| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-18页 |
| 1.1.1 动脉血栓形成过程 | 第12-13页 |
| 1.1.2 假性血友病因子 | 第13-16页 |
| 1.1.3 假性血友病 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第18-23页 |
| 1.2.1 VWF-A1/GPIbα、VWF-A3/Collagen相互作用 | 第18-21页 |
| 1.2.2 VWF-A1A2A3三联体激活及VWF-A1/ VWF-A3结构域的相互作用 | 第21-22页 |
| 1.2.3 抗血栓单克隆抗体 | 第22-23页 |
| 1.3 科学问题的提出 | 第23页 |
| 1.4 论文的主要内容 | 第23-24页 |
| 1.5 论文结构安排 | 第24-26页 |
| 第二章 分子动力学模拟原理和方法 | 第26-34页 |
| 2.1 简介 | 第26-27页 |
| 2.2 分子动力学模拟原理 | 第27-30页 |
| 2.2.1 统计力学 | 第27-28页 |
| 2.2.2 力场 | 第28-29页 |
| 2.2.3 运动方程积分 | 第29页 |
| 2.2.4 周期性边界条件 | 第29-30页 |
| 2.3 平衡分子动力学模拟 | 第30页 |
| 2.4 自由动力学模拟 | 第30页 |
| 2.5 拉伸分子动力学模拟 | 第30-34页 |
| 第三章 材料与方法 | 第34-46页 |
| 3.1 模拟设备和软件 | 第34-37页 |
| 3.1.1 分子模拟材料 | 第34页 |
| 3.1.2 分子模拟设备 | 第34-35页 |
| 3.1.3 分子对接服务器SwarmDock | 第35-36页 |
| 3.1.4 分子动力学模拟软件 | 第36-37页 |
| 3.2 VWF-A3/Collagen系统构建 | 第37-39页 |
| 3.3 VWF-A1/ VWF-A3对接结果的筛选 | 第39-41页 |
| 3.4 VWF-A1/ VWF-A3复合物系统的构建 | 第41-43页 |
| 3.5 模拟数据分析指标 | 第43-46页 |
| 3.5.1 RMSD | 第43页 |
| 3.5.2 氢键盐桥生存率 | 第43-44页 |
| 3.5.3 残基相互作用指数RII | 第44页 |
| 3.5.4 解离力 | 第44页 |
| 3.5.5 溶剂可达表面积 | 第44-45页 |
| 3.5.6 残基侧链 β 碳原子距离 | 第45-46页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第46-68页 |
| 4.1 A3/Collagen复合物晶体结构静态相互作用 | 第46-47页 |
| 4.2 A3/Collagen复合物平衡 | 第47-51页 |
| 4.2.1 平衡过程温度、总能量，RMSD值变化 | 第47页 |
| 4.2.2 平衡过程氢键生存率及盐桥形成 | 第47-51页 |
| 4.2.3 残基相互作用指数（RII）与关键残基 | 第51页 |
| 4.3 A3/Collagen复合物恒速度拉伸相互解离 | 第51-56页 |
| 4.4 A1/A3复合物静态相互作用 | 第56页 |
| 4.5 A1/A3复合物平衡 | 第56-62页 |
| 4.5.1 平衡过程温度、总能量，RMSD值变化 | 第56-57页 |
| 4.5.2 平衡过程氢键生存率及盐桥形成 | 第57-60页 |
| 4.5.3 残基相互作用指数（RII）与关键残基 | 第60-62页 |
| 4.6 A1/A3复合物恒速度拉伸相互解离 | 第62-65页 |
| 4.7 VWF-A3/Collagen与VWF-A1/ VWF-A3系统解离对比 | 第65-66页 |
| 4.8 Collagen激活VWF可能的力学机制 | 第66-68页 |
| 第五章 总结与展望 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-82页 |
| 附录 | 第82-88页 |
| 附录1 非标准残基HYP拓扑文件 | 第82-83页 |
| 附录2 非标准残基HYP力场文件 | 第83页 |
| 附录3 NAMD运行平衡所需配置文件 | 第83-88页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 答辩委员会对论文的评定意见 | 第90页 |
