| 图表索引 | 第1-10页 |
| 英文缩略词 | 第10-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 第一章 导论 | 第15-26页 |
| 一、膀胱癌的概述 | 第15-17页 |
| 二、基因芯片技术及其应用 | 第17-20页 |
| 1. 基因芯片的种类 | 第17-18页 |
| ·用于分析基因组结构改变 | 第17页 |
| ·用于分析基因组功能改变 | 第17-18页 |
| 2. 基因芯片技术在肿瘤研究与临床实践中的应用 | 第18-19页 |
| 3. 利用基因芯片数据进行系统生物学的研究 | 第19-20页 |
| ·系统生物学的概述 | 第19-20页 |
| ·基因芯片在系统生物学研究中的应用 | 第20页 |
| 三、膀胱癌相关基因组结构与功能改变的研究 | 第20-23页 |
| 1. 膀胱癌相关基因组结构的异常改变 | 第20-21页 |
| 2. 膀胱癌相关基因组功能的异常改变 | 第21-22页 |
| 3. 膀胱癌的系统生物学研究 | 第22-23页 |
| 四、问题与展望 | 第23-24页 |
| 五、本课题的研究目的和研究策略 | 第24-26页 |
| 第二章 以DNA拷贝数改变鉴别非浸润性与浸润性膀胱癌的研究 | 第26-62页 |
| 一、结果 | 第26-51页 |
| 1. 膀胱癌组织的array CGH分析 | 第26-28页 |
| ·获得高质量基因组DNA | 第26页 |
| ·酶切gDNA | 第26-27页 |
| ·gDNA的标记、纯化以及与基因芯片杂交 | 第27页 |
| ·杂交后芯片数据的提取 | 第27-28页 |
| 2. 膀胱癌组织array CGH实验数据分析 | 第28-36页 |
| ·45例膀胱癌组织中gDNA异常改变情况 | 第28-29页 |
| ·65例膀胱癌样品基因组DNA变化情况 | 第29-36页 |
| ·芯片数据均一化 | 第29-31页 |
| ·基因组DNA拷贝数改变情况 | 第31-34页 |
| ·对array CGH芯片分析结果的组织样品验证 | 第34-36页 |
| 3. 对65例膀胱癌进行分子分型 | 第36-45页 |
| ·不同临床分期的膀胱癌组间基因组DNA变化的差异分析 | 第36-38页 |
| ·以主成分分析区分Ta-T3期膀胱癌 | 第38-39页 |
| ·回归分割决策树构建非浸润性膀胱癌和浸润性膀胱癌分子分型模型 | 第39-43页 |
| ·膀胱癌相关DNA拷贝数变异的进化分析 | 第43-45页 |
| 4. 非浸润性和浸润性膀胱癌分子分型模型的验证 | 第45-51页 |
| ·针对差异片段的交叉验证分析 | 第45-49页 |
| ·采用膀胱癌组织样品的验证 | 第49-51页 |
| ·针对用于array CGH分析样品的real-time PCR验证 | 第49-50页 |
| ·针对膀胱癌独立样本的real-time PCR验证 | 第50-51页 |
| 二、讨论 | 第51-60页 |
| 1. 实验的质量控制 | 第51页 |
| ·临床相关入组样品的质量控制 | 第51页 |
| ·实验操作过程中的质量控制 | 第51页 |
| 2. 膀胱癌基因组DNA的改变 | 第51-55页 |
| ·高分辨率array CGH芯片 | 第51-52页 |
| ·array CGH结果的验证 | 第52-53页 |
| ·膀胱癌基因组DNA的改变情况 | 第53-55页 |
| ·膀胱癌基因组变异的进化分析 | 第55页 |
| 3. 非浸润性与浸润性膀胱癌基因组DNA变化的差异 | 第55-60页 |
| ·构建区分非浸润性膀胱癌和浸润性膀胱癌的分型模型 | 第56-57页 |
| ·分型模型的验证 | 第57-60页 |
| 本章小结 | 第60-62页 |
| 第三章 膀胱癌相关分子网络的系统生物学研究 | 第62-99页 |
| 结果 | 第62-89页 |
| 1. 膀胱癌组织mRNA表达谱的获得 | 第62-67页 |
| ·mRNA表达谱芯片的杂交分析 | 第62-65页 |
| ·杂交后mRNA表达谱芯片的扫描和数据的提取 | 第63-64页 |
| ·mRNA表达谱芯片数据的质量控制 | 第64页 |
| ·mRNA表达谱芯片原始数据标准化 | 第64-65页 |
| ·膀胱癌mRNA表达谱数据分析 | 第65-67页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第65页 |
| ·差异表达基因的功能注释 | 第65-67页 |
| 2. 膀胱癌组织miRNA表达谱的获得 | 第67-70页 |
| ·miRNA表达谱芯片的杂交分析 | 第67-70页 |
| ·从被测组织样品中获得高质量的RNA | 第67页 |
| ·杂交后miRNA表达谱芯片的扫描和数据的提取 | 第67-68页 |
| ·miRNA表达谱芯片数据的质量控制 | 第68-69页 |
| ·miRNA表达谱芯片原始数据标准化 | 第69-70页 |
| ·膀胱癌miRNA表达谱数据分析 | 第70-76页 |
| ·差异表达miRNA的筛选 | 第70页 |
| ·差异表达miRNA的靶基因预测及分析 | 第70-76页 |
| 3. 针对DNA、mRNA和miRNA芯片数据的整合分析 | 第76-89页 |
