| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第1章 绪论 | 第8-17页 |
| 1 逆转录病毒简介 | 第8-11页 |
| 1.1 逆转录病毒的基因组结构 | 第8-9页 |
| 1.1.1 gag基因 | 第8页 |
| 1.1.2 pol基因 | 第8页 |
| 1.1.3 env基因 | 第8-9页 |
| 1.1.4 附属基因 | 第9页 |
| 1.2 逆转录病毒的复制 | 第9-11页 |
| 1.2.1 吸附侵入 | 第10页 |
| 1.2.2 逆转录 | 第10页 |
| 1.2.3 翻译 | 第10页 |
| 1.2.4 组装 | 第10-11页 |
| 1.2.5 释放、成熟 | 第11页 |
| 2. 内源性逆转录病毒的研究进展 | 第11-14页 |
| 2.1 内源性逆转录病毒挖掘方法 | 第11-12页 |
| 2.2 内源性逆转录病毒的分布和进化 | 第12-13页 |
| 2.3 内源性逆转录病毒在宿主基因组中的扩增方式 | 第13页 |
| 2.4 内源性逆转录病毒对生物学的影响 | 第13-14页 |
| 3. 逆转录病毒分类系统 | 第14-15页 |
| 4. 系统发生分析方法简介 | 第15-16页 |
| 5. 本论文的研究目的及意义 | 第16-17页 |
| 第2章 低等脊椎动物基因组中内源性逆转录病毒的挖掘及内源性逆转录病毒基因组序列的构建 | 第17-40页 |
| 1. 材料方法 | 第18-32页 |
| 1.1 实验材料 | 第18-21页 |
| 1.2 同源序列搜索 | 第21-23页 |
| 1.3 拼接序列 | 第23页 |
| 1.4 序列比对 | 第23页 |
| 1.5 系统发生分析 | 第23-32页 |
| 1.6 确定全长内源性逆转录病毒序列 | 第32页 |
| 1.7 逆转录病毒基因组一致序列重建 | 第32页 |
| 2. 结果 | 第32-38页 |
| 2.1 内源性逆转录病毒的挖掘 | 第32-36页 |
| 2.2 内源性逆转录病毒基因组一致序列构建结果 | 第36-38页 |
| 3. 讨论 | 第38-40页 |
| 第3章 逆转录病毒系统发生分析和分类 | 第40-50页 |
| 1. 材料与方法 | 第40-45页 |
| 1.1 代表性逆转录病毒 | 第40-45页 |
| 1.2 序列比对 | 第45页 |
| 1.3 文件格式转换 | 第45页 |
| 1.4 系统发生分析 | 第45页 |
| 2. 结果 | 第45-48页 |
| 2.1 逆转录病毒系统发生分析 | 第45页 |
| 2.2 逆转录病毒主要支系的宿主范围 | 第45-48页 |
| 2.3 逆转录病毒主要支系的起源 | 第48页 |
| 3. 讨论 | 第48-50页 |
| 第4章 逆转录病毒传播模式分析 | 第50-56页 |
| 1. 材料方法 | 第50-51页 |
| 1.1 逆转录病毒无方向传播网络的构建 | 第50-51页 |
| 1.2 逆转录病毒传播模式的分析 | 第51页 |
| 2. 结果 | 第51-54页 |
| 2.1 逆转录病毒无方向传播网络 | 第51-52页 |
| 2.2 逆转录病毒与宿主传播模式分析结果 | 第52-54页 |
| 3. 讨论 | 第54-56页 |
| 第5章 逆转录病毒水陆界面上的传播 | 第56-66页 |
| 1. 方法 | 第56-62页 |
| 1.1 逆转录病毒宿主的生境归类 | 第56-61页 |
| 1.2 逆转录病毒祖先状态重建 | 第61-62页 |
| 2. 结果 | 第62-64页 |
| 2.1 逆转录病毒宿主祖先状态重建结果 | 第62页 |
| 2.2 逆转录病毒“登陆”模式的分析 | 第62-64页 |
| 3. 讨论 | 第64-66页 |
| 第6章 全文总结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |