| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一部分 引言 | 第9-19页 |
| 1.1 利用测序技术分析病毒-宿主相互作用 | 第9-11页 |
| 1.1.1 一代、二代和三代测序技术原理与比较 | 第9-10页 |
| 1.1.2 利用转录组分析病毒-宿主相互作用 | 第10-11页 |
| 1.2 非编码RNA与病毒感染 | 第11-17页 |
| 1.2.1 非编码RNA | 第11-15页 |
| 1.2.2 长链非编码RNA与病毒感染 | 第15-16页 |
| 1.2.3 鸡的长链非编码RNA的发现和研究 | 第16-17页 |
| 1.3 新城疫病毒 | 第17页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二部分 NDV感染鸡胚成纤维细胞的mRNAs分析 | 第19-33页 |
| 2.1 材料和方法 | 第19-22页 |
| 2.1.1 原代鸡胚成纤维细胞和病毒制备 | 第19页 |
| 2.1.2 病毒感染 | 第19页 |
| 2.1.3 RNA提取 | 第19-20页 |
| 2.1.4 RNA测序 | 第20页 |
| 2.1.5 生物信息学分析 | 第20页 |
| 2.1.6 编码潜能分析 | 第20页 |
| 2.1.7 表达分析 | 第20-21页 |
| 2.1.8 GO富集分析和KEGG pathway分析 | 第21页 |
| 2.1.9 ISGs分析 | 第21页 |
| 2.1.10 荧光定量PCR对转录组数据的验证 | 第21-22页 |
| 2.2 结果 | 第22-31页 |
| 2.2.1 新城疫病毒感染CEFs编码转录本的鉴定 | 第22页 |
| 2.2.2 新城疫病毒感染引起的转录本变化 | 第22-24页 |
| 2.2.3 差异表达基因的功能分析 | 第24页 |
| 2.2.4 对感染NDV后CEFs细胞的ISG分析 | 第24-25页 |
| 2.2.5 荧光定量PCR对转录组数据的验证 | 第25-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-33页 |
| 第三部分 NDV感染鸡胚成纤维细胞的lncRNAs分析 | 第33-45页 |
| 3.1 材料和方法 | 第33-36页 |
| 3.1.1 样品制备与测序 | 第33页 |
| 3.1.2 lncRNA筛选 | 第33-34页 |
| 3.1.3 lncRNA定量分析 | 第34页 |
| 3.1.4 用实时荧光定量PCR对lncRNA数据的验证 | 第34页 |
| 3.1.5 与病毒复制有关的lncRNA的筛选 | 第34-35页 |
| 3.1.6 针对lncRNA LNC_000710 RNAi靶点的筛选 | 第35页 |
| 3.1.7 lncRNA LNC_000710与病毒复制的关系 | 第35-36页 |
| 3.1.8 lncRNA LNC_000710在不同感染剂量后的表达 | 第36页 |
| 3.1.9 获得lncRNALNC_000710的全长 | 第36页 |
| 3.1.10 lncRNA LNC_000710的亚细胞定位 | 第36页 |
| 3.2 结果 | 第36-43页 |
| 3.2.1 新城疫病毒感染CEFs lncRNA的鉴定 | 第36-37页 |
| 3.2.2 实时荧光定量PCR对lncRNA测序数据的验证 | 第37-39页 |
| 3.2.3 筛选与病毒复制有关的lncRNA | 第39-41页 |
| 3.2.4 针对lncRNA LNC_000710 RNAi靶点的筛选 | 第41页 |
| 3.2.5 lncRNA LNC_000710与病毒复制的关系 | 第41-42页 |
| 3.2.6 lncRNA LNC_000710在不同感染剂量后的表达 | 第42页 |
| 3.2.7 lncRNA LNC_000710 RACE结果 | 第42-43页 |
| 3.2.8 lncRNA LNC_000710的亚细胞定位 | 第43页 |
| 3.3 讨论 | 第43-45页 |
| 全文总结 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 博士后期间发表文章及基金资助 | 第56页 |
