| 第一章 文献综述 | 第1-73页 |
| 1 植物病原细菌致病性功能基因组学研究进展 | 第11-33页 |
| ·植物病原细菌与水稻白叶枯病 | 第11-12页 |
| ·植物病原细菌致病相关基因 | 第12-33页 |
| ·植物病原细菌致病性毒力因子基因 | 第12-16页 |
| ·植物病原细菌致病性效应因子基因 | 第16-25页 |
| ·植物病原细菌分泌系统及其表面附着结构 | 第25-33页 |
| 2 细菌基因组全序列框架(scalfold)搭建策略概述 | 第33-45页 |
| ·细菌基因组全序列鸟枪法测定 | 第34-39页 |
| ·基于排定顺序的大片段克隆基因组全序列测定 | 第39-40页 |
| ·其它测序方法 | 第40-41页 |
| ·细菌基因组全序列组装及完成 | 第41-45页 |
| 3 植物病原细菌致病机理分子遗传学分析方法 | 第45-49页 |
| ·分离致病基因常用方法 | 第45-46页 |
| ·鉴定致病基因主要实验技术 | 第46-49页 |
| 4 水稻白叶枯病菌致病机理研究进展 | 第49-55页 |
| 5 博士论文选题意义及技术路线 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-73页 |
| 第二章 水稻白叶枯病菌PR6菌株基因组全序列初步测定 | 第73-109页 |
| 1 材料和方法 | 第74-94页 |
| ·实验材料 | 第74-77页 |
| ·实验方法 | 第77-94页 |
| ·水稻白叶枯病菌基因组DNA制备 | 第77-80页 |
| ·pUC18载体制备 | 第80-83页 |
| ·小片段(1.6～4.0kb)基因组文库构建 | 第83-89页 |
| ·大片段(8.0～10.0kb)基因组文库构建 | 第89-92页 |
| ·大规模测序模板制备 | 第92-93页 |
| ·大规模序列测定 | 第93-94页 |
| ·基因组序列组装 | 第94页 |
| 2 结果与分析 | 第94-98页 |
| ·水稻白叶枯病菌基因组DNA制备 | 第94页 |
| ·小片段文库构建与质量评价 | 第94-96页 |
| ·大片段文库构建与质量评价 | 第96-97页 |
| ·小片段文库质粒大规模制备及测序 | 第97页 |
| ·基因组序列组装 | 第97-98页 |
| 3 讨论 | 第98-103页 |
| 小结 | 第103页 |
| 参考文献 | 第103-109页 |
| 第三章 水稻白叶枯病菌致病基因筛选及分子分析 | 第109-153页 |
| 1 材料和方法 | 第110-124页 |
| ·实验材料 | 第110-113页 |
| ·实验方法 | 第113-124页 |
| ·突变体库中致病基因突变体筛选 | 第113-114页 |
| ·致病性相关突变体基本生化特性测定 | 第114-115页 |
| ·水稻白叶枯病菌基因组DNA提取 | 第115页 |
| ·致病性相关突变体PCR检测 | 第115-116页 |
| ·致病性相关突变体中转座子插入拷贝数确定 | 第116-117页 |
| ·致病性相关突变体中转座子侧翼片段分离 | 第117-121页 |
| ·致病性相关突变体中转座子侧翼序列测定 | 第121页 |
| ·flgK基因突变体表型分析 | 第121-124页 |
| 2 结果与分析 | 第124-134页 |
| ·水稻白叶枯病菌致病性相关突变体获得 | 第124-125页 |
| ·致病性相关突变体基本生化特征 | 第125-126页 |
| ·致病性相关突变体分子分析 | 第126-129页 |
| ·致病性相关突变体中转座子侧翼序列分析 | 第129-130页 |
| ·flgK基因突变体表型分析 | 第130-134页 |
| 3 讨论 | 第134-139页 |
| 小结 | 第139页 |
| 参考文献 | 第139-153页 |
| 第四章 水稻白叶枯病菌Ⅱ型分泌系统xps基因簇遗传分析 | 第153-176页 |
| 1 材料和方法 | 第154-162页 |
| ·实验材料 | 第154-155页 |
| ·实验方法 | 第155-162页 |
| ·xps基因簇序列确定与同源性分析 | 第155-156页 |
| ·xps基因突变体分子鉴定 | 第156-157页 |
