| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 第一章 绪论 | 第6-12页 |
| ·引言 | 第6-7页 |
| ·双序列比对算法的研究现状 | 第7-10页 |
| ·本文研究的内容 | 第10-12页 |
| 第二章 双序列比对问题综述 | 第12-20页 |
| ·双序列比对问题描述 | 第12-14页 |
| ·双序列比对问题的数学定义 | 第14-15页 |
| ·比对分数矩阵和空位罚分 | 第15-17页 |
| ·小结 | 第17-20页 |
| 第三章 基于动态规划的双序列比对算法研究 | 第20-28页 |
| ·动态规划及分类 | 第20页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法 | 第20-23页 |
| ·Hirschberg 算法 | 第23-26页 |
| ·理论基础 | 第23-24页 |
| ·算法描述及示例 | 第24-26页 |
| ·实验 | 第26页 |
| ·小结 | 第26-28页 |
| 第四章 双序列比对的并行优化算法 | 第28-48页 |
| ·并行平台及分类 | 第28-34页 |
| ·共享存储模型 | 第29-32页 |
| ·消息传递模型 | 第32-34页 |
| ·并行程序的性能 | 第34-35页 |
| ·基于消息传递模型的 Needleman-Wunsch 算法的并行优化 | 第35-39页 |
| ·消息传递模型的并行程序评估 | 第35-37页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法的并行优化算法描述及分析 | 第37-39页 |
| ·基于多核流水线的 Needleman-Wunsch 算法的优化 | 第39-43页 |
| ·流水线技术 | 第39-40页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法基于多核流水线的优化 | 第40-42页 |
| ·算法基于分块技术的改进 | 第42-43页 |
| ·实验及分析 | 第43-46页 |
| ·小结 | 第46-48页 |
| 第五章 总结和展望 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-54页 |
