| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-37页 |
| ·兔属动物分类及系统学研究进展 | 第12-25页 |
| ·兔属动物的分类 | 第12-15页 |
| ·兔属动物系统进化关系研究进展 | 第15-17页 |
| ·中国野兔分类 | 第17-20页 |
| ·中国野兔的地理区划 | 第20-23页 |
| ·兔属起源 | 第23-24页 |
| ·兔类研究工作的展望及存在的问题 | 第24-25页 |
| ·分子系统地理学研究进展 | 第25-30页 |
| ·发展简史及主要研究工具 | 第25-27页 |
| ·研究内容和应用 | 第27-29页 |
| ·前景 | 第29-30页 |
| ·现代系统发育学研究常用的系统发育重建方法 | 第30-37页 |
| ·最大简约法（Maximum Parsimony） | 第30-31页 |
| ·最大似然法（Maximum Likelihood） | 第31-32页 |
| ·距离法（Distance Methods） | 第32-33页 |
| ·系统树可靠性检验 | 第33页 |
| ·贝叶斯法（Bayesian Methods） | 第33-35页 |
| ·小结 | 第35-37页 |
| 第二章 塔里木兔的群体遗传学研究 | 第37-79页 |
| ·序言 | 第37-39页 |
| ·材料和方法 | 第39-45页 |
| ·样品收集 | 第39-42页 |
| ·总DNA 提取 | 第42页 |
| ·PCR 引物设计 | 第42页 |
| ·PCR 扩增及测序测定 | 第42-43页 |
| ·排序及数据统计分析 | 第43页 |
| ·群体分析 | 第43-45页 |
| ·系统分析及外群的选择 | 第45页 |
| ·结果 | 第45-71页 |
| ·序列特征 | 第45-46页 |
| ·系统发育分析 | 第46-51页 |
| ·中介网络图的构建 | 第51-53页 |
| ·单倍型分布和群体遗传多样性 | 第53-60页 |
| ·种群系统地理结构 | 第60-71页 |
| ·讨论 | 第71-79页 |
| ·塔里木兔群体遗传结构 | 第71-73页 |
| ·塔里木兔群体的系统地理结构 | 第73-74页 |
| ·冰期避难所及冰期后扩张 | 第74-76页 |
| ·塔里木兔的亚种分化 | 第76-77页 |
| ·保护管理建议 | 第77-79页 |
| 第三章 新疆草兔的群体遗传学研究 | 第79-97页 |
| ·研究背景 | 第79-80页 |
| ·材料和方法 | 第80-85页 |
| ·样品收集 | 第80-81页 |
| ·总DNA 提取 | 第81-82页 |
| ·PCR 引物设计 | 第82页 |
| ·PCR 扩增及测序测定 | 第82页 |
| ·排序及数据统计分析 | 第82-83页 |
| ·群体分析 | 第83-84页 |
| ·系统分析及外群的选择 | 第84-85页 |
| ·结果 | 第85-92页 |
| ·序列特征 | 第85页 |
| ·系统发育分析 | 第85-87页 |
| ·中介网络图 | 第87-88页 |
| ·草兔群体的遗传多样性及遗传结构 | 第88-92页 |
| ·讨论 | 第92-97页 |
| ·新疆草兔的遗传多样性 | 第92-93页 |
| ·新疆草兔的遗传分化与遗传结构 | 第93-95页 |
| ·亚种分化 | 第95-97页 |
| 第四章 新疆兔属动物的系统发育、分类及基因渗透 | 第97-129页 |
| ·研究背景 | 第97-99页 |
| ·材料和方法 | 第99-104页 |
| ·样品收集 | 第99-101页 |
| ·总DNA 提取 | 第101页 |
| ·PCR 引物设计 | 第101-102页 |
| ·PCR 扩增及测序测定 | 第102页 |
| ·克隆 | 第102-103页 |
| ·排序及数据统计分析 | 第103页 |
| ·系统分析及外群的选择 | 第103-104页 |
| ·结果 | 第104-125页 |
| ·序列特征 | 第104-109页 |
| ·基于D-loop 构建的系统发育关系 | 第109-110页 |
| ·基于Cytb 构建的系统发育关系 | 第110-111页 |
| ·基于D-loop 和Cytb 合并数据构建的系统发育关系 | 第111-119页 |
| ·基于mtDNA 单独及合并数据的新疆野兔系统发育关系小结 | 第119页 |
| ·基于核基因序列的系统发育 | 第119-123页 |
| ·基于mtDNA 与核基因序列的新疆野兔系统发育关系小结 | 第123-125页 |
| ·基因渗透（Introgression） | 第125页 |
| ·讨论 | 第125-129页 |
| ·新疆野兔的亲缘关系与分类地位 | 第125-128页 |
| ·基因渗透（Introgression） | 第128-129页 |
| 第五章 结论与展望 | 第129-131页 |
| 参考文献 | 第131-153页 |
| 附录1 | 第153-157页 |
| 附录2 | 第157-159页 |
| 附录3 | 第159-160页 |
| 博士期间主持的课题和发表的论文 | 第160-161页 |
| 致谢 | 第161-162页 |
