| 摘要 | 第4-10页 |
| Abstract | 第10-19页 |
| 英文缩略语 | 第20-27页 |
| 第一部分 ：ERCC1基因3’UTR区可变剪接与肺癌对顺铂敏感性的关联性研究 | 第27-52页 |
| 1 前言 | 第27-30页 |
| 2 材料与方法 | 第30-41页 |
| 2.1 主要试剂和仪器 | 第30-35页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第30-31页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第31页 |
| 2.1.3 质粒构建 | 第31-35页 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 | 第35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 研究对象的确定 | 第35-36页 |
| 2.2.2 顺铂药敏试验(MTT法) | 第36页 |
| 2.2.3 提取总RNA | 第36-37页 |
| 2.2.5 实时定量PCR检测ERCC1基因mRNA表达 | 第37-38页 |
| 2.2.6 PCR引物信息 | 第38页 |
| 2.2.7 细胞培养 | 第38页 |
| 2.2.8 细胞转染及转染细胞的鉴定 | 第38页 |
| 2.2.9 Westernblot检测ERCC1蛋白表达 | 第38-39页 |
| 2.2.10 γH2AX免疫荧光试验 | 第39-40页 |
| 2.3 统计学方法 | 第40-41页 |
| 3 结果 | 第41-50页 |
| 3.1 ERCC1剪接异构体的确定 | 第41页 |
| 3.2 肺癌病例基本信息及顺铂IC_50分析 | 第41-43页 |
| 3.2.1 肺癌患者基本信息 | 第41-42页 |
| 3.2.2 肺癌与其癌旁组织对顺铂敏感性 | 第42-43页 |
| 3.2.3 肺癌组织对顺铂敏感性与患者资料间的关系 | 第43页 |
| 3.3 ERCC1-202表达量与顺铂敏感性的关联性分析 | 第43-45页 |
| 3.4 ERCC13'UTR可变剪接体的质粒构建及细胞转染 | 第45页 |
| 3.5 ERCC1在转染细胞中的表达 | 第45-46页 |
| 3.6 CDDP对各转染细胞细胞活性的影响 | 第46-47页 |
| 3.7 γH2AX免疫荧光实验测定转染细胞经CDDP处理DNA损伤 | 第47-50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| 第二部分 ：ERCC1-202与CD3EAP和PPP1R13L基因重叠区域转录特征分析 | 第52-79页 |
| 5 前言 | 第52-55页 |
| 6 材料与方法 | 第55-60页 |
| 6.1 主要试剂和仪器 | 第55页 |
| 6.1.1 主要试剂 | 第55页 |
| 6.1.2 主要仪器 | 第55页 |
| 6.2 实验方法 | 第55-60页 |
| 6.2.1 ERCC1、CD3EAP、PPP1R13L基因结构及重叠区域调控元件分析 | 第55-56页 |
| 6.2.2 DBTSS转录起始位点数据库分析 | 第56页 |
| 6.2.3 GEO数据库分析 | 第56页 |
| 6.2.4 TCGA数据库可变剪接事件分析 | 第56页 |
| 6.2.5 TCGA基因外显子的表达及其相关性分析 | 第56-57页 |
| 6.2.6 双向启动子验证 | 第57-58页 |
| 6.2.7 ERCC1、CD3EAP、PPP1R13L蛋白质互作关系预测及验证 | 第58-59页 |
| 6.2.8 统计分析及可视化方法 | 第59-60页 |
| 7 结果 | 第60-77页 |
| 7.1 UCSC数据库特征性结构和组蛋白修饰分析 | 第60页 |
| 7.2 CD3EAP与PPP1R13L重叠区域启动子位置预测： | 第60-61页 |
| 7.3 转录起始位点(TranscriptionStartSites,TSS)分析 | 第61-64页 |
| 7.4 GEO数据库数据分析 | 第64-69页 |
