| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-15页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第9-14页 |
| 1.2.1 DNA 技术 | 第9-12页 |
| 1.2.2 引物设计 | 第12-13页 |
| 1.2.3 特异性引物 | 第13-14页 |
| 1.3 研究内容 | 第14-15页 |
| 第2章 自行开发的序列特异性分析软件 | 第15-21页 |
| 2.1 引言 | 第15页 |
| 2.2 SEQUENCE-ANALYSIS 的设计 | 第15-18页 |
| 2.2.1 设计原则 | 第15页 |
| 2.2.2 算法模型介绍 | 第15-16页 |
| 2.2.3 物种特异性算法 | 第16页 |
| 2.2.4 Sequence-Analysis 软件功能介绍 | 第16-18页 |
| 2.3 SEQUENCE-ANALYSIS 的关键技术 | 第18-19页 |
| 2.3.1 界面显示技术 | 第18页 |
| 2.3.2 排序技术 | 第18-19页 |
| 2.3.3 数据处理与反馈技术 | 第19页 |
| 2.4 SEQUENCE-ANALYSIS 的结果分析与讨论 | 第19-21页 |
| 第3章 利用物种特异性基因设计引物 | 第21-31页 |
| 3.1 引言 | 第21页 |
| 3.2 材料与方法 | 第21-25页 |
| 3.2.1 实验材料与仪器 | 第21-22页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第22-25页 |
| 3.3 特异性标记基因 | 第25-26页 |
| 3.3.1 基因组数据来源和预处理 | 第25页 |
| 3.3.2 核心基因的产生 | 第25-26页 |
| 3.3.3 特异性的分类学标记基因的筛选 | 第26页 |
| 3.4 特异性引物的设计 | 第26-27页 |
| 3.5 特异性引物的扩增 | 第27-28页 |
| 3.6 结果讨论 | 第28-31页 |
| 3.6.1 提取的基因组扩增结果 | 第28页 |
| 3.6.2 特异性引物的扩增情况 | 第28-29页 |
| 3.6.3 扩增情况统计 | 第29-31页 |
| 第4章 利用全基因组设计引物 | 第31-39页 |
| 4.1 引言 | 第31页 |
| 4.2 材料与方法 | 第31-35页 |
| 4.2.1 实验材料与仪器 | 第31-32页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第32-34页 |
| 4.2.3 设计引物的详细信息 | 第34-35页 |
| 4.3 引物扩增结果 | 第35-39页 |
| 第5章 进一步试验验证和数据整理 | 第39-54页 |
| 5.1 130 对引物电泳结果统计与分析 | 第39-40页 |
| 5.2 优化 PCR 条件后引物统计结果 | 第40-47页 |
| 5.2.1 退火温度的尝试 | 第40-42页 |
| 5.2.2 缓冲液和循环数的尝试 | 第42-47页 |
| 5.3 测序结果与分析 | 第47-49页 |
| 5.4 Q-PCR 实验与分析 | 第49-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录 | 第60-78页 |
| 附录1 界面显示技术关键代码 | 第60-62页 |
| 附录2 排序技术实现 | 第62-63页 |
| 附录3 数据处理与反馈技术 | 第63-65页 |
| 附录4 根据特异性基因设计的 38 对引物信息 | 第65-68页 |
| 附录5 古井微生物群落已知种属信息 | 第68-70页 |
| 附录6 利用全基因组设计的 83 对引物信息 | 第70-75页 |
| 附录7 利用非 16S 等基因设计的 9 对引物信息 | 第75-76页 |
| 附录8 用于筛选试验的 55 对引物信息 | 第76-78页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
