网格相关技术及其在药物网格中的应用研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 1 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 问题的提出以及论文的研究背景 | 第12-14页 |
| 1.1.1 计算机辅助药物分子设计 | 第12-13页 |
| 1.1.2 药物设计与网格计算 | 第13-14页 |
| 1.2 药物网格面临的问题 | 第14-15页 |
| 1.2.1 数据传输问题 | 第14页 |
| 1.2.2 资源管理问题 | 第14页 |
| 1.2.3 任务调度问题 | 第14-15页 |
| 1.2.4 安全性问题 | 第15页 |
| 1.2.5 药物分子设计软件自身性能的优化问题 | 第15页 |
| 1.3 本文的主要研究内容和工作 | 第15-18页 |
| 1.3.1 数据传输优化方法 | 第15-16页 |
| 1.3.2 资源优化管理 | 第16-17页 |
| 1.3.3 任务调度优化 | 第17-18页 |
| 1.3.4 药物分子设计软件自身优化 | 第18页 |
| 1.3.5 药物网格平台搭建 | 第18页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第18-20页 |
| 2 网格计算技术 | 第20-30页 |
| 2.1 网格的基本概念和分类 | 第20页 |
| 2.2 网格的特征 | 第20-21页 |
| 2.3 网格的体系结构 | 第21-22页 |
| 2.3.1 传统网格体系结构 | 第21-22页 |
| 2.3.2 开放网格服务体系结构 | 第22页 |
| 2.4 网格关键技术 | 第22-23页 |
| 2.5 网格计算工具包及框架的组织 | 第23-29页 |
| 2.5.1 SETI Home | 第23页 |
| 2.5.2 Globus | 第23-24页 |
| 2.5.3 Legion | 第24页 |
| 2.5.4 AppLeS | 第24-25页 |
| 2.5.5 Nimrod | 第25页 |
| 2.5.6 Nimrod/G | 第25-26页 |
| 2.5.7 Popcorn | 第26页 |
| 2.5.8 Bond | 第26页 |
| 2.5.9 Harness | 第26-27页 |
| 2.5.10 Infospheres | 第27-28页 |
| 2.5.11 MILAN | 第28页 |
| 2.5.12 Bayanihan | 第28-29页 |
| 2.6 小结 | 第29-30页 |
| 3 药物虚拟筛选中的分子对接原理 | 第30-39页 |
| 3.1 互补匹配原则 | 第30-31页 |
| 3.2 构象搜索算法 | 第31-34页 |
| 3.2.1 蒙特卡罗模拟方法 | 第32页 |
| 3.2.2 模拟退火算法 | 第32-33页 |
| 3.2.3 遗传算法 | 第33-34页 |
| 3.2.4 禁忌搜索算法 | 第34页 |
| 3.2.5 分子动力学方法 | 第34页 |
| 3.3 典型分子对接软件 | 第34-39页 |
| 3.3.1 AutoDock | 第34-35页 |
| 3.3.2 DOCK | 第35页 |
| 3.3.3 FlexX | 第35-37页 |
| 3.3.4 FlexiDock | 第37页 |
| 3.3.5 Affinity | 第37-39页 |
| 4 数据传输问题优化方法 | 第39-45页 |
| 4.1 研究背景 | 第39-40页 |
| 4.2 数据传输方案和优化模型 | 第40页 |
| 4.3 优化模型和符号说明 | 第40-41页 |
| 4.4 数据访问优化算法 | 第41-43页 |
| 4.5 算法性能测试 | 第43-44页 |
| 4.6 小结 | 第44-45页 |
| 5 基于经济模式的网格资源分配 | 第45-53页 |
| 5.1 问题提出的背景 | 第45页 |
| 5.2 资源分配的总体框架结构 | 第45-47页 |
| 5.2.1 应用代理层 | 第46页 |
| 5.2.2 资源代理层 | 第46-47页 |
| 5.3 动态自适应的网格资源分配工作原理 | 第47-49页 |
| 5.4 资源代理的迭代算法 | 第49-50页 |
| 5.5 算法测试 | 第50-53页 |
| 6 任务调度问题优化方法 | 第53-65页 |
| 6.1 传统任务调度算法 | 第53-54页 |
| 6.2 任务调度优化算法DHTS和RDHTS | 第54-64页 |
| 6.2.1 相关概念及符号说明 | 第54-56页 |
| 6.2.2 DHTS任务调度算法 | 第56-60页 |
| 6.2.3 RDHTS任务调度算法 | 第60-64页 |
| 6.3 小结 | 第64-65页 |
| 7 分子对接设计模型GAsDock | 第65-85页 |
| 7.1 分子对接演化设计模型 | 第65-70页 |
| 7.1.1 分子对接问题的数学模型 | 第65-66页 |
| 7.1.2 模型转化 | 第66-70页 |
| 7.2 基于空间收缩的多种群遗传算法 | 第70-84页 |
| 7.2.1 概述 | 第70-73页 |
| 7.2.2 空间收缩因子 | 第73页 |
| 7.2.3 小种群策略 | 第73页 |
| 7.2.4 参数自适应设计 | 第73-74页 |
| 7.2.5 算法实现 | 第74-77页 |
| 7.2.6 数值测试 | 第77-84页 |
| 7.3 小结 | 第84-85页 |
| 8 网格安全策略 | 第85-98页 |
| 8.1 相关技术及标准 | 第85-88页 |
| 8.1.1 Kerberos | 第85页 |
| 8.1.2 SSH | 第85-86页 |
| 8.1.3 SSL/TLS | 第86页 |
| 8.1.4 PKIX | 第86-88页 |
| 8.2 网格安全策略 | 第88-89页 |
| 8.3 网格安全的具体实现 | 第89-90页 |
| 8.3.1 认证中心的建立 | 第89页 |
| 8.3.2 认证证书 | 第89-90页 |
| 8.3.3 用户映射机制 | 第90页 |
| 8.4 小结 | 第90-98页 |
| 9 平台实现及实例测试 | 第98-116页 |
| 9.1 概述 | 第98页 |
| 9.2 平台的总体设计 | 第98-103页 |
| 9.2.1 实现分子对接任务的一般流程 | 第98-99页 |
| 9.2.2 平台的框架结构 | 第99-103页 |
| 9.3 平台的后台实现 | 第103-110页 |
| 9.3.1 计算性能的量化 | 第103-104页 |
| 9.3.2 相关符号及变量 | 第104-105页 |
| 9.3.3 调度任务图 | 第105-106页 |
| 9.3.4 PCA算法 | 第106-108页 |
| 9.3.5 主要程序及其主体结构 | 第108-110页 |
| 9.4 实例与测试 | 第110-115页 |
| 9.4.1 基于环氧合酶-2的分子对接计算 | 第111-114页 |
| 9.4.2 基于PPARγ晶体结构的分子对接 | 第114-115页 |
| 9.5 小结 | 第115-116页 |
| 10 结论与展望 | 第116-117页 |
| 10.1 结论 | 第116页 |
| 10.2 展望 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-124页 |
| 创新点摘要 | 第124-125页 |
| 攻读博士学位期间发表论文情况 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
