基于线性混合模型的全基因组关联分析的算法研究
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 全基因组关联分析概述 | 第13-16页 |
| 1.1.1 全基因组关联分析 | 第13页 |
| 1.1.2 GWAS试验设计及基本分析方法 | 第13-14页 |
| 1.1.3 肉牛重要经济性状GWAS的研究 | 第14-16页 |
| 1.1.4 GWAS面临的问题 | 第16页 |
| 1.2 线性混合模型在全基因组关联分析中的应用 | 第16-19页 |
| 1.2.1 线性混合模型概述 | 第16-17页 |
| 1.2.2 基于线性混合模型的GWAS方法 | 第17-19页 |
| 1.3 复合区间作图策略对GWAS的启发 | 第19-20页 |
| 1.4 关于统计检验的探讨 | 第20-21页 |
| 1.4.1 三种常用的统计检验方法 | 第20-21页 |
| 1.4.2 多重检验的校正 | 第21页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基于复合区间作图策略的GWAS方法研究 | 第23-34页 |
| 2.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.1.1 资源群体 | 第23页 |
| 2.1.2 血样采集及基因分型 | 第23页 |
| 2.2 试验方法 | 第23-28页 |
| 2.2.1 表型性状选择及数据预处理 | 第23-24页 |
| 2.2.2 芯片数据质量控制 | 第24-25页 |
| 2.2.3 群体分层分析 | 第25页 |
| 2.2.4 统计方法 | 第25-27页 |
| 2.2.5 基因注释 | 第27-28页 |
| 2.3 结果 | 第28-32页 |
| 2.3.1 表型数据基本统计量 | 第28页 |
| 2.3.2 基因型数据预处理 | 第28页 |
| 2.3.3 群体结构及固定效应检验 | 第28-29页 |
| 2.3.4 全基因组关联分析结果 | 第29-30页 |
| 2.3.5 三种模型鉴定的SNPs和候选基因 | 第30-32页 |
| 2.4 讨论 | 第32-33页 |
| 2.5 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 应用得分检验的GWAS方法研究 | 第34-42页 |
| 3.1 试验材料 | 第34页 |
| 3.1.1 模拟数据 | 第34页 |
| 3.1.2 肉牛真实数据 | 第34页 |
| 3.2 试验方法 | 第34-36页 |
| 3.2.1 数据预处理 | 第34-35页 |
| 3.2.2 统计模型 | 第35-36页 |
| 3.2.3 假设检验 | 第36页 |
| 3.3 结果 | 第36-40页 |
| 3.3.1 模拟数据分析 | 第36-39页 |
| 3.3.2 真实数据分析 | 第39-40页 |
| 3.4 讨论 | 第40-41页 |
| 3.5 小结 | 第41-42页 |
| 第四章 全文结论 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 作者简历 | 第50页 |
