| 中文摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1 养殖环境及鱼肠道微生物的多样性 | 第14-19页 |
| 1.1 养殖水体微生物多样性 | 第15-16页 |
| 1.2 养殖环境底泥微生物多样性 | 第16-17页 |
| 1.3 鲤科鱼类肠道微生物多样性 | 第17-18页 |
| 1.4 其他鱼类肠道微生物多样性 | 第18-19页 |
| 2 高通量测序法在环境微生物生态研究中的应用 | 第19-25页 |
| 2.1 在养殖水体微生物研究中的应用 | 第19-20页 |
| 2.2 在海洋微生物研究中的应用 | 第20-21页 |
| 2.3 在土壤微生物研究中的应用 | 第21-22页 |
| 2.4 在肠道微生物研究中的应用 | 第22-23页 |
| 2.5 在污泥微生物研究中的应用 | 第23-25页 |
| 参考文献 | 第25-28页 |
| 第二章 研究目的与研究内容 | 第28-30页 |
| 1 研究目的 | 第28页 |
| 2 研究内容 | 第28-29页 |
| 2.1 南美白对虾养殖环境微生物群落的动态变化及与水环境的互作 | 第29页 |
| 2.2 常规鱼养殖环境细菌群落的动态变化及与水环境的互作 | 第29页 |
| 2.3 养殖水体微生物群落对鲤鱼、鲢鱼肠道菌群结构的影响 | 第29页 |
| 3. 技术路线 | 第29-30页 |
| 第三章 南美白对虾养殖环境微生物群落的动态变化及与水环境的互作 | 第30-68页 |
| 1 实验材料 | 第31页 |
| 1.1 样品采集 | 第31页 |
| 2 方法 | 第31-33页 |
| 2.1 样品处理及水质测定 | 第31页 |
| 2.2 DNA提取、扩增、纯化与测序 | 第31-32页 |
| 2.3 微生物种群分类和群落结构 | 第32页 |
| 2.4 丰富度和多样性评估 | 第32-33页 |
| 2.5 Canoco排序分析 | 第33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-59页 |
| 3.1 不同采样时间的水质变化 | 第33-34页 |
| 3.2 养殖环境中细菌、真菌群落组成和结构 | 第34-35页 |
| 3.3 不同样品间微生物群落的关联性 | 第35-37页 |
| 3.4 细菌和真菌群落的丰富度和多样性评估 | 第37-39页 |
| 3.5 属水平上各样品物种分类单元的丰度分析 | 第39-43页 |
| 3.6 不同样品间微生物种群的相似度分析 | 第43-44页 |
| 3.7 养殖环境中细菌、真菌群落的季节性变化 | 第44-45页 |
| 3.8 养殖环境中特定细菌种类的动态变化 | 第45-49页 |
| 3.9 环境因子对微生物群落、益生菌和致病菌的影响 | 第49-59页 |
| 4 讨论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-68页 |
| 第四章 常规鱼养殖环境细菌群落的动态变化及与水环境的互作 | 第68-90页 |
| 1 实验材料 | 第68-69页 |
| 1.1 样品采集 | 第68-69页 |
| 2 方法 | 第69页 |
| 2.1 样品处理及水质测定 | 第69页 |
| 2.2 DNA 提取、扩增、纯化与测序 | 第69页 |
| 2.3 细菌种群分类和群落结构 | 第69页 |
| 2.4 丰富度和多样性评估 | 第69页 |
| 2.5 Canoco 排序分析 | 第69页 |
| 3 结果与分析 | 第69-86页 |
| 3.1 不同采样时间的水质变化 | 第69-70页 |
| 3.2 养殖环境中细菌群落组成和结构 | 第70-71页 |
| 3.3 不同样品间微生物群落的关联性 | 第71-72页 |
| 3.4 细菌群落的丰富度和多样性评估 | 第72-73页 |
| 3.5 属水平上各样品物种分类单元丰度分析 | 第73-76页 |
| 3.6 不同样品间微生物种群的相似度分析 | 第76-77页 |
| 3.7 养殖环境中细菌种群的季节性变化 | 第77页 |
| 3.8 养殖环境中特定细菌种类的动态变化 | 第77-80页 |
| 3.9 环境因子对微生物群落、益生菌和致病菌的影响 | 第80-86页 |
| 4 讨论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-90页 |
| 第五章 养殖水体微生物群落对鲤鱼、鲢鱼肠道菌群结构的影响 | 第90-105页 |
| 1 实验材料 | 第90页 |
| 1.1 样品采集 | 第90页 |
| 2 方法 | 第90-91页 |
| 2.1 样品处理及水质测定 | 第90-91页 |
| 2.2 DNA提取、扩增、纯化与测序 | 第91页 |
| 2.3 微生物种群分类和群落结构 | 第91页 |
| 2.4 丰富度和多样性评估 | 第91页 |
| 3 结果与分析 | 第91-99页 |
| 3.1 不同采样时间的水质变化 | 第91页 |
| 3.2 养殖水体、鲤鱼及鲢鱼肠道中细菌群落组成和结构 | 第91-93页 |
| 3.3 细菌群落的丰富度和多样性评估 | 第93-94页 |
| 3.4 属水平上各养殖品种肠道微生物物种分类单元丰度分析 | 第94-95页 |
| 3.5 不同样品间细菌群落的关联性 | 第95-96页 |
| 3.6 样品中的潜在致病菌分析鉴定 | 第96-98页 |
| 3.7 水质指标与鲤鱼肠道微生物的关系 | 第98-99页 |
| 4 讨论 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-105页 |
| 结论 | 第105-107页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第107-108页 |
| 缩略词表 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
