| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-25页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-20页 |
| 1.1.1 环肽纳米管简介 | 第9-11页 |
| 1.1.2 环肽纳米管等人工纳米通道模拟生物水通道研究简介 | 第11-14页 |
| 1.1.3 环肽纳米管用作药物、气体等小分子传输载体的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.1.4 环肽纳米管等人工纳米通道模拟生物离子通道简介 | 第16-20页 |
| 1.2 课题提出及主要研究内容和目标 | 第20-22页 |
| 参考文献 | 第22-25页 |
| 第二章 分子模拟理论和相关方法 | 第25-39页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第25-26页 |
| 2.2 分子动力学模拟基本原理 | 第26-27页 |
| 2.3 分子力场简介 | 第27-29页 |
| 2.4 分子动力学模拟常用系综 | 第29-30页 |
| 2.5 分子动力学模拟常用软件简介 | 第30-31页 |
| 2.6 分子动力学模拟常用表征性质计算简介 | 第31-36页 |
| 2.6.1 自由能及其常用计算方法 | 第31-33页 |
| 2.6.2 径向分布函数 | 第33-34页 |
| 2.6.3 均方位移 | 第34-36页 |
| 参考文献 | 第36-39页 |
| 第三章 MD模拟钙、钾、钠离子在跨膜环肽纳米中的传输行为 | 第39-60页 |
| 3.1 引言 | 第39-41页 |
| 3.2 体系构建以及相关模拟方法 | 第41-44页 |
| 3.2.1 模拟体系的构建 | 第41-43页 |
| 3.2.2 MD模拟条件的设置 | 第43页 |
| 3.2.3 PMF计算方法 | 第43-44页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第44-56页 |
| 3.3.1 Ca~(2+)、K~+和Na~+通过环肽纳米管的平均力势（PMF） | 第44-46页 |
| 3.3.2 Ca~(2+)、K~+和Na~+与环肽纳米管以及管中水分子的范德华相互作用能以及静电相互作用能 | 第46-48页 |
| 3.3.3 Ca~(2+)、K~+和Na~+与环肽纳米管的相互作用方式 | 第48-51页 |
| 3.3.4 Ca~(2+)、K~+和Na~+在环肽纳米管内的径向分布 | 第51-53页 |
| 3.3.5 Ca~(2+)、K~+和Na~+在环肽纳米管内的轴向扩散 | 第53-56页 |
| 3.4 小结 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 第四章 Ca~(2+)、K~+和Na~+在跨膜环肽纳米管中的水合作用及其对管内水链的影响 | 第60-82页 |
| 4.1 引言 | 第60-62页 |
| 4.2 体系构建以及相关模拟方法 | 第62-63页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第63-77页 |
| 4.3.1 Ca~(2+)、K~+和Na~+在环肽纳米管内的水合作用 | 第63-70页 |
| 4.3.2 Ca~(2+)、K~+和Na~+对环肽纳米管内水分子轴向密度的影响 | 第70-72页 |
| 4.3.3 Ca~(2+)、K~+和Na~+对环肽纳米管内水分子偶极定向的影响 | 第72-75页 |
| 4.3.4 Ca~(2+)、K~+和Na~+对环肽纳米管内水分子轴向扩散的影响 | 第75-77页 |
| 4.4 小结 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-82页 |
| 全文结论 | 第82-84页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
