| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·蛋白质中能量传递的现状 | 第12-15页 |
| ·α-螺旋蛋白质分子简介 | 第15-16页 |
| ·本人的主要工作 | 第16页 |
| ·本人工作的特色和创新之处 | 第16-17页 |
| ·论文的安排 | 第17-18页 |
| 第二章 蛋白质分子中能量传递的理论 | 第18-25页 |
| ·蛋白质分子中能量传递的Davydov模型和理论 | 第18-20页 |
| ·Davydov模型和理论 | 第18-19页 |
| ·Davydov模型和理论的局限性 | 第19-20页 |
| ·改进的Davydov模型和理论 | 第20-24页 |
| ·改进的Davydov理论 | 第20-22页 |
| ·改进的Davydov理论的孤子运动方程 | 第22-24页 |
| ·小结 | 第24-25页 |
| 第三章 模拟方法 | 第25-41页 |
| ·量子力学(QM)方法 | 第25-26页 |
| ·数值计算方法(Runge-Kutta) | 第26-27页 |
| ·模拟方案 | 第27-34页 |
| ·方程组的简化和数值计算离散化 | 第28-33页 |
| ·初始条件与模型 | 第33-34页 |
| ·编程与计算 | 第34页 |
| ·约束条件 | 第34-36页 |
| ·系统粒子数守恒 | 第34-35页 |
| ·能量守恒 | 第35页 |
| ·能量虚部为零 | 第35-36页 |
| ·蛋白质分子中能量传递的影响因素研究及其在模拟中的实现 | 第36-40页 |
| ·孤子在蛋白质中的碰撞 | 第36-37页 |
| ·蛋白质分子主链结构无序性的研究 | 第37页 |
| ·质量无序性 | 第37页 |
| ·耦合参数、弹性系数、偶极矩随蛋白质中氨基酸残基位置的不同而变化 | 第37页 |
| ·蛋白质分子侧链和杂质的影响(基态振动能量变化) | 第37-38页 |
| ·仅在某一位点有杂质侵入或侧链影响 | 第38页 |
| ·随机杂质和侧链影响 | 第38页 |
| ·温度影响 | 第38-40页 |
| ·综合研究各种因素 | 第40页 |
| ·小结 | 第40-41页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第41-97页 |
| ·标准参数下的孤子运动 | 第41-46页 |
| ·自由状态下的孤子运动 | 第41-43页 |
| ·孤子碰撞 | 第43-44页 |
| ·自由状态下孤子长时间运动 | 第44-46页 |
| ·蛋白质分子主链结构无序性研究 | 第46-71页 |
| ·氨基酸残基质量的无规变化 | 第46-55页 |
| ·单一位点质量变化 | 第47-52页 |
| ·沿蛋白质分子主链氨基酸残基质量变化 | 第52-55页 |
| ·偶极矩相互作用能的无规变化(J) | 第55-57页 |
| ·弹性常数的无规变化(W) | 第57-60页 |
| ·非线性耦合常数的无规变化(χ1、χ2) | 第60-67页 |
| ·任意两条相邻螺旋线间相互作用能的无规变化(L) | 第67-69页 |
| ·蛋白质分子主链结构无序性影响的综合考察(M,J,W, χ,L) | 第69-71页 |
| ·蛋白质分子侧链和杂质影响(基态振动能变化) | 第71-81页 |
| ·仅在某一位置有杂质侵入或侧链影响 | 第72-75页 |
| ·侧链或杂质固定在某一位置 | 第72-73页 |
| ·侧链或杂质随机出现在某一位置 | 第73-75页 |
| ·杂质和侧链在蛋白质分子主链上随机分布 | 第75-79页 |
| ·蛋白质分子无序性和基态能量变化的综合 | 第79-81页 |
| ·蛋白质分子在生理温度下能量传递情况 | 第81-96页 |
| ·生理温度下的孤子运动 | 第81-84页 |
| ·标准参数下的孤子运动 | 第81-83页 |
| ·标准参数下的孤子碰撞 | 第83-84页 |
| ·生理温度下孤子的运动速度 | 第84-90页 |
| ·温度变化对孤子传播速度的影响 | 第84-87页 |
| ·衰减项常数Г对孤子传播速度的影响 | 第87-90页 |
| ·生理温度下蛋白质分子主链结构无序性对孤子运动速度的影响 | 第90-92页 |
| ·生理温度下侧链与杂质对孤子运动的影响 | 第92-94页 |
| ·生理温度下蛋白质分子主链结构无序性和侧链与杂质对孤子运动的影响 | 第94-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 第五章 总结 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
