| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第一章 前沿综述 | 第14-41页 |
| 1. 性别决定基因和性别决定机制 | 第14-27页 |
| ·性染色体及性别决定系统 | 第15-16页 |
| ·性别决定基因 | 第16-21页 |
| ·哺乳动物性别决定基因（SRY） | 第16-17页 |
| ·鸟类性别决定基因（DMRT1） | 第17-18页 |
| ·两栖动物性别决定基因（DMW） | 第18-19页 |
| ·鱼类性别决定基因（DMY 和 AMHY） | 第19-21页 |
| ·性别决定基因保守性差异分析 | 第21-24页 |
| ·重要性别相关基因 | 第24-27页 |
| ·Cyp19a1a 基因 | 第24-25页 |
| ·Foxl2 基因 | 第25页 |
| ·Sox9 基因 | 第25-27页 |
| ·性逆转 | 第27页 |
| 2. 鱼类基因组学研究 | 第27-39页 |
| ·新一代测序技术 | 第28-31页 |
| ·大片段文库构建-BAC | 第31-33页 |
| ·利用 RAD-Seq 构建高密度遗传图谱 | 第33-35页 |
| ·表观基因组学-全基因组甲基化研究 | 第35-37页 |
| ·鱼类全基因组测序 | 第37-39页 |
| 3. 半滑舌鳎是研究鱼类性别决定的理想模型 | 第39-41页 |
| 第二章 半滑舌鳎 BAC 文库构建及性别相关基因筛选 | 第41-55页 |
| 1. 前言 | 第41-42页 |
| 2. 实验材料和方法 | 第42-46页 |
| ·实验材料 | 第42页 |
| ·实验方法 | 第42-46页 |
| ·生理及遗传性别鉴定 | 第42-43页 |
| ·流式细胞仪分析基因组大小 | 第43页 |
| ·载体制备 | 第43页 |
| ·大片段 DNA 的制备 | 第43-44页 |
| ·BAC 文库构建 | 第44页 |
| ·BAC 文库鉴定 | 第44-45页 |
| ·同位素原位杂交 | 第45页 |
| ·阳性克隆全长测序、组装 | 第45-46页 |
| 3. 实验结果 | 第46-53页 |
| ·半滑舌鳎性别鉴定 | 第46-47页 |
| ·半滑舌鳎基因组大小估计 | 第47页 |
| ·半滑舌鳎 BAC 文库构建 | 第47-50页 |
| ·半滑舌鳎性别相关基因阳性克隆筛选 | 第50-53页 |
| ·BAC 阳性克隆全长测序 | 第53页 |
| 4. 讨论 | 第53-55页 |
| 第三章 性别基因（Cyp19a1a）BAC 阳性克隆分析 | 第55-70页 |
| 1. 前言 | 第55-56页 |
| 2. 实验材料和方法 | 第56-58页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·实验方法 | 第56-58页 |
| ·BAC 阳性克隆测序和组装 | 第56页 |
| ·数据分析 | 第56-57页 |
| ·荧光定量 PCR 分析 | 第57-58页 |
| 3. 研究结果 | 第58-67页 |
| ·Cyp19a1a BAC 阳性克隆序列分析 | 第58-61页 |
| ·不同鱼类的 Cyp19a1a 基因组结构特征 | 第61-66页 |
| ·半滑舌鳎不同发育时期 Cyp19a1a 的荧光定量分析 | 第66-67页 |
| ·基因共线性分析 | 第67页 |
| 4. 讨论 | 第67-70页 |
| 第四章 半滑舌鳎 SNP 高密度图谱构建及性别连锁分析 | 第70-87页 |
| 0. 前言 | 第70-71页 |
| 1. 材料和方法 | 第71-73页 |
| ·实验材料 | 第71页 |
| ·实验方法 | 第71-73页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第71页 |
| ·遗传性别鉴定 | 第71-72页 |
| ·文库构建及测序 | 第72页 |
| ·序列分析 | 第72-73页 |
| ·SNP 图谱构建及连锁分析 | 第73页 |
| 2. 结果 | 第73-85页 |
| ·DNA 提取及遗传性别鉴定 | 第73-74页 |
| ·亲本全基因组重测序和 F1 子代 RAD-Seq | 第74-78页 |
| ·SNP 标记基因分型 | 第78-79页 |
| ·高密度遗传连锁图谱构建 | 第79-84页 |
| ·性别连锁分析 | 第84-85页 |
| 3. 讨论 | 第85-87页 |
| 第五章 半滑舌鳎性逆转的甲基化调控机制 | 第87-107页 |
| 1. 前言 | 第87-88页 |
| 2. 实验材料和方法 | 第88-90页 |
| ·实验材料 | 第88页 |
| ·实验方法 | 第88-90页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第88页 |
| ·遗传性别和生理性别鉴定 | 第88页 |
| ·MethylC-Seq 文库构建及测序 | 第88-89页 |
| ·数据分析 | 第89-90页 |
| 3. 实验结果 | 第90-104页 |
| ·遗传和生理性别鉴定结果 | 第90-91页 |
| ·半滑舌鳎甲基转移酶 | 第91-92页 |
| ·半滑舌鳎基因组甲基化模式分析 | 第92-97页 |
| ·半滑舌鳎甲基化基因和非甲基化基因分析 | 第97-101页 |
| ·差异甲基化分析 | 第101-103页 |
| ·性别相关基因的甲基化模式 | 第103-104页 |
| 4. 讨论 | 第104-107页 |
| 参考文献 | 第107-120页 |
| 2009-2012 学术成果 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122页 |
