| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| ·生物信息学 | 第9-10页 |
| ·本文的研究背景 | 第10-11页 |
| ·国内外的研究现状 | 第11-12页 |
| ·本文的主要研究工作 | 第12-14页 |
| 第二章 理论基础部分 | 第14-24页 |
| ·生物信息学中的基本概念 | 第14-19页 |
| ·碱基关联三联体 | 第14-15页 |
| ·基因表达 | 第15-16页 |
| ·基因表达调控 | 第16页 |
| ·转录调控 | 第16-19页 |
| ·关键技术的基本原理 | 第19-23页 |
| ·位置权重矩阵思想产生的缘由 | 第20页 |
| ·位置权重矩阵的构建 | 第20-21页 |
| ·最佳阈值的思想 | 第21-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 基于PWMSA预测碱基关联三联体转录因子结合位点 | 第24-31页 |
| ·对于E.COLI转录因子结合位点预测的算法流程图 | 第24-25页 |
| ·数据来源 | 第25页 |
| ·实验环境 | 第25-26页 |
| ·算法过程 | 第26-30页 |
| ·已知的转录因子结合位点序列对位分析 | 第26页 |
| ·转录因子结合位点保守性分析 | 第26-27页 |
| ·位置权重矩阵与位置权重矩阵打分函数 | 第27-29页 |
| ·矩阵相似性测量最佳阈值 | 第29-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第31-36页 |
| ·实验结果 | 第31页 |
| ·实验结果分析 | 第31-33页 |
| ·自恰检验（Self-consistency validation） | 第31-32页 |
| ·交叉检验（Cross-validation） | 第32-33页 |
| ·精确性评价 | 第33-35页 |
| ·精确性评价方法 | 第33-34页 |
| ·算法的比较 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第五章 结束语 | 第36-38页 |
| ·总结 | 第36页 |
| ·展望 | 第36-38页 |
| 参考文献 | 第38-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第42页 |
