| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-11页 |
| Abstract | 第11-16页 |
| 第一章 前言 | 第17-25页 |
| 1.1 论文研究背景 | 第17-23页 |
| 1.1.1 病原体感染关键宿主因子的系统整理 | 第19-20页 |
| 1.1.2 病毒感染关键宿主因子同病毒靶标蛋白的功能关联比较 | 第20页 |
| 1.1.3 基于关联网络的宿主靶向抗病毒药物重定位 | 第20-21页 |
| 1.1.4 基于靶标分析的天然药物抗癌可能性研究 | 第21-22页 |
| 1.1.5 基于关联网络探索天然药物重定位于宿主靶向抗病毒的潜力 | 第22-23页 |
| 1.2 论文的组织结构 | 第23-25页 |
| 第二章 病原体感染关键宿主因子的收集与整合 | 第25-37页 |
| 2.1 研究背景 | 第25-26页 |
| 2.2 对已有病原体感染及RNAi相关数据库的调研 | 第26-28页 |
| 2.2.1 GenomeRNAi | 第27-28页 |
| 2.2.2 The RNAi Consortium (Pulic TRC Portal) | 第28页 |
| 2.2.3 RNAi Codex | 第28页 |
| 2.2.4 NCBI RNAi | 第28页 |
| 2.2.5 IMBA | 第28页 |
| 2.3 EHF的收集、整合与核实 | 第28-34页 |
| 2.3.1 手工整合 | 第29-31页 |
| 2.3.2 数据注释 | 第31-33页 |
| 2.3.3 数据更新 | 第33-34页 |
| 2.4 EHFPI数据库的分析工具 | 第34-36页 |
| 2.4.1 EHF重合分析 | 第34-35页 |
| 2.4.2 EHF-病原体网络分析 | 第35页 |
| 2.4.3 基因富集分析 | 第35页 |
| 2.4.4 病原体相互作用蛋白分析 | 第35页 |
| 2.4.5 药物靶标分析 | 第35页 |
| 2.4.6 GWAS候选基因分析 | 第35-36页 |
| 2.5 讨论 | 第36-37页 |
| 第三章 病毒感染关键宿主因子同病毒靶标蛋白的关联比较分析 | 第37-52页 |
| 3.1 研究背景 | 第37-39页 |
| 3.2 数据集与方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1 两种病毒EHF数据的收集 | 第39页 |
| 3.2.2 VTP和人类蛋白质相互作用信息 | 第39页 |
| 3.2.3 病毒感染的宿主转录响应 | 第39-40页 |
| 3.2.4 EHF和VTP在人类PPI网络上的拓扑分析 | 第40页 |
| 3.2.5 KEGG通路分析 | 第40-41页 |
| 3.3 EHF与VTP数据集的重合情况 | 第41-42页 |
| 3.4 病毒感染过程中EHF与VTP在基因组规模上的宿主转录响应情况 | 第42页 |
| 3.5 PPI网络上的EHF与VTP | 第42-48页 |
| 3.6 KEGG通路上的EHF与VTP | 第48-50页 |
| 3.7 讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 基于关联网络的宿主靶向抗病毒药物重定位策略 | 第52-77页 |
| 4.1 研究背景 | 第52-55页 |
| 4.2 病毒-宿主蛋白相互作用数据的收集和分析 | 第55-62页 |
| 4.3 已上市抗病毒药物信息的收集和分析 | 第62-64页 |
| 4.4 病毒-药物关联网络的构建与分析 | 第64-68页 |
| 4.5 对病毒-药物共用靶标的分析详解 | 第68-72页 |
| 4.6 对预测抗病毒药物的实验验证 | 第72-75页 |
| 4.6.1 抗登革病毒药物 | 第72页 |
| 4.6.2 抗乙肝病毒药物 | 第72-75页 |
| 4.7 讨论 | 第75-77页 |
| 第五章 基于靶标分析的天然药物治疗潜力研究 | 第77-94页 |
| 5.1 研究背景 | 第77-78页 |
| 5.2 天然药物、药物成分及其靶标的收集与分析 | 第78-82页 |
| 5.2.1 天然药物、药物成分和药物靶标之间的复杂关系 | 第78-81页 |
| 5.2.2 天然药物成分-直接靶标关联网络的建立 | 第81-82页 |
| 5.3 天然药物靶标富集分析 | 第82-88页 |
| 5.3.1 天然药物靶标与DrugBank药物靶标的重合情况 | 第82页 |
| 5.3.2 天然药物靶标的GO分析 | 第82-88页 |
| 5.4 天然药物的潜在治疗特性 | 第88-91页 |
| 5.5 讨论 | 第91-94页 |
| 第六章 基于关联网络探讨天然药物重定位于宿主靶向抗病毒的分析 | 第94-110页 |
| 6.1 研究背景 | 第94-95页 |
| 6.2 病毒-宿主蛋白相互作用网络及天然药物成分-靶标网络的建立 | 第95-102页 |
| 6.2.1 病毒-宿主蛋白相互作用网络的构建 | 第95-100页 |
| 6.2.2 天然药物成分-靶标网络的构建 | 第100-102页 |
| 6.3 天然药物抗病毒可能性分析 | 第102-106页 |
| 6.4 天然药物用于广谱抗病毒的潜力 | 第106-109页 |
| 6.5 讨论 | 第109-110页 |
| 第七章 结论与展望 | 第110-113页 |
| 7.1 全文总结 | 第110-111页 |
| 7.2 研究课题展望 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-123页 |
| 综述 | 第123-137页 |
| 参考文献 | 第131-137页 |
| 个人简历 | 第137-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