| 7.4.1 GPL570:[HG-U133_Plus_2]AffymetrixHumanGenomeU133Plus2.0Array平台探针集位置与基因转录本位置信息比对 | 第64-65页 |
| 7.4.2 GEO数据库GPL570平台肺癌相关数据,探针集相关分析 | 第65-69页 |
| 7.5 TCGA数据库分析 | 第69-74页 |
| 7.5.1 TCGA数据库可变剪接事件分析 | 第69-70页 |
| 7.5.2 基因外显子水平的差异表达分析 | 第70-71页 |
| 7.5.3 基因外显子水平的转录相关分析 | 第71-74页 |
| 7.6 双向启动子验证 | 第74-75页 |
| 7.7 蛋白质互作分析 | 第75-77页 |
| 7.7.1 蛋白质互作网络预测 | 第75页 |
| 7.7.2 蛋白质免疫共沉淀 | 第75-77页 |
| 8 讨论 | 第77-79页 |
| 第三部分 ：ERCC1基因的3’UTR可变剪接对下游基因转录影响的实验研究 | 第79-96页 |
| 9 前言 | 第79-81页 |
| 10 材料与方法 | 第81-86页 |
| 10.1 主要试剂和仪器 | 第81-82页 |
| 10.1.1 主要试剂 | 第81页 |
| 10.1.3 细胞 | 第81-82页 |
| 10.2 实验方法 | 第82-86页 |
| 10.2.1 CCK-8细胞毒性分析 | 第82页 |
| 10.2.2 流式细胞仪检测细胞周期与凋亡 | 第82页 |
| 10.2.3 RNA的制备 | 第82-83页 |
| 10.2.4 Affymetrix基因芯片 | 第83-84页 |
| 10.2.5 Realtime-PCR | 第84页 |
| 10.2.6 3 ’RACEPCR | 第84-85页 |
| 10.2.8 统计学方法 | 第85-86页 |
| 11 结果 | 第86-93页 |
| 11.1 建立顺铂诱导的DNA损伤细胞模型 | 第86-88页 |
| 11.1.1 CCK8细胞存活率检测： | 第86-87页 |
| 11.1.2 细胞周期与凋亡检测 | 第87-88页 |
| 11.2 Affymetrix全转录组基因芯片分析 | 第88-90页 |
| 11.3 Real-timePCR检测共表达外显子 | 第90-92页 |
| 11.4 基因转录终止位点检测 | 第92-93页 |
| 12 讨论 | 第93-96页 |
| 第四部分 ：ERCC15’重叠基因FOSB在非小细胞肺癌中的差异表达研究 | 第96-108页 |
| 13 前言 | 第96-97页 |
| 14 材料和方法 | 第97-100页 |
| 14.1 TCGA基因表达谱数据分析 | 第97页 |
| 14.2 选择性剪接事件分析与蛋白质结构域分析 | 第97页 |
| 14.3 实时定量PCR | 第97-98页 |
| 14.4 逆转录-聚合酶链反应分析(RT-PCR) | 第98页 |
| 14.5 细胞培养 | 第98页 |
| 14.6 Westernblot分析 | 第98-99页 |
| 14.7 统计分析 | 第99-100页 |
| 15 结果 | 第100-107页 |
| 15.1 TCGA数据库中FOSB与ERCC1基因表达量相关分析 | 第100页 |
| 15.2 TCGA数据库FOSB基因mRNA差异表达谱和生存分析 | 第100-102页 |
| 15.3 FOSB基因剪接事件分析 | 第102-103页 |
| 15.4 RT-PCR分析验证FOSB基因第2外显子缺失事件 | 第103-104页 |
| 15.5 FOSB蛋白表达与mRNA的表达不一致性。 | 第104-105页 |
| 15.6 FOSB蛋白在LUAD和LUSC癌组织和癌旁组织中的表达 | 第105页 |
| 15.7 FOSB蛋白在LUAD和LUSC癌组织和癌旁组织中的表达 | 第105-107页 |
| 16 讨论 | 第107-108页 |
| 本研究创新性的自我评价 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 综述 | 第119-130页 |
| 参考文献 | 第124-130页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 个人简历 | 第133页 |
