| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| ·蛋白质分子的动态运动特性 | 第16-17页 |
| ·蛋白质分子动态运动特性的发现 | 第17-22页 |
| ·计算模拟方法对蛋白质构象变化的探索 | 第22-24页 |
| ·本文研究的蛋白质体系 | 第24-27页 |
| 参考文献 | 第27-30页 |
| 第二章 计算方法 | 第30-48页 |
| ·分子动力学算法 | 第30-39页 |
| ·积分算法概况 | 第30-32页 |
| ·Verlet算法 | 第31页 |
| ·Verlet蛙跳算法 | 第31-32页 |
| ·Verlet速度算法 | 第32页 |
| ·恒温恒压算法 | 第32-35页 |
| ·Langevin方法 | 第32-33页 |
| ·Berendsen温度耦合 | 第33-34页 |
| ·Nose-Hoover Langevin活塞压强耦合 | 第34页 |
| ·Berendsen压力耦合 | 第34-35页 |
| ·分子力场 | 第35-38页 |
| ·CHARMM力场 | 第36-37页 |
| ·GROMOS力场 | 第37-38页 |
| ·非键相互作用力的快速算法 | 第38-39页 |
| ·靶向分子动力学 | 第39页 |
| ·正则模式分析 | 第39-44页 |
| ·经典的正则模式分析 | 第40-41页 |
| ·基于弹性网络模型的正则模式分析 | 第41-42页 |
| ·包含因子 | 第42-43页 |
| ·整体结构振动模式中各局部结构的运动 | 第43-44页 |
| ·双层膜体系的构建 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 第三章 ABC输入体BtuCD的构象变化研究 | 第48-90页 |
| ·前言 | 第48-52页 |
| ·计算细节 | 第52-54页 |
| ·正则模式分析 | 第52-53页 |
| ·BtuCD与HI1470/1的序列对齐 | 第53-54页 |
| ·BtuCD双层膜体系的构建 | 第54页 |
| ·靶向分子动力学模拟 | 第54页 |
| ·outBtuCD的正则模式分析结果 | 第54-65页 |
| ·BtuC二聚体的振动模式 | 第55-56页 |
| ·BtuD二聚体的振动模式 | 第56-57页 |
| ·outBtuCD的振动模式 | 第57-60页 |
| ·BtuF-outBtuCD复合物的振动模式 | 第60-61页 |
| ·outBtuCD向HI1470/1的变化过程 | 第61-63页 |
| ·讨论和小结 | 第63-65页 |
| ·HI1470/1的正则模式分析结果 | 第65-77页 |
| ·HI1471二聚体的振动模式 | 第65-66页 |
| ·HI1470二聚体的振动模式 | 第66-68页 |
| ·HI1470/1的振动模式 | 第68-73页 |
| ·BtuF-HI1470/1复合物的振动模式 | 第73-74页 |
| ·HI1470/1向BtuCD-F的变化过程 | 第74-76页 |
| ·讨论和小结 | 第76-77页 |
| ·inBtuCD的同源建模 | 第77-79页 |
| ·靶向分子动力学模拟 | 第79-85页 |
| ·从outBtuCD构象到inBtuCD构象的变化过程 | 第79-81页 |
| ·从inBtuCD构象到outBtuCD构象的变化过程 | 第81-84页 |
| ·讨论和小结 | 第84-85页 |
| ·本章小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-90页 |
| 第四章 ABC输出体MsbA水解过程的构象变化研究 | 第90-110页 |
| ·前言 | 第90-94页 |
| ·ABC输出体蛋白 | 第90-91页 |
| ·MsbA脂质输出体 | 第91-94页 |
| ·计算细节 | 第94-95页 |
| ·MsbA双层膜体系构建 | 第94页 |
| ·靶向分子动力学模拟 | 第94-95页 |
| ·MsbA体系的分子动力学模拟 | 第95页 |
| ·MsbA体系水解过程的靶向分子动力学模拟 | 第95-104页 |
| ·核苷结合结构域二聚界面的解离 | 第97-99页 |
| ·跨膜结构域和核苷结合结构域界面上四螺旋束的解离 | 第99-100页 |
| ·跨膜螺旋在细胞内侧端的重排 | 第100-102页 |
| ·跨膜螺旋在细胞外侧端的重排 | 第102-104页 |
| ·讨论和小结 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-110页 |
| 第五章 PDZ12串列体结构域相对运动的研究 | 第110-122页 |
| ·前言 | 第110-113页 |
| ·计算细节 | 第113-114页 |
| ·PDZ12/cypin复合物结构的搭建 | 第113-114页 |
| ·分子动力学模拟 | 第114页 |
| ·数据和结果 | 第114-118页 |
| ·讨论和小结 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-122页 |
| 第六章 SNARE蛋白Ykt6构象调控的研究 | 第122-138页 |
| ·前言 | 第122-126页 |
| ·计算细节 | 第126-127页 |
| ·数据和结果 | 第127-134页 |
| ·体系的稳定性 | 第127-130页 |
| ·脂质分子的稳定作用 | 第130-131页 |
| ·构象空间中的运动 | 第131-134页 |
| ·讨论和小结 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-138页 |
| 总结和展望 | 第138-140页 |
| 作者简介 | 第140页 |
| 论文发表情况 | 第140-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
