| 前言 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-7页 |
| 英文摘要 | 第7-8页 |
| 主要缩略词 | 第9-13页 |
| 第一章: 绪论 | 第13-48页 |
| 1.1 有性生殖、重组与物种演化 | 第13-17页 |
| 1.1.1 理论基础 | 第13-15页 |
| 1.1.2 实验依据 | 第15-17页 |
| 1.2 重组的分子机制 | 第17-19页 |
| 1.2.1 double Holliday Junction (dHJ)模型 | 第17-18页 |
| 1.2.2 Synthesis-dependent strand-annealing (SDSA)通路 | 第18-19页 |
| 1.3 基因转换在基因进化上的作用 | 第19-21页 |
| 1.3.1 等位基因间的基因转换 | 第19-20页 |
| 1.3.2 非等位基因间的基因转换 | 第20-21页 |
| 1.4 基因转换的GC偏向性及其影响 | 第21-26页 |
| 1.4.1 BGC与基因组等容线(isochore) | 第21-22页 |
| 1.4.2 BGC与基因组GC含量的进化 | 第22-24页 |
| 1.4.3 BGC与基因密度 | 第24页 |
| 1.4.4 BGC与自然选择 | 第24-26页 |
| 1.5 前人关于基因转换的研究 | 第26-31页 |
| 1.6 本研究的背景、目的和意义 | 第31-33页 |
| 1.7 参考文献 | 第33-48页 |
| 第二章: 基因转换的频率在不同物种中存在极大的差异 | 第48-70页 |
| 2.1 引言 | 第48-49页 |
| 2.2 材料与方法 | 第49-57页 |
| 2.2.1 材料来源 | 第49页 |
| 2.2.2 菌株间杂交及四分孢子的分离 | 第49-52页 |
| 2.2.3 DNA的提取及基因组测序 | 第52-53页 |
| 2.2.4 重测序分析：基因型检测及标记物筛选 | 第53-55页 |
| 2.2.5 鉴定重组事件 | 第55-56页 |
| 2.2.6 估算基因转换事件的长度 | 第56-57页 |
| 2.3 结果 | 第57-66页 |
| 2.3.1 实验设计:为鉴定基因转换而优化设计的实验 | 第57-60页 |
| 2.3.2 CO、CO-GC和NCO的频率 | 第60-62页 |
| 2.3.3 基因转换事件的长度 | 第62-63页 |
| 2.3.4 减数分裂重组中的两个主要通路:DSBR与SDSA | 第63-65页 |
| 2.3.5 CO间有重组干涉,NCO间无重组干涉 | 第65-66页 |
| 2.4 讨论 | 第66-67页 |
| 2.5 小结 | 第67页 |
| 2.6 参考文献 | 第67-70页 |
| 第三章： 与基因转换相关的基因组参数:GC含量和DNA序列motif | 第70-95页 |
| 3.1 引言 | 第70页 |
| 3.2 材料与方法 | 第70-72页 |
| 3.2.1 重组图谱的绘制及热点的鉴定 | 第70-71页 |
| 3.2.2 GC偏向性的计算 | 第71页 |
| 3.2.3 PCR和Sanger测序 | 第71-72页 |
| 3.3 结果 | 第72-89页 |
| 3.3.1 重组事件的分布具有明显的热点 | 第72-76页 |
| 3.3.2 GC含量、基因密度、核苷酸差异度与重组的关系 | 第76-82页 |
| 3.3.3 基因转换的GC偏向性 | 第82-85页 |
| 3.3.4 与重组事件相关的模体序列(motif) | 第85-88页 |
| 3.3.5 脉孢菌中的证据不支持热点悖论 | 第88-89页 |
| 3.4 讨论 | 第89-91页 |
| 3.4.1 基因转换的GC偏向性中可能出现的技术问题 | 第89-90页 |
| 3.4.2 物种间基因转换的GC偏向性有较大差异 | 第90页 |
| 3.4.3 序列模体在重组中的作用 | 第90-91页 |
| 3.5 小结 | 第91页 |
| 3.6 讨论与展望 | 第91-92页 |
| 3.7 参考文献 | 第92-95页 |
| 全文结论 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 博士期间发表和完成的论文 | 第97-98页 |
| 附录 | 第98-112页 |
| 附表1 本研究中样本测序的基本信息 | 第98-107页 |
| 附表2 CO与NCO事件与序列模体的偏相关性(Partial Correlation) | 第107-109页 |
| 附表3 每个四分孢子中的CO、CO-GC及NCO的次数 | 第109-112页 |
