| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 论文创新之处 | 第11-16页 |
| 第一章 定量结构活性关系及分子模拟方法概述 | 第16-58页 |
| ·定量结构活性关系在药物设计中的必要性 | 第16页 |
| ·QSAR方法的基本步骤 | 第16-25页 |
| ·数据准备 | 第17-19页 |
| ·数据集划分、特征选择及模型构建 | 第19-23页 |
| ·模型验证 | 第23-24页 |
| ·模型应用域和模型结果解释 | 第24-25页 |
| ·本论文中所使用的特征选择和建模方法 | 第25-28页 |
| ·GA-MLR | 第25-26页 |
| ·CoMFA和CoMSIA | 第26-28页 |
| ·QSAR研究的最新进展 | 第28-34页 |
| ·基于碎片的2D-QSAR方法 | 第28-31页 |
| ·PSO-GA-SVM方法 | 第31-34页 |
| ·基于受体的分子模拟方法在药物设计中的重要性 | 第34-35页 |
| ·同源模建 | 第35-36页 |
| ·分子对接 | 第36-42页 |
| ·Autodock | 第38-39页 |
| ·Glide | 第39-41页 |
| ·GOLD | 第41-42页 |
| ·分子动力学模拟 | 第42-44页 |
| ·小结 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-58页 |
| 第二章 寡核苷酸在离子对反相高效液相色谱中保留时间预测的新方法研究 | 第58-81页 |
| ·研究背景 | 第58-59页 |
| ·实验数据和方法 | 第59-65页 |
| ·数据集 | 第59-62页 |
| ·描述符产生 | 第62-63页 |
| ·描述符选择 | 第63页 |
| ·模型的建立 | 第63-65页 |
| ·结果和讨论 | 第65-78页 |
| ·STM模型结果 | 第65-67页 |
| ·MTM模型结果 | 第67-76页 |
| ·描述符的意义 | 第76-77页 |
| ·与相关工作的比较 | 第77-78页 |
| ·结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-81页 |
| 第三章 基于全局、局部和一致性模型的异喹啉类CDK4抑制剂的QSAR研究 | 第81-99页 |
| ·研究背景 | 第81-83页 |
| ·数据和方法 | 第83-87页 |
| ·数据集 | 第83-85页 |
| ·描述符计算 | 第85-86页 |
| ·描述符选择和建模方法 | 第86页 |
| ·一致性建模策略 | 第86-87页 |
| ·结果和讨论 | 第87-93页 |
| ·单个模型结果 | 第87-90页 |
| ·一致性模型结果 | 第90-92页 |
| ·不同建模方法的比较 | 第92-93页 |
| ·结论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 第四章 基于分子对接活性构象的原卟啉原氧化酶抑制剂除草活性的QSAR研究 | 第99-113页 |
| ·研究背景 | 第99-100页 |
| ·数据和方法 | 第100-104页 |
| ·数据集 | 第100-102页 |
| ·分子对接和分子描述符计算 | 第102页 |
| ·训练集和测试集划分 | 第102-103页 |
| ·描述符选择和模型建立 | 第103页 |
| ·模型验证 | 第103页 |
| ·模型应用域的确定 | 第103-104页 |
| ·结果讨论 | 第104-109页 |
| ·对接结果分析 | 第104-106页 |
| ·主成分分析辅助的数据集划分结果 | 第106-107页 |
| ·建模结果 | 第107页 |
| ·模型解释 | 第107-109页 |
| ·结论 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-113页 |
| 第五章 噻唑酮类HCV丙型肝炎病毒NS5B聚合酶抑制剂的3D-QSAR研究 | 第113-137页 |
| ·研究背景 | 第113-114页 |
| ·数据和方法 | 第114-121页 |
| ·数据集 | 第114页 |
| ·模板选择与分子构建 | 第114-120页 |
| ·CoMFA和CoMSIA建模方法 | 第120-121页 |
| ·PLS回归分析 | 第121页 |
| ·结果和讨论 | 第121-132页 |
| ·CoMFA模型结果 | 第121-126页 |
| ·CoMSIA模型结果 | 第126-128页 |
| ·CoMFA和CoMSIA模型等高线图(contour maps) | 第128-131页 |
| ·基于配体的药物设计 | 第131-132页 |
| ·结论 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-137页 |
| 第六章 免疫蛋白酶体催化结构域LMP2特异性抑制剂的分子模拟研究 | 第137-160页 |
| ·研究背景 | 第137-138页 |
| ·LMP2特异性抑制剂UK101的选择性分子机制研究 | 第138-150页 |
| ·研究对象 | 第139页 |
| ·同源模型的建立 | 第139-140页 |
| ·分子对接 | 第140页 |
| ·分子动力学模拟 | 第140-141页 |
| ·结合自由能计算 | 第141-142页 |
| ·结果和讨论 | 第142-150页 |
| ·结论 | 第150页 |
| ·一类可逆共价结合LMP2特异性抑制剂的分子对接研究 | 第150-155页 |
| ·研究对象 | 第150-151页 |
| ·共价分子对接 | 第151页 |
| ·结果和讨论 | 第151-154页 |
| ·结论 | 第154-155页 |
| 参考文献 | 第155-160页 |
| 附录Ⅰ:在读博士学位论文期间发表论文目录 | 第160-162页 |
| 作者简历 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163页 |
