| 致谢 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-33页 |
| ·系统发生学研究现状及进展 | 第17-20页 |
| ·系统发生学概念 | 第17页 |
| ·基于 alignment 的分子系统发生学 | 第17-19页 |
| ·基于 alignment-free 的系统发生学 | 第19-20页 |
| ·凡纳滨对虾的研究现状及进展 | 第20-25页 |
| ·凡纳滨对虾 | 第20-21页 |
| ·节肢动物系统发生学问题 | 第21-23页 |
| ·虾类的系统发生学研究 | 第23-25页 |
| ·凡纳滨对虾进化生物学问题研究现状及进展 | 第25-30页 |
| ·凡纳滨对虾生物学问题 | 第25-26页 |
| ·水平基因转移 | 第26-28页 |
| ·适应性进化 | 第28-30页 |
| ·本研究选题目的与意义 | 第30-33页 |
| 第二章 凡纳滨对虾在节肢动物门中系统发生地位研究 | 第33-50页 |
| ·引言 | 第33-35页 |
| ·虾类在节肢动物门中的系统发生分析 | 第33页 |
| ·基因家族 | 第33-34页 |
| ·分化时间估计 | 第34页 |
| ·本章主要研究内容概述 | 第34-35页 |
| ·材料与方法 | 第35-39页 |
| ·主要数据 | 第35-37页 |
| ·方法 | 第37-39页 |
| ·基因家族聚类 | 第37-38页 |
| ·TreeFam methodology 分析 | 第38页 |
| ·系统发生树构建和分化时间估计 | 第38-39页 |
| ·结果 | 第39-46页 |
| ·基因家族数据 | 第39-41页 |
| ·系统发生树 | 第41-42页 |
| ·基因家族扩增与缺失 | 第42-43页 |
| ·凡纳滨对虾扩增和缺失的基因家族分类分析 | 第43-46页 |
| ·讨论 | 第46-48页 |
| ·对虾属在节肢动物门内进化时期较早 | 第46-47页 |
| ·凡纳滨对虾基因家族的扩增有利于其环境适应性 | 第47-48页 |
| ·凡纳滨对虾基因组含有大量对虾特有的基因 | 第48页 |
| ·结论 | 第48-50页 |
| 第三章 凡纳滨对虾在甲壳动物亚门中系统发生地位研究 | 第50-76页 |
| ·引言 | 第50-54页 |
| ·基于分子标记的系统发生分析 | 第50-51页 |
| ·基于 alignment-free 的 CVTree 方法 | 第51-52页 |
| ·数据降维的概念 | 第52-53页 |
| ·对虾在甲壳动物内的系统发生研究 | 第53-54页 |
| ·本章主要研究内容概述 | 第54页 |
| ·材料和方法 | 第54-61页 |
| ·数据 | 第54-56页 |
| ·方法 | 第56-61页 |
| ·CVTree 算法 | 第56-57页 |
| ·数据降维 | 第57-58页 |
| ·key K-strings 的提取 | 第58-59页 |
| ·后生动物系统发生树的构建 | 第59-60页 |
| ·甲壳动物的系统发生树构建 | 第60-61页 |
| ·key K-strings 的保守性分析 | 第61页 |
| ·结果 | 第61-72页 |
| ·Broad key K-strings | 第61-63页 |
| ·Phylum-specific key K-strings | 第63-64页 |
| ·key K-strings 能成功构建后生动物系统发生树 | 第64-67页 |
| ·基于 key K-strings 构建构建的甲壳动物系统发生树 | 第67-70页 |
| ·key K-strings 大体上定位在蛋白质保守区域 | 第70-72页 |
| ·讨论 | 第72-75页 |
| ·数据降维可以构建优于 CVTree 的系统发生树 | 第72-73页 |
| ·key K-strings 受到了进化选择压力 | 第73-74页 |
| ·对虾的物种分化时间 | 第74-75页 |
| ·结论 | 第75-76页 |
| 第四章 凡纳滨对虾水平基因转移研究 | 第76-107页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·材料和方法 | 第77-84页 |
| ·基因组序列和完整基因集 | 第77-78页 |
| ·本地数据库的构建 | 第78页 |
| ·基于 BLASTx 的水平转移基因挖掘 | 第78页 |
| ·系统发生学分析 | 第78-80页 |
| ·PCR 验证 | 第80-83页 |
| ·水平转移基因的结构分析 | 第83页 |
| ·dN/dS值的计算 | 第83页 |
| ·差异基因表达分析 | 第83-84页 |
| ·结果 | 第84-102页 |
| ·14个水平转移基因 | 第84-89页 |
| ·细菌和真菌是水平转移基因的两个主要供体 | 第89-92页 |
| ·水平转移基因中的内含子 | 第92-93页 |
| ·对虾基因组中的外源大片段插入 | 第93-96页 |
| ·水平转移基因受到了较强的进化负选择压力 | 第96-97页 |
| ·与能量代谢有关的水平转移基因 | 第97-99页 |
| ·与对虾防御机制有关 HGT 基因 | 第99-100页 |
| ·水平转移基因的差异基因表达 | 第100-102页 |
| ·讨论 | 第102-105页 |
| ·对虾水平基因转移的机制 | 第102-103页 |
| ·水平转移基因大部分都是有功能的 | 第103-104页 |
| ·水平转移基因可能有利于提高对虾能量代谢和防御机制 | 第104-105页 |
| ·结论 | 第105-107页 |
| 第五章 对虾基因家族适应性进化分析 | 第107-136页 |
| ·引言 | 第107-108页 |
| ·材料与方法 | 第108-115页 |
| ·转录组数据 | 第108-109页 |
| ·水溞基因组全基因数据 | 第109-110页 |
| ·数据去冗余 | 第110-112页 |
| ·去除转录本同源异构体 | 第110页 |
| ·去除非编码序列 | 第110-111页 |
| ·去除非直系同源序列 | 第111页 |
| ·去除由于基因不表达导致直系同源指定错误的基因 | 第111-112页 |
| ·截取共有 CDS 区域 | 第112页 |
| ·GO 分类分析 | 第112-113页 |
| ·系统发生分析 | 第113-114页 |
| ·适应性进化分析 | 第114-115页 |
| ·选择参数ω的计算 | 第114页 |
| ·正选择氨基酸位点预测 | 第114-115页 |
| ·结果 | 第115-127页 |
| ·直系同源基因 | 第115-118页 |
| ·系统发生树 | 第118-119页 |
| ·正选择基因 | 第119-127页 |
| ·对虾和真虾的正选择基因 | 第120-124页 |
| ·海水虾和淡水虾的正选择基因 | 第124-127页 |
| ·讨论 | 第127-133页 |
| ·对虾和真虾的适应性机制 | 第127-131页 |
| ·对虾的蛋白质合成适应性机制 | 第128-129页 |
| ·对虾生物膜适应性机制 | 第129页 |
| ·对虾的应激反应方面的适应性机制 | 第129-130页 |
| ·真虾的甲基化适应性机制 | 第130-131页 |
| ·海水虾和淡水虾的适应性机制 | 第131-133页 |
| ·海水虾和淡水虾正选择基因富集情况 | 第131页 |
| ·渗透调控相关的正选择基因 | 第131-133页 |
| ·结论 | 第133-136页 |
| 总结 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-171页 |
| 作者个人简历 | 第171-173页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第173页 |
