| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-36页 |
| ·研究背景和意义 | 第14-26页 |
| ·生物序列分析简介 | 第14-16页 |
| ·生物序列分析面临的挑战 | 第16-20页 |
| ·基于多核CPU和GPU的并行计算的发展与挑战 | 第20-25页 |
| ·研究意义 | 第25-26页 |
| ·生物序列分析并行算法的研究现状 | 第26-30页 |
| ·序列比对并行算法的研究现状 | 第26-28页 |
| ·其他方面并行算法的研究现状 | 第28-30页 |
| ·研究内容 | 第30-33页 |
| ·生物序列索引构建算法的研究 | 第30-31页 |
| ·生物序列模体发现并行算法研究 | 第31页 |
| ·高通量测序片段的纠错和定位并行算法研究 | 第31-33页 |
| ·本文的主要工作和贡献 | 第33-34页 |
| ·本文的组织结构 | 第34-36页 |
| 第二章 面向DNA序列的并行Burrow-Wheeler变换算法 | 第36-53页 |
| ·Burrow-Wheeler变换简介 | 第37-41页 |
| ·Burrow-Wheeler变换的定义 | 第37-39页 |
| ·相关算法 | 第39-41页 |
| ·基于多核平台的并行Burrow-Wheeler变换算法 | 第41-45页 |
| ·算法步骤 | 第41-42页 |
| ·计算Rank(X, S (T′)) | 第42-44页 |
| ·计算Rank(X, S (B)) | 第44-45页 |
| ·复杂度分析 | 第45页 |
| ·基于GPU的并行Burrow-Wheeler变换算法 | 第45-48页 |
| ·GPU上的后缀分块 | 第45-46页 |
| ·GPU上的后缀排序 | 第46-47页 |
| ·BWT修正 | 第47-48页 |
| ·整体算法与参数选择 | 第48页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第48-52页 |
| ·评估PBWT和GPU-BWT的性能 | 第49-51页 |
| ·评估PBWT和GPU-BWT的加速比 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第三章 基于GPU的生物序列模体发现算法 | 第53-68页 |
| ·问题描述 | 第53-54页 |
| ·相关算法 | 第54-56页 |
| ·概率算法和枚举算法 | 第54-55页 |
| ·样本驱动算法与模式驱动算法 | 第55-56页 |
| ·基于GPU的模体发现算法 | 第56-64页 |
| ·基于严格限制条件的模体表示法 | 第56-58页 |
| ·完全簇搜索算法 | 第58页 |
| ·复杂度分析 | 第58-61页 |
| ·根据完全簇计算模体 | 第61-62页 |
| ·GPU和多GPU加速 | 第62-64页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第64-67页 |
| ·模拟数据 | 第64-65页 |
| ·真实数据 | 第65-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 第四章 基于多核平台的高通量测序短片段纠错算法 | 第68-80页 |
| ·短片段纠错 | 第68-71页 |
| ·问题描述 | 第68-69页 |
| ·相关方法 | 第69-70页 |
| ·HiTEC算法 | 第70-71页 |
| ·基于多核平台的并行算法 | 第71-76页 |
| ·基本思路 | 第71-73页 |
| ·算法描述和复杂度分析 | 第73-75页 |
| ·基于多核平台的并行化 | 第75-76页 |
| ·实验结果与性能分析 | 第76-78页 |
| ·本章小结 | 第78-80页 |
| 第五章 基于GPU的高通量测序短片段纠错算法 | 第80-95页 |
| ·多重比对与纠错 | 第80-82页 |
| ·基于GPU的短片段纠错算法 | 第82-91页 |
| ·解决思路 | 第82-84页 |
| ·基于后缀数组的正确重叠区域查找 | 第84页 |
| ·基于多重比对的短片段纠错 | 第84-87页 |
| ·GPU加速的多重比对 | 第87-90页 |
| ·整体算法和参数选择 | 第90-91页 |
| ·实验结果和性能分析 | 第91-94页 |
| ·本章小结 | 第94-95页 |
| 第六章 基于GPU的高通量测序长片段定位算法 | 第95-106页 |
| ·高通量测序长片段定位 | 第96-98页 |
| ·问题描述 | 第96页 |
| ·相关算法 | 第96-98页 |
| ·基于GPU的长片段定位算法 | 第98-103页 |
| ·解决思路 | 第98-99页 |
| ·算法框架和存储优化 | 第99-101页 |
| ·基于GPU的子片段的精确查找和定位 | 第101-103页 |
| ·基于GPU的k-失配定位 | 第103页 |
| ·实验结果和性能分析 | 第103-105页 |
| ·模拟数据 | 第103-104页 |
| ·真实数据 | 第104-105页 |
| ·本章小结 | 第105-106页 |
| 第七章 总结和展望 | 第106-109页 |
| ·工作总结 | 第106-107页 |
| ·工作展望 | 第107-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-130页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第130-131页 |
