| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| ·研究背景 | 第9-14页 |
| ·环肽纳米管简介 | 第9-11页 |
| ·环肽纳米管模拟生物水通道的研究进展 | 第11-13页 |
| ·环肽纳米管模拟离子通道的研究进展 | 第13-14页 |
| ·课题提出及研究内容 | 第14-16页 |
| ·课题的提出 | 第14-15页 |
| ·研究内容 | 第15-16页 |
| 参考文献 | 第16-19页 |
| 第二章 理论基础和相关方法 | 第19-32页 |
| ·计算机分子模拟简介 | 第19-20页 |
| ·分子动力学模拟的基本技术 | 第20-27页 |
| ·分子动力学模拟（简称 MD） | 第20页 |
| ·分子力场——CHARMM 力场 | 第20-22页 |
| ·分子动力学计算的基本原理 | 第22页 |
| ·牛顿运动方程的数值解法——Verlet 算法 | 第22-24页 |
| ·体系初始模拟条件的设定 | 第24页 |
| ·分子动力学计算的时间间隔 | 第24-25页 |
| ·周期性边界条件与最近镜像 | 第25页 |
| ·分子动力学模拟的系综 | 第25-26页 |
| ·体系平衡的判定 | 第26-27页 |
| ·特征量的提取 | 第27页 |
| ·NAMD 和 VMD 软件简介 | 第27页 |
| ·自由能及其计算方法 | 第27-30页 |
| ·自由能微扰（FEP）法 | 第28-29页 |
| ·热力学积分（TI）法 | 第29页 |
| ·概率密度法 | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-32页 |
| 第三章 MD 模拟 Na~+在跨膜环八肽纳米管中的传输 | 第32-49页 |
| ·引言 | 第32-33页 |
| ·模型的构建和模拟细节 | 第33-36页 |
| ·模型的构建 | 第33-34页 |
| ·模拟细节 | 第34-35页 |
| ·平均力势的计算方法 | 第35-36页 |
| ·体系平衡的判定 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-45页 |
| ·本章结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-49页 |
| 第四章 MD 模拟研究 Na~+的存在对跨膜环八肽纳米管内水链结构的影响 | 第49-64页 |
| ·引言 | 第49-51页 |
| ·模型构建与模拟细节 | 第51-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-61页 |
| ·钠离子对管内水分子结构的影响 | 第52-56页 |
| ·钠离子的存在对管内水分子偶极方向的影响 | 第56-61页 |
| ·本章结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-64页 |
| 全文结论 | 第64-65页 |
| 附录 本文用到的脚本代码 | 第65-68页 |
| 1.体系的构建 | 第65-67页 |
| 2.ABF 法求算 PMF | 第67-68页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |