| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 符号说明 | 第14-16页 |
| 第1章 文献综述 | 第16-40页 |
| 1.1 肽 | 第16-17页 |
| 1.2 环肽 | 第17页 |
| 1.3 环肽应用 | 第17-29页 |
| 1.3.1 自组装环肽 | 第18-24页 |
| 1.3.2 西仑吉肽 | 第24-29页 |
| 1.4 环肽理论研究方法 | 第29-37页 |
| 1.4.1 化学信息学 | 第29-33页 |
| 1.4.2 分子动力学 | 第33-37页 |
| 1.5 立题依据和研究内容 | 第37-40页 |
| 1.5.1 立题依据 | 第37-38页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第38-40页 |
| 第2章 环肽纳米管的组装与货物分子传输 | 第40-58页 |
| 2.1 引言 | 第40-41页 |
| 2.2 材料与方法 | 第41-47页 |
| 2.2.1 原子模型 | 第41-43页 |
| 2.2.2 模拟基本参数 | 第43-44页 |
| 2.2.3 反平行二聚体模拟 | 第44页 |
| 2.2.4 反平行八聚体模拟 | 第44-45页 |
| 2.2.5 反平行无限长纳米管模拟 | 第45-46页 |
| 2.2.6 伞状取样模拟 | 第46页 |
| 2.2.7 货物分子传输模拟 | 第46-47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-56页 |
| 2.3.1 反平行二聚体模拟 | 第47-50页 |
| 2.3.2 反平行八聚体模拟 | 第50-52页 |
| 2.3.3 反平行无限长纳米管模拟 | 第52-53页 |
| 2.3.4 伞状取样模拟 | 第53-55页 |
| 2.3.5 货物分子传输模拟 | 第55-56页 |
| 2.4 小结 | 第56-58页 |
| 第3章 疏水型自组装环肽纳米管跨膜机制 | 第58-78页 |
| 3.1 引言 | 第58-60页 |
| 3.2 材料与方法 | 第60-66页 |
| 3.2.1 原子模型 | 第60-61页 |
| 3.2.2 粗粒化模型 | 第61-64页 |
| 3.2.3 模拟基本参数 | 第64页 |
| 3.2.4 自由跨膜 | 第64-65页 |
| 3.2.5 拉伸跨膜 | 第65页 |
| 3.2.6 伞状取样 | 第65页 |
| 3.2.7 脂双层特征参数分析 | 第65-66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-77页 |
| 3.3.1 自由跨膜 | 第66-68页 |
| 3.3.2 伞状取样 | 第68-69页 |
| 3.3.3 脂双层特征参数分析 | 第69-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-78页 |
| 第4章 两亲型自组装环肽纳米管抗菌机制 | 第78-102页 |
| 4.1 引言 | 第78-79页 |
| 4.2 材料与方法 | 第79-84页 |
| 4.2.1 原子模型 | 第79-80页 |
| 4.2.2 粗粒化模型 | 第80-81页 |
| 4.2.3 模拟基本参数 | 第81-82页 |
| 4.2.4 构建二元混合脂双层 | 第82-83页 |
| 4.2.5 平衡二元混合脂双层 | 第83-84页 |
| 4.2.6 破裂二元混合脂双层 | 第84页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第84-101页 |
| 4.3.1 构建二元混合脂双层 | 第85页 |
| 4.3.2 平衡二元混合脂双层 | 第85-91页 |
| 4.3.3 破裂二元混合脂双层 | 第91-101页 |
| 4.4 小结 | 第101-102页 |
| 第5章 环肽药物的分子对接与虚拟筛选 | 第102-116页 |
| 5.1 引言 | 第102-103页 |
| 5.2 材料与方法 | 第103-105页 |
| 5.2.1 原子模型 | 第103-104页 |
| 5.2.2 模拟基本参数 | 第104页 |
| 5.2.3 分子对接基本参数 | 第104页 |
| 5.2.4 二肽基肽酶-Ⅳ酶活抑制试验 | 第104-105页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第105-115页 |
| 5.3.1 环肽分子对接可行性研究 | 第105-108页 |
| 5.3.2 二肽基肽酶-Ⅳ抑制剂构效关系分析 | 第108-109页 |
| 5.3.3 二肽基肽酶-Ⅳ与直链肽分子对接 | 第109-112页 |
| 5.3.4 二硫键环肽分子动力学模拟 | 第112-113页 |
| 5.3.5 二肽基肽酶-Ⅳ与二硫键环肽分子对接 | 第113-114页 |
| 5.3.6 二肽基肽酶-Ⅳ酶活抑制试验 | 第114-115页 |
| 5.4 小结 | 第115-116页 |
| 第6章 结论与展望 | 第116-120页 |
| 6.1 主要结论 | 第116-117页 |
| 6.2 创新点 | 第117页 |
| 6.3 展望 | 第117-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 附录A ~(N-Met)V残基GAFF力场拓扑写入Amber99sb-ildn力场 | 第130-132页 |
| A.1 构建~(N-Met)V残基的GAFF力场拓扑 | 第130页 |
| A.2 ~(N-Met)V残基GAFF力场拓扑写入Amber99sb-ildn力场 | 第130页 |
| A.3 验证混合力场拓扑 | 第130-132页 |
| 附录B 二肽基肽酶-Ⅳ与小分子抑制剂复合物的PDB晶体结构 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第136页 |
