| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| ·研究背景 | 第9-10页 |
| ·本文主要研究工作 | 第10页 |
| ·预备知识 | 第10-16页 |
| ·生物学基础知识 | 第10-12页 |
| ·系统发生分析预备知识 | 第12-14页 |
| ·极大似然函数的数值计算 | 第14-16页 |
| 第二章 基于密码子偏性的置换模型估计正向选择 | 第16-24页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·理论与分析方法 | 第16-21页 |
| ·密码子使用偏性的置换模型 | 第17-19页 |
| ·正向选择理论 | 第19页 |
| ·模型参数的极大似然估计 | 第19-20页 |
| ·模型检验 | 第20-21页 |
| ·模型的应用 | 第21-22页 |
| ·模型估计的结果 | 第22页 |
| ·总结 | 第22-24页 |
| 第三章 基于两种颠换式样和离散选择变量分布密码子模型 | 第24-32页 |
| ·引言 | 第24页 |
| ·理论与方法 | 第24-30页 |
| ·密码子置换模型 | 第24-26页 |
| ·极大似然估计 | 第26-28页 |
| ·数据集的应用及结果讨论 | 第28-30页 |
| ·总结 | 第30-32页 |
| 第四章 系统发生树及置换模型的统计检验 | 第32-40页 |
| ·引言 | 第32页 |
| ·树的统计检验和可靠性分析 | 第32-36页 |
| ·重建树的统计检验标准 | 第32-34页 |
| ·获得真实进化树的三种策略 | 第34-35页 |
| ·检验系统发生树的可靠性 | 第35-36页 |
| ·置换模型的选择检验 | 第36-39页 |
| ·似然比检验 | 第36-37页 |
| ·赤池信息标准检验 | 第37-39页 |
| ·总结 | 第39-40页 |
| 第五章 总结与展望 | 第40-42页 |
| ·本文总结 | 第40页 |
| ·工作展望 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第47页 |