| 本章小结 | 第129-130页 |
| 第五章 总结与展望 | 第130-134页 |
| ·总结 | 第130-132页 |
| ·展望 | 第132-134页 |
| 附录Ⅰ | 第134-135页 |
| 附录Ⅱ | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
