| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-32页 |
| ·蛋白与配体相互作用研究的意义及内容 | 第14-15页 |
| ·研究意义 | 第14-15页 |
| ·研究内容及方法 | 第15页 |
| ·谷氨酰胺结合蛋白的研究进展 | 第15-19页 |
| ·研究意义 | 第16-17页 |
| ·研究现状及进展 | 第17-19页 |
| ·HIV-1 整合酶的研究进展 | 第19-27页 |
| ·研究意义 | 第19-22页 |
| ·整合酶的结构与功能 | 第22-25页 |
| ·整合酶的研究现状及进展 | 第25-27页 |
| ·蛋白质-DNA相互作用研究进展 | 第27-32页 |
| ·研究意义 | 第27页 |
| ·研究现状及进展 | 第27-32页 |
| 第2章 计算方法 | 第32-56页 |
| ·分子动力学模拟 | 第32-37页 |
| ·基本原理及半经验势函数 | 第32-33页 |
| ·积分算法 | 第33-34页 |
| ·能量优化 | 第34-36页 |
| ·模拟的其他细节 | 第36-37页 |
| ·分子对接 | 第37-50页 |
| ·基本原理 | 第38-39页 |
| ·搜索算法 | 第39-45页 |
| ·打分函数 | 第45-48页 |
| ·常用对接软件简介 | 第48-50页 |
| ·自由能计算 | 第50-56页 |
| ·研究意义 | 第51页 |
| ·常用的自由能计算方法简介 | 第51-56页 |
| 第3章 谷氨酰胺结合蛋白的分子动力学模拟和自由能计算 | 第56-66页 |
| ·研究背景及意义 | 第56-57页 |
| ·模型与计算 | 第57-58页 |
| ·结果与讨论 | 第58-64页 |
| ·本章小结 | 第64-66页 |
| 第4章 HIV-1 整合酶与抑制剂LCA的结合模式及抗药性研究 | 第66-78页 |
| ·研究背景及意义 | 第66-67页 |
| ·材料与方法 | 第67-69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第5章 HIV-1 整合酶EBR28 小肽抑制剂的抑制机理研究 | 第78-96页 |
| ·研究背景及意义 | 第78页 |
| ·体系与方法 | 第78-82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-95页 |
| ·本章小结 | 第95-96页 |
| 第6章 HIV-1 整合酶与病毒DNA的相互作用研究 | 第96-122页 |
| ·HIV-1 整合酶与病毒DNA的结合模式研究 | 第96-103页 |
| ·研究背景及意义 | 第96页 |
| ·体系与方法 | 第96-97页 |
| ·结果与讨论 | 第97-103页 |
| ·本节小结 | 第103页 |
| ·HIV-1 整合酶与病毒DNA复合物的分子动力学模拟 | 第103-122页 |
| ·体系与方法 | 第103-104页 |
| ·结果与讨论 | 第104-119页 |
| ·本节小结 | 第119-122页 |
| 第7章 结论与展望 | 第122-126页 |
| ·论文工作结论 | 第122-123页 |
| ·论文创新点 | 第123-124页 |
| ·展望 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-146页 |
| 附录 | 第146-148页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文 | 第148-150页 |
| 致谢 | 第150页 |
