| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第9-27页 |
| 1.1 选题背景及意义 | 第9-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-24页 |
| 1.2.1 磷脂双分子层膜的模拟研究现状 | 第13-15页 |
| 1.2.2 膜蛋白折叠机理研究现状 | 第15-24页 |
| 1.3 课题研究内容及特色 | 第24-27页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第24-25页 |
| 1.3.2 研究方案 | 第25-26页 |
| 1.3.3 创新点 | 第26-27页 |
| 第二章 分子动力学模拟方法 | 第27-37页 |
| 2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第27-28页 |
| 2.2 周期性边界条件 | 第28-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟模型 | 第29-32页 |
| 2.3.1 膜蛋白模型 | 第29-30页 |
| 2.3.2 生物膜模型 | 第30-32页 |
| 2.4 分子动力学模拟基本步骤 | 第32-36页 |
| 2.4.1 拓扑文件的产生 | 第33页 |
| 2.4.2 力场参数的修改 | 第33-34页 |
| 2.4.3 初始模拟体系的搭建 | 第34-35页 |
| 2.4.4 盐离子的加入 | 第35页 |
| 2.4.5 初始体系的整体平衡 | 第35-36页 |
| 2.5 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 跨膜肽链的自发进膜探索 | 第37-45页 |
| 3.1 初始模拟体系的构建 | 第37-38页 |
| 3.1.1 无规则肽链模拟体系 | 第37页 |
| 3.1.2 α-螺旋结构肽链模拟体系 | 第37-38页 |
| 3.2 模拟结果与分析 | 第38-44页 |
| 3.2.1 肽链模型的选择 | 第38-39页 |
| 3.2.2 α-肽链结构进膜过程的长时间探索 | 第39-40页 |
| 3.2.3 α-肽链结构锚定膜方向选择性 | 第40-41页 |
| 3.2.4 不同 α-肽链自发进膜长时间探索 | 第41-43页 |
| 3.2.5 不同膜组分对锚定取向的影响 | 第43页 |
| 3.2.6 肽链自发进膜模拟结果分析 | 第43-44页 |
| 3.3 小结 | 第44-45页 |
| 第四章 外力作用下的插膜过程 | 第45-50页 |
| 4.1 模拟体系的构建 | 第45页 |
| 4.2 模拟结果分析与讨论 | 第45-49页 |
| 4.2.1 第一条肽链在小尺寸膜上的初步探索 | 第45-46页 |
| 4.2.2 不同肽链在大尺寸膜上的插膜过程 | 第46-48页 |
| 4.2.3 磷脂组分对插膜过程的影响 | 第48-49页 |
| 4.3 小结 | 第49-50页 |
| 第五章 临界插膜深度的确定 | 第50-62页 |
| 5.1 模拟体系的构建 | 第50-51页 |
| 5.2 模拟结果分析与讨论 | 第51-61页 |
| 5.2.1 第一条肽链在POPC膜上的临界插膜深度 | 第51-55页 |
| 5.2.2 第一条肽链在POPG膜上的临界插膜深度 | 第55-58页 |
| 5.2.3 不同肽链在POPC膜上的临界插膜深度 | 第58-60页 |
| 5.2.4 肽链进膜过程对膜完整性的扰动 | 第60-61页 |
| 5.3 小结 | 第61-62页 |
| 第六章 进膜过程中平均力势的测定 | 第62-68页 |
| 6.1 平均力势的测定方法及原理 | 第62-63页 |
| 6.2 平均力势测定初始构型的构建 | 第63页 |
| 6.3 平均力势测定结果及分析 | 第63-66页 |
| 6.4 小结 | 第66-68页 |
| 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 攻读硕士学位期间取得的学术成果 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |