| 中文摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| ·研究背景及意义 | 第9页 |
| ·遗传学的相关概念 | 第9-12页 |
| ·染色体 | 第10页 |
| ·DNA和RNA | 第10-11页 |
| ·遗传物质 | 第11-12页 |
| ·系统发育问题 | 第12-14页 |
| ·系统发育问题概述 | 第12页 |
| ·系统发育问题分类 | 第12页 |
| ·研究现状 | 第12-14页 |
| ·论文主要研究内容 | 第14-15页 |
| ·论文结构安排 | 第15-16页 |
| 第2章 模拟退火算法基本原理 | 第16-19页 |
| ·模拟退火算法基本原理 | 第16-17页 |
| ·模拟退火算法的思想 | 第16页 |
| ·模拟退火算法的描述 | 第16页 |
| ·模拟退算法的核心技术 | 第16-17页 |
| ·模拟退火算法的结构 | 第17-19页 |
| 第3章 SA2SP：求解DLA模型的模拟退火算法 | 第19-34页 |
| ·问题以及符号定义 | 第19-20页 |
| ·复制-丢失进化模型：DLA | 第20-21页 |
| ·问题求解方法 | 第21-28页 |
| ·ALIGN算法 | 第21-23页 |
| ·LABLE算法 | 第23-25页 |
| ·模拟退火算法SA2SP | 第25-28页 |
| ·实验结果 | 第28-33页 |
| ·实验数据 | 第29-30页 |
| ·性能评价 | 第30-33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 MULTISA2SP：求解DLIA模型的模拟退火算法 | 第34-46页 |
| ·复制-丢失-倒位进化模型：DLIA | 第34-35页 |
| ·问题求解方法 | 第35-41页 |
| ·multiALIGN比对算法 | 第35-38页 |
| ·multiLABLE算法 | 第38-40页 |
| ·模拟退火算法multiSA2SP | 第40-41页 |
| ·实验结果 | 第41-45页 |
| ·性能评价 | 第42-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 结束语 | 第46-47页 |
| ·总结 | 第46页 |
| ·展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-49页 |
| 攻读硕士期间发表论文 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |