| 缩略词 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.1 棉属种起源、地理分布与进化 | 第11-14页 |
| 1.2 陆地植物叶绿体基因组与系统发育 | 第14-18页 |
| 1.2.1 植物叶绿体及其功能 | 第14页 |
| 1.2.2 植物叶绿体基因组DNA与系统发育 | 第14-15页 |
| 1.2.3 棉属叶绿体基因组与其系统发育分类 | 第15页 |
| 1.2.4 棉属叶绿体基因及其功能 | 第15-18页 |
| 1.3 陆地植物线粒体基因组进化 | 第18-22页 |
| 1.3.1 植物线粒体及其功能 | 第18页 |
| 1.3.2 植物线粒体大小与结构变异 | 第18-19页 |
| 1.3.3 植物线粒体基因含量与共线性 | 第19-20页 |
| 1.3.4 植物线粒体重复序列与基因组进化 | 第20页 |
| 1.3.5 植物线粒体功能基因与细胞质雄性不育(CMS) | 第20-21页 |
| 1.3.6 棉属种线粒体基因组研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4 陆地植物细胞内基因转移研究进展 | 第22-26页 |
| 1.4.1 核序列转移到细胞器基因组 | 第22-23页 |
| 1.4.2 线粒体序列内源转移 | 第23-24页 |
| 1.4.3 叶绿体序列内源转移 | 第24-26页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 二倍体棉属种叶绿体基因组分析 | 第27-48页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 植物材料与叶绿体分离 | 第27-28页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组拼接与注释 | 第28页 |
| 2.2.3 序列分化距离计算 | 第28页 |
| 2.2.4 棉属系统发生关系进化树构建及演化时间估算 | 第28-29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-45页 |
| 2.3.1 六个新棉属叶绿体基因组 | 第29-33页 |
| 2.3.2 棉属叶绿体基因组核苷酸分化 | 第33-38页 |
| 2.3.3 棉属种叶绿体基因进化树 | 第38-39页 |
| 2.3.4 棉属种叶绿体基因组结构变异 | 第39-44页 |
| 2.3.5 棉属主要分支的演化时间 | 第44-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-48页 |
| 2.4.1 棉属叶绿体证据系统发生树与核数据的不一致 | 第45-46页 |
| 2.4.2 棉属叶绿体基因组IR边界独立分化 | 第46页 |
| 2.4.3 棉属叶绿体基因组大小分化 | 第46-48页 |
| 第三章 棉属演化过程中叶绿体基因组的分子进化 | 第48-60页 |
| 3.1 引言 | 第48页 |
| 3.2 材料与方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 植物材料与叶绿体DNA分离测序 | 第48-50页 |
| 3.2.2 叶绿体基因组拼接与注释 | 第50页 |
| 3.2.3 序列比对与替换速率分析 | 第50页 |
| 3.2.4 棉属系统发生关系进化树构建及演化时间估算 | 第50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-58页 |
| 3.3.1 棉属叶绿体LSC区indels决定基因组大小变异 | 第50-51页 |
| 3.3.2 棉属叶绿体基因含量和基因组结构稳定性 | 第51-52页 |
| 3.3.3 棉属叶绿体基因系统发育树 | 第52-53页 |
| 3.3.4 棉属种分化时间 | 第53-54页 |
| 3.3.5 棉属种叶绿体IR边界进化 | 第54-55页 |
| 3.3.6 棉属种叶绿体基因组核苷酸进化 | 第55-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-60页 |
| 3.4.1 新增加G组种核质数据进化不一致 | 第58页 |
| 3.4.2 新增加D组种核质数据进化不一致 | 第58-60页 |
| 第四章 雷蒙德氏棉与亚洲棉线粒体基因组序列 | 第60-77页 |
| 4.1 引言 | 第60页 |
| 4.2 材料与方法 | 第60-63页 |
| 4.2.1 植物材料和线粒体DNA抽提 | 第60-61页 |
| 4.2.2 线粒体基因组测序和原始数据处理 | 第61页 |
| 4.2.3 基因组拼接和序列验证 | 第61-62页 |
| 4.2.4 基因组注释和序列分析 | 第62-63页 |
| 4.3 结果与分析 | 第63-75页 |
| 4.3.1 雷蒙德氏棉与亚洲棉线粒体基因组 | 第63-67页 |
| 4.3.2 四个棉属线粒体基因组结构变异 | 第67-71页 |
| 4.3.3 棉属线粒体基因进化树分析 | 第71-72页 |
| 4.3.4 棉属线粒体基因组分化 | 第72-75页 |
| 4.4 讨论 | 第75-77页 |
| 4.4.1 雷蒙德氏棉线粒体基因组2个拼接版本比较 | 第75-76页 |
| 4.4.2 棉属线粒体基因组结构 | 第76-77页 |
| 第五章 二倍体与异源四倍体棉属线粒体基因组 | 第77-90页 |
| 5.1 引言 | 第77页 |
| 5.2 材料方法 | 第77-78页 |
| 5.2.1 植物材料与线粒体DNA抽提 | 第77页 |
| 5.2.2 线粒体基因组测序与数据初步处理 | 第77页 |
| 5.2.3 基因组拼接和序列验证 | 第77-78页 |
| 5.2.4 基因组注释和序列分析 | 第78页 |
| 5.3 结果与分析 | 第78-88页 |
| 5.3.1 二倍体与四倍体棉属线粒体基因组 | 第78-81页 |
| 5.3.2 共线性区域与重排 | 第81-82页 |
| 5.3.3 基因排布与重复序列 | 第82-85页 |
| 5.3.4 棉属线粒体基因组的保守与变异 | 第85-87页 |
| 5.3.5 棉属线粒体基因组进化机制 | 第87-88页 |
| 5.4 讨论 | 第88-90页 |
| 5.4.1 测序技术对棉属线粒体基因组拼接的影响 | 第88-89页 |
| 5.4.2 棉属线粒体基因组序列与细胞质雄性不育 | 第89-90页 |
| 第六章 棉属及其它陆地植物基因水平转移初步分析 | 第90-114页 |
| 6.1 引言 | 第90页 |
| 6.2 材料与方法 | 第90-93页 |
| 6.2.1 核、线粒体和叶绿体基因组数据获得 | 第90-92页 |
| 6.2.2 细胞器间基因转移事件鉴定 | 第92页 |
| 6.2.3 线粒体基因组转座元件鉴定 | 第92页 |
| 6.2.4 非同源末端链接(NHEJ)分析 | 第92页 |
| 6.2.5 鉴定细胞器间完整转移的功能基因 | 第92-93页 |
| 6.2.6 棉属种中IGT事件迁移热点分析 | 第93页 |
| 6.2.7 RNA-seq和陆地棉核中细胞器基因转录验证 | 第93页 |
| 6.3 结果与分析 | 第93-107页 |
| 6.3.1 陆地植物细胞器间基因转移事件 | 第93-94页 |
| 6.3.2 线粒体基因组整合转座元件序列 | 第94-96页 |
| 6.3.3 线粒体基因组整合叶绿体起源序列 | 第96-102页 |
| 6.3.4 核染色体整合细胞器DNA序列 | 第102-107页 |
| 6.4 讨论 | 第107-114页 |
| 6.4.1 棉属种细胞器间基因转移 | 第107-111页 |
| 6.4.2 陆地棉核细胞器基因转录 | 第111-114页 |
| 第七章 全文结论 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 个人简介 | 第134-136页 |
