| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| ABBREVIATION（缩略词） | 第11-12页 |
| 前言 | 第12-36页 |
| 1. 禽流感病毒概述 | 第12-18页 |
| ·禽流感病毒的形态特征及其化学组成 | 第12-13页 |
| ·禽流感病毒的基因组结构 | 第13-15页 |
| ·禽流感病毒蛋白特征 | 第15-18页 |
| 2. 禽流感的流行与危害 | 第18-21页 |
| ·禽流感的发现 | 第18页 |
| ·禽流感的传播 | 第18-19页 |
| ·禽流感的危害 | 第19-21页 |
| 3. 禽流感疫苗开发 | 第21-24页 |
| ·灭活疫苗 | 第21页 |
| ·减毒活疫苗 | 第21-22页 |
| ·亚单位疫苗 | 第22页 |
| ·重组活载体疫苗 | 第22-23页 |
| ·核酸疫苗 | 第23-24页 |
| ·通用疫苗 | 第24页 |
| 4. 抗原表位疫苗 | 第24-27页 |
| ·抗原表位疫苗概述 | 第24-25页 |
| ·抗原表位的鉴定与选择 | 第25页 |
| ·抗原表位的设计与优化 | 第25-26页 |
| ·抗原表位疫苗的应用 | 第26-27页 |
| 5. 蛋白质结构预测 | 第27-34页 |
| ·蛋白结构预测方法的迫切需要及其诞生 | 第27页 |
| ·理论计算方法在蛋白质空间结构模建中的应用 | 第27-30页 |
| ·基于蛋白质结构认识的结构预测 | 第30-32页 |
| ·蛋白结构预测在抗体模拟上的应用 | 第32-34页 |
| 6. 本论文的研究目的，思路及意义 | 第34-36页 |
| 材料与方法 | 第36-43页 |
| 1. 材料 | 第36-37页 |
| ·主要仪器 | 第36页 |
| ·软件及其使用模块 | 第36页 |
| ·基因序列及其蛋白晶体结构 | 第36-37页 |
| 2. 方法 | 第37-43页 |
| ·抗体模拟 | 第37-40页 |
| ·模型合理性验证 | 第40-41页 |
| ·抗体和HA 抗原的分子对接 | 第41页 |
| ·复合物溶剂可及表面分析和表位确定 | 第41页 |
| ·与HA 抗原保守表位区域结合的抗体多肽 | 第41-43页 |
| 结果与分析 | 第43-69页 |
| 第一部分 抗体FAB片段结构模拟 | 第43-47页 |
| ·结构模板的获得和一级结构分析 | 第43-45页 |
| ·Fab 片段的分子模建 | 第45-47页 |
| 第二部分 结构评测 | 第47-53页 |
| ·能量分析 | 第47-49页 |
| ·SAS 值分析 | 第49页 |
| ·氢键分析 | 第49-50页 |
| ·二面角分析 | 第50-51页 |
| ·Profiles-3D 分析 | 第51-53页 |
| 第三部分 分子对接及其表位分析 | 第53-66页 |
| ·Fab8H5 和HA 抗原的分子对接 | 第53-56页 |
| ·Fab8G9 和HA 抗原的分子对接 | 第56-60页 |
| ·Fab10F7 和HA 抗原的分子对接 | 第60-64页 |
| ·共同表位分析 | 第64-66页 |
| 第四部分 抗H5 禽流感病毒药物的初步探索 | 第66-69页 |
| ·抗H5 禽流感多肽药物设计的基础 | 第66页 |
| ·Fab8H5 中与HA 中和表位区域结合的多肽 | 第66-67页 |
| ·Fab8G9 中与HA 中和表位区域结合的多肽 | 第67页 |
| ·Fab10F7 中与HA 中和表位区域结合的多肽 | 第67-69页 |
| 讨论 | 第69-76页 |
| ·影响蛋白结构分子模建的因素 | 第69-72页 |
| ·分子对接的分析 | 第72-73页 |
| ·抗体对接在药物设计中的作用 | 第73-74页 |
| ·小结 | 第74页 |
| ·展望 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 附录 | 第88页 |