| ·差异mRNA表达分析 | 第76页 |
| ·加权基因共表达分子网络分析 | 第76-82页 |
| ·聚类分析确定不同的module | 第76-78页 |
| ·不同module与膀胱癌临床分期的关系 | 第78-79页 |
| ·基因集富集分析 | 第79-82页 |
| ·表达数量性状基因座分析 | 第82-84页 |
| ·分子网络的整合分析 | 第84-89页 |
| 二、讨论 | 第89-98页 |
| 1. 临床相关入组样品的质量控制 | 第89页 |
| 2. 膀胱癌mRNA表达谱的改变 | 第89-90页 |
| 3. 膀胱癌miRNA表达谱的改变 | 第90-91页 |
| ·miRNA芯片的质量控制 | 第90页 |
| ·非浸润性膀胱癌与浸润性膀胱癌的差异miRNA表达谱 | 第90-91页 |
| 4. 整合分析的实验设计 | 第91-93页 |
| 5. 分子网络的构建 | 第93-98页 |
| ·确定高度相关的基因群(module) | 第93页 |
| ·基因富集分析 | 第93-94页 |
| ·构建分子网络(network) | 第94-95页 |
| ·eQTL分析 | 第95-96页 |
| ·eQTL与分子网络的整合 | 第96-98页 |
| 本章小结 | 第98-99页 |
| 第四章 材料与方法 | 第99-116页 |
| 一、实验材料 | 第99-106页 |
| 1. 膀胱癌患者及其组织样品 | 第99-104页 |
| ·新鲜冻存膀胱癌组织 | 第99-101页 |
| ·甲醛固定石蜡包埋组织 | 第101-104页 |
| 2. 主要试剂 | 第104-106页 |
| ·生物样品收集、制备和鉴定所需试剂 | 第104页 |
| ·微陈列比较基因组杂交分析主要试剂(盒) | 第104-105页 |
| ·mRNA表达谱分析主要试剂(盒) | 第105页 |
| ·miRNA表达谱分析主要试剂(盒) | 第105页 |
| ·实时定量PCR试剂(盒)与引物 | 第105-106页 |
| ·试剂(盒) | 第105页 |
| ·引物序列 | 第105-106页 |
| 3. 主要仪器 | 第106页 |
| 二、实验方法 | 第106-116页 |
| 1. 基因组DNA提取 | 第106-108页 |
| ·新鲜冻存膀胱癌组织DNA提取 | 第106-107页 |
| ·甲醛固定石蜡包埋组织DNA提取 | 第107页 |
| ·去除石蜡 | 第107页 |
| ·蛋白酶K处理 | 第107页 |
| ·基因组DNA提取 | 第107页 |
| ·尿脱落细胞DNA提取 | 第107-108页 |
| ·鉴定基因组DNA完整性 | 第108页 |
| 2. 总RNA样品的制备与鉴定 | 第108-109页 |
| ·提取新鲜冻存膀胱癌组织标本总RNA | 第108页 |
| ·总RNA样品的纯化 | 第108页 |
| ·RNA样品的质量鉴定 | 第108-109页 |
| 3. 微阵列比较基因组杂交 | 第109-110页 |
| ·限制性酶切基因组DNA | 第109页 |
| ·荧光标记酶切后的基因组DNA样品 | 第109页 |
| ·纯化标记后的基因组DNA | 第109页 |
| ·基因组DNA样品与芯片的杂交 | 第109-110页 |
| ·杂交后的芯片清洗 | 第110页 |
| ·杂交后的芯片扫描 | 第110页 |
| ·数据获取 | 第110页 |
| 4. 利用基因芯片检测mRNA表达谱 | 第110-113页 |
| ·配制单色Spike-in溶液 | 第110-111页 |
| ·荧光标记样品mRNA | 第111页 |
| ·纯化标记后的产物cRNA | 第111页 |
| ·纯化后的cRNA的定量和质控 | 第111页 |
| ·mRNA表达谱芯片杂交 | 第111-112页 |
| ·杂交后的芯片清洗 | 第112页 |
| ·制备洗液 | 第112页 |
| ·芯片清洗 | 第112页 |
| ·芯片扫描和图像数据提取 | 第112页 |
| ·数据获取 | 第112-113页 |
| 5. 利用基因芯片检测miRNA表达谱 | 第113-114页 |
| ·荧光标记总RNA | 第113页 |
| ·总RNA去磷酸化 | 第113页 |
| ·样品变性 | 第113页 |
| ·荧光标记样品 | 第113页 |
| ·干燥标记后的样品 | 第113页 |
| ·miRNA表达谱芯片杂交 | 第113-114页 |
| ·准备杂交样品 | 第113页 |
| ·芯片杂交 | 第113-114页 |
| ·杂交后的芯片清洗 | 第114页 |
| ·制备洗液 | 第114页 |
| ·清洗芯片 | 第114页 |
| ·芯片扫描和图像数据提取 | 第114页 |
| ·数据获取 | 第114页 |
| 6. 实时荧光定量PCR分析 | 第114-115页 |
| ·实时荧光定量PCR的反应体系和反应条件 | 第114-115页 |
| ·绘制标准曲线 | 第115页 |
| ·样品检测 | 第115页 |
| 7. 统计学分析 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-124页 |
| 附表 | 第124-148页 |
| 致谢 | 第148-150页 |
| 个人简历 | 第150-151页 |
