| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 1 绪论 | 第12-40页 |
| ·生物信息学的研究背景、内容及意义 | 第12-13页 |
| ·图形表示及不变量方法的研究进展 | 第13-19页 |
| ·DNA序列比较分析的研究概况 | 第13-18页 |
| ·蛋白质结构比较分析的研究概况 | 第18-19页 |
| ·计算机分子模拟方法简介 | 第19-38页 |
| ·量子化学计算法 | 第19-25页 |
| ·分子力学方法 | 第25-29页 |
| ·分子动力学模拟 | 第29-32页 |
| ·QM/MM混合计算方法 | 第32-33页 |
| ·结合自由能 | 第33-38页 |
| ·本论文的研究思路与研究内容 | 第38-40页 |
| 2 DNA序列的二维图形表示——PNN曲线 | 第40-51页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·DNA序列的二维图形表示—PNN曲线 | 第41-45页 |
| ·PNN曲线的构建 | 第41-44页 |
| ·与其它二维图形表示的比较 | 第44-45页 |
| ·应用 | 第45-50页 |
| ·相邻碱基的分布 | 第45-47页 |
| ·序列的相似性分析 | 第47-50页 |
| ·小结 | 第50-51页 |
| 3 环肽构象的数学描述及其应用 | 第51-62页 |
| ·引言 | 第51-52页 |
| ·肽构象的数学描述 | 第52-55页 |
| ·环肽构象的特征序列 | 第52页 |
| ·环肽构象的三种数学描述 | 第52-55页 |
| ·数学描述的应用 | 第55-60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 4 环六肽Dichotomins A和B结构与活性关系的研究 | 第62-72页 |
| ·引言 | 第62-63页 |
| ·材料与方法 | 第63-64页 |
| ·Dichotomins A和B初始结构的获得 | 第63页 |
| ·Dichotomins A和B初始结构的优化 | 第63-64页 |
| ·~(13)C化学位移的计算 | 第64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-71页 |
| ·空间结构的分析 | 第64-68页 |
| ·~13C化学位移的分析 | 第68-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 5 溶剂环境对环肽Stylopeptide 1构象影响的分子动力学模拟 | 第72-83页 |
| ·引言 | 第72-73页 |
| ·材料与方法 | 第73-74页 |
| ·模型的构建 | 第73页 |
| ·分子动力学模拟 | 第73-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-82页 |
| ·全局构象 | 第74页 |
| ·骨架构象 | 第74-76页 |
| ·氢键 | 第76-80页 |
| ·侧链构象 | 第80-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 6 CRF01_AE型HIV-1蛋白酶突变的耐药机理研究 | 第83-105页 |
| ·引言 | 第83-87页 |
| ·HIV的研究意义 | 第83页 |
| ·HIV的结构、功能和分类 | 第83-85页 |
| ·HIV-1蛋白酶的功能和结构 | 第85-86页 |
| ·HIV-1蛋白酶抑制剂的作用机理及研究现状 | 第86-87页 |
| ·本章的研究内容、目的及意义 | 第87页 |
| ·材料与方法 | 第87-93页 |
| ·初始结构的准备 | 第87-88页 |
| ·分子动力学模拟 | 第88-91页 |
| ·结合自由能的计算 | 第91-92页 |
| ·抑制剂-残基作用能的分解 | 第92页 |
| ·根均方偏差(Root Mean Square Deviation,RMSD) | 第92-93页 |
| ·隐藏的表面区域(Buried Surface Area,Buried SA) | 第93页 |
| ·结果 | 第93-102页 |
| ·结合自由能的计算 | 第93页 |
| ·蛋白和配体间的氢键 | 第93-97页 |
| ·突变前和突变后复合物结构的比较 | 第97-98页 |
| ·蛋白和配体间的疏水作用 | 第98-99页 |
| ·活性口袋构象改变机制 | 第99-102页 |
| ·讨论 | 第102-104页 |
| ·小结 | 第104-105页 |
| 结论 | 第105-107页 |
| 创新点摘要 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-126页 |
| 附录A 药物分子的力场参数 | 第126-136页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第136-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 作者简介 | 第139-140页 |