| ·xps基因突变体胞外酶活性检测 | 第157-158页 |
| ·xps基因突变体细胞不同部分蛋白SDS-PAGE检测 | 第158-159页 |
| ·xps基因突变体细胞不同部分蛋白Western blot分析 | 第159-160页 |
| ·xps基因突变体RT-PCR分析 | 第160-162页 |
| 2 结果与分析 | 第162-168页 |
| ·xps基因簇序列确定与同源性分析 | 第162-163页 |
| ·xps基因突变体分子分析 | 第163-165页 |
| ·xps基因突变体胞外酶活性分析 | 第165-167页 |
| ·xps基因突变体细胞不同部分蛋白SDS-PAGE分析 | 第167页 |
| ·xps基因突变体细胞不同部分蛋白Western blot分析 | 第167-168页 |
| ·xps基因突变体RT-PCR分析 | 第168页 |
| 3 讨论 | 第168-170页 |
| 小结 | 第170页 |
| 参考文献 | 第170-176页 |
| 第五章 水稻白叶枯病菌aroG基因的克隆与功能初步分析 | 第176-203页 |
| 1 材料和方法 | 第178-187页 |
| ·实验材料 | 第178-179页 |
| ·实验方法 | 第179-187页 |
| ·aroG基因突变体在水稻叶片中的繁殖与扩展测定 | 第179-180页 |
| ·aroG基因突变体基本生化特性测定 | 第180-181页 |
| ·aroG基因的克隆 | 第181-182页 |
| ·aroG基因序列分析 | 第182页 |
| ·aroG基因突变体分子分析 | 第182-184页 |
| ·DAHP合成酶活性测定 | 第184页 |
| ·aroG基因敲除(Knockout)分析 | 第184-187页 |
| 2 结果与分析 | 第187-196页 |
| ·aroG基因突变体在水稻叶片中的繁殖与扩展分析 | 第187-189页 |
| ·aroG基因突变体基本生化特征 | 第189-190页 |
| ·aroG基因序列分析 | 第190-193页 |
| ·aroG基因突变体分子分析 | 第193-195页 |
| ·DAHP合成酶活性测定 | 第195页 |
| ·aroG基因敲除(Knockout)分析 | 第195-196页 |
| 3 讨论 | 第196-199页 |
| 小结 | 第199页 |
| 参考文献 | 第199-203页 |
| 第六章 水稻白叶枯病菌无毒基因筛选及分子分析 | 第203-228页 |
| 1 材料和方法 | 第204-211页 |
| ·实验材料 | 第204-206页 |
| ·实验方法 | 第206-211页 |
| ·PR6菌株突变体库中无毒基因突变体筛选 | 第206页 |
| ·无毒基因突变体在水稻近等位基因系上的致病反应测定 | 第206-207页 |
| ·无毒基因突变体基本生化特性测定 | 第207-208页 |
| ·水稻白叶枯病菌基因组DNA提取 | 第208页 |
| ·无毒基因突变体分子检测 | 第208-210页 |
| ·无毒基因突变体中转座子侧翼片段分离与序列测定 | 第210页 |
| ·PR6菌株基因组文库构建 | 第210页 |
| ·PR6菌株基因组文库中无毒基因突变体克隆筛选 | 第210-211页 |
| ·部分无毒基因突变体基因片段在不同Xoo小种中的同源性检测 | 第211页 |
| 2 结果与分析 | 第211-217页 |
| ·水稻白叶枯病菌无毒基因突变体获得 | 第211-212页 |
| ·无毒基因突变体在水稻近等位基因系上的致病反应分析 | 第212-215页 |
| ·无毒基因突变体基本生化特征 | 第215页 |
| ·无毒基因突变体分子分析 | 第215-216页 |
| ·无毒基因突变体转座子侧翼序列分析 | 第216页 |
| ·PR6菌株基因组文库中无毒基因突变体克隆筛选 | 第216-217页 |
| ·部分无毒基因突变体基因片段在不同Xoo小种中的同源性分析 | 第217页 |
| 3 讨论 | 第217-221页 |
| 小结 | 第221页 |
| 参考文献 | 第221-228页 |
| 博士期间发表的论文 | 第228-229页 |
| 缩略词表 | 第229-231页 |
| 致谢 | 第231-232页 |
