基于距离的系统发生树构建算法研究及平台实现
| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-13页 |
| 1.3 论文的主要内容和组织结构 | 第13-14页 |
| 1.3.1 论文的主要内容 | 第13页 |
| 1.3.2 论文的组织结构 | 第13-14页 |
| 1.4 本章小结 | 第14-15页 |
| 第二章 相关知识介绍 | 第15-19页 |
| 2.1 系统发生树 | 第15-16页 |
| 2.2 系统发生树的构建方法 | 第16-18页 |
| 2.2.1 最大简约法MP | 第16-17页 |
| 2.2.2 最大似然法ML | 第17页 |
| 2.2.3 距离法 | 第17-18页 |
| 2.3 相关的算法 | 第18页 |
| 2.3.1 分割算法 | 第18页 |
| 2.3.2 完整组合向量 | 第18页 |
| 2.4 本章小结 | 第18-19页 |
| 第三章 距离法构建系统树的算法 | 第19-36页 |
| 3.1 邻接法的介绍 | 第19-24页 |
| 3.2 邻接法的改进-RapidNJ | 第24-27页 |
| 3.3 邻接法的改进-FastJoin | 第27-31页 |
| 3.4 邻接法的改进-Clearcut | 第31-32页 |
| 3.5 邻接法的改进-RandomNJ | 第32-35页 |
| 3.6 本章小结 | 第35-36页 |
| 第四章 实验设计与分析 | 第36-44页 |
| 4.1 可加的距离矩阵的实验设计与分析 | 第36-39页 |
| 4.1.1 数据来源 | 第36页 |
| 4.1.2 可加的距离矩阵实验过程 | 第36-37页 |
| 4.1.3 系统发生树的距离计算 | 第37页 |
| 4.1.4 实验结果分析 | 第37-39页 |
| 4.2 非可加的距离矩阵的实验设计与分析 | 第39-43页 |
| 4.2.1 实验数据 | 第39-40页 |
| 4.2.2 非可加的距离矩阵实验过程 | 第40页 |
| 4.2.3 无根系统发生树转化有根系统发生树 | 第40-41页 |
| 4.2.4 实验结果分析 | 第41-43页 |
| 4.3 本章小结 | 第43-44页 |
| 第五章 构建系统发生树平台的设计与实现 | 第44-56页 |
| 5.1 构建系统发生树应用程序的设计 | 第44页 |
| 5.2 构建系统发生树平台的设计 | 第44-45页 |
| 5.3 构建系统发生树平台的实现 | 第45-55页 |
| 5.3.1 开发环境 | 第45-46页 |
| 5.3.2 应用程序的实现 | 第46-47页 |
| 5.3.3 构建系统发生树平台的实现 | 第47-49页 |
| 5.3.4 核心算法的实现 | 第49-55页 |
| 5.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第六章 总结与展望 | 第56-57页 |
| 6.1 工作总结 | 第56页 |
| 6.2 工作展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
