| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-22页 |
| ·多酸化合物简介 | 第9-16页 |
| ·研究配体-受体相互作用的背景和意义 | 第16-18页 |
| ·参考文献 | 第18-22页 |
| 第二章 分子对接方法及应用 | 第22-34页 |
| ·分子对接研究中涉及的理论与方法 | 第22-27页 |
| ·分子对接与药物设计 | 第27-28页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第28-29页 |
| ·分子对接中常用的模拟方法 | 第29-31页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第29-30页 |
| ·蒙特卡洛方法 | 第30页 |
| ·模拟退火技术 | 第30-31页 |
| ·遗传算法 | 第31页 |
| ·几种有代表性的分子对接软件及方法 | 第31-34页 |
| 第三章 分子动力学模拟基本原理 | 第34-42页 |
| ·介绍 | 第34页 |
| ·分子动力学模拟 | 第34-40页 |
| ·基本原理 | 第34-35页 |
| ·分子力场 | 第35-36页 |
| ·分子动力学的积分算法 | 第36-38页 |
| ·分子动力学模拟的系综 | 第38-40页 |
| ·参考文献 | 第40-42页 |
| 第四章 HIV-1Rt 逆转录酶与多酸抑制剂相互作用的分子动力学模拟 | 第42-54页 |
| ·介绍 | 第42-44页 |
| ·POMs/HIV-1Rt 相互作用的分子对接研究 | 第44-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-51页 |
| ·小结 | 第51-52页 |
| ·参考文献 | 第52-54页 |
| 第五章 SARS 病毒蛋白酶与系列多酸化合物相互作用的分子动力学研究 | 第54-65页 |
| ·介绍 | 第54-56页 |
| ·SARS 蛋白水解酶平衡构象的模拟 | 第56-57页 |
| ·SARS 蛋白酶与多酸抑制剂相互作用的分子动力学模拟 | 第57-58页 |
| ·结果与讨论 | 第58-62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| ·参考文献 | 第63-65页 |
| 结论和展望 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第67页 |
