多肽/蛋白质序列特征提取及其应用
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| 1 研究背景 | 第11-15页 |
| ·肽定量序效研究 | 第11-12页 |
| ·蛋白质磷酸化预测 | 第12-15页 |
| 2 本文主要工作及创新点 | 第15页 |
| 3 论文结构安排 | 第15-17页 |
| 第二章 序列特征提取与支持向量机 | 第17-24页 |
| 1 序列特征提取方法 | 第17-22页 |
| ·基于氨基酸组成与位置的特征提取方法 | 第17-19页 |
| ·基于氨基酸物化性质的特征提取方法 | 第19-21页 |
| ·其它特征提取方法 | 第21-22页 |
| 2 支持向量机 | 第22-23页 |
| 3 小结 | 第23-24页 |
| 第三章 抗菌肽QSAM研究 | 第24-36页 |
| 1 原理与方法 | 第24-27页 |
| ·数据集 | 第24-25页 |
| ·基于多肽一级结构整体考虑的序列特征提取方法 | 第25-26页 |
| ·抗菌肽一级结构表征与特征筛选 | 第26页 |
| ·基于SVR的QSAM模型评估 | 第26-27页 |
| 2 结果与讨论 | 第27-35页 |
| ·数据集A抗菌肽的QSAM | 第27-30页 |
| ·数据集B抗菌肽的QSAM | 第30-35页 |
| 3 小结 | 第35-36页 |
| 第四章 蛋白质磷酸化位点预测 | 第36-48页 |
| 1 数据集及预处理 | 第36-38页 |
| ·蛋白质磷酸化修饰数据库 | 第36页 |
| ·样本构建及样本集预处理 | 第36-38页 |
| ·划分训练集与测试集 | 第38页 |
| 2 特征提取 | 第38-40页 |
| ·统计差表(SDT) | 第39页 |
| ·组合特征(MSCC-SDT) | 第39-40页 |
| 3 松弛变量核密度估计(RVKDE) | 第40页 |
| 4 模型验证与评价指标 | 第40-41页 |
| 5 结果与分析 | 第41-47页 |
| ·搜索最佳窗口 | 第42-45页 |
| ·独立测试结果 | 第45-46页 |
| ·与现有方法比较 | 第46-47页 |
| 6 小结 | 第47-48页 |
| 第五章 总结与展望 | 第48-50页 |
| 1 全文总结 | 第48-49页 |
| 2 研究展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 作者简历 | 第58页 |
