| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 术语、缩略词 | 第11-12页 |
| 第1章 引言 | 第12-31页 |
| 1.1 灯盏花研究进展 | 第12-18页 |
| 1.1.1 灯盏花简介 | 第12页 |
| 1.1.2 灯盏花的化学成分 | 第12-16页 |
| 1.1.2.1 类黄酮 | 第13-14页 |
| 1.1.2.2 咖啡酸酯类化合物 | 第14-15页 |
| 1.1.2.3 芳香酸类化合物 | 第15页 |
| 1.1.2.4 香豆素类化合物 | 第15-16页 |
| 1.1.2.5 吡喃酮类化合物 | 第16页 |
| 1.1.2.6 挥发油类 | 第16页 |
| 1.1.2.7 无机微量元素 | 第16页 |
| 1.1.2.8 其他有机化合物 | 第16页 |
| 1.1.3 灯盏花的应用现状及药效研究 | 第16-18页 |
| 1.2 类黄酮合成途径 | 第18-24页 |
| 1.2.1 类黄酮的化学结构 | 第18-19页 |
| 1.2.2 类黄酮在植物体中的作用 | 第19-20页 |
| 1.2.3 类黄酮生物合成途径 | 第20-23页 |
| 1.2.3.1 类黄酮合成的主要途径 | 第20-22页 |
| 1.2.3.2 类黄酮合成途径的调控 | 第22-23页 |
| 1.2.4 低氮胁迫对类黄酮生物积累的影响 | 第23-24页 |
| 1.3 转录组学研究概况 | 第24-29页 |
| 1.3.1 转录组学概念 | 第24-25页 |
| 1.3.2 转录组学研究方法 | 第25-26页 |
| 1.3.2.1 基于杂交的研究方法 | 第25页 |
| 1.3.2.2 基于测序的研究方法 | 第25-26页 |
| 1.3.3 二代测序平台介绍 | 第26-29页 |
| 1.3.3.1 Roche 454 测序系统 | 第26-27页 |
| 1.3.3.2 ABI SOLiD 测序系统 | 第27页 |
| 1.3.3.3 Illumina/Solexa 测序系统 | 第27-28页 |
| 1.3.3.4 二代测序平台的比较 | 第28-29页 |
| 1.3.4 转录组测序在药用植物研究中的应用 | 第29页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第29-31页 |
| 第2章 材料和方法 | 第31-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第31页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第31页 |
| 2.1.2 组培试剂 | 第31页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第31页 |
| 2.2 灯盏花的处理与文库制备 | 第31-33页 |
| 2.2.1 灯盏花无菌苗的生根诱导及低氮胁迫处理 | 第31-32页 |
| 2.2.2 RNA 的提取与检测 | 第32页 |
| 2.2.3 cDNA 文库的制备 | 第32-33页 |
| 2.2.4 文库测序 | 第33页 |
| 2.3 测序数据的处理与分析 | 第33-38页 |
| 2.3.1 数据处理和 de novo 组装 | 第33-34页 |
| 2.3.1.1 原始数据过滤 | 第33-34页 |
| 2.3.1.2 转录组 de novo 组装 | 第34页 |
| 2.3.2 Unigene 基因注释 | 第34-35页 |
| 2.3.3 差异基因表达分析 | 第35-37页 |
| 2.3.3.1 Unigene 表达水平分析 | 第35页 |
| 2.3.3.2 差异表达基因的筛选 | 第35-36页 |
| 2.3.3.3 差异表达基因的 GO 和 KEGG Pathway 显著性富集分析 | 第36-37页 |
| 2.3.4 灯盏花 SSRs 位点识别 | 第37-38页 |
| 第3章 结果和分析 | 第38-56页 |
| 3.1 测序数据输出及质量评估 | 第38-39页 |
| 3.2 转录组 de novo 组装结果及质量评估 | 第39-40页 |
| 3.3 Unigene 功能注释 | 第40-49页 |
| 3.3.1 GO 功能注释 | 第42-44页 |
| 3.3.2 COG 功能注释 | 第44页 |
| 3.3.3 KEGG Pathway 注释结果 | 第44-46页 |
| 3.3.4 Unigene 蛋白编码区预测 | 第46页 |
| 3.3.5 灯盏花类黄酮生物合成相关基因挖掘 | 第46-49页 |
| 3.4 低氮胁迫灯盏花差异表达基因分析 | 第49-54页 |
| 3.4.1 差异表达基因筛选及功能注释 | 第49页 |
| 3.4.2 DEGs 的 GO 富集分析 | 第49-51页 |
| 3.4.3 DEGs 的 KEGG 富集分析 | 第51-52页 |
| 3.4.4 类黄酮合成相关基因表达水平分析 | 第52-54页 |
| 3.5 灯盏花 SSR 分子标记的识别 | 第54-56页 |
| 第4章 讨论 | 第56-62页 |
| 4.1 转录组测序及组装 | 第56页 |
| 4.2 Unigene 功能注释 | 第56-59页 |
| 4.2.1 功能注释评价 | 第56-58页 |
| 4.2.2 类黄酮生物合成相关基因挖掘 | 第58-59页 |
| 4.3 灯盏花低氮胁迫差异表达基因的筛选与分析 | 第59-60页 |
| 4.3.1 灯盏花低氮胁迫差异表达基因筛选与富集 | 第59页 |
| 4.3.2 类黄酮合成相关基因表达水平分析 | 第59-60页 |
| 4.4 灯盏花 SSR 分子标记的识别 | 第60页 |
| 4.5 总结与展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 附录 | 第69-78页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
