| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-17页 |
| 第一章 引言 | 第17-31页 |
| 第一节 蛋白质结构预测概述 | 第17-20页 |
| ·理论预测蛋白质结构的必要性 | 第17页 |
| ·理论预测蛋白质结构的研究现状 | 第17-19页 |
| ·蛋白质分子结构中的相互作用力 | 第19-20页 |
| 第二节 β折叠二级结构简介 | 第20-23页 |
| ·β折叠结构 | 第20-22页 |
| ·β折叠结构中的股间氨基酸配对 | 第22-23页 |
| 第三节 β折叠二级结构研究概况 | 第23-26页 |
| ·β折叠结构氨基酸配对的研究现状 | 第23-24页 |
| ·β折叠股排列预测的研究现状 | 第24-26页 |
| 第四节 β折叠二级结构研究的意义 | 第26-27页 |
| 第五节 支持向量机简介 | 第27-29页 |
| ·支持向量机概述 | 第27-28页 |
| ·支持向量机的基本原理 | 第28-29页 |
| ·支持向量机的应用 | 第29页 |
| 第六节 本论文的组织结构和各部分的关系 | 第29-31页 |
| 第一部分:β折叠结构的氨基酸配对偏好性和配对规律的分析 | 第31-86页 |
| 第二章 数据集和数据前处理 | 第32-52页 |
| 第一节 数据集来源 | 第32-33页 |
| 第二节 蛋白质结构数据的前处理和数据库构建 | 第33-40页 |
| ·蛋白质样本的筛选 | 第33-34页 |
| ·数据对象的定义 | 第34-35页 |
| ·股间氨基酸配对数据的提取 | 第35-36页 |
| ·β折叠股对数据的提取 | 第36-38页 |
| ·其他相关数据的提取 | 第38-40页 |
| ·各数据库表之间的关系 | 第40页 |
| 第三节 不确定数据及处理方式举例 | 第40-52页 |
| ·样本筛选整体统计 | 第40-41页 |
| ·不确定数据举例 | 第41-50页 |
| ·关于不确定数据的小结 | 第50-52页 |
| 第三章 β股间氨基酸配对的统计和偏好性分析 | 第52-66页 |
| 第一节 氨基酸配对统计概述 | 第52-53页 |
| 第二节 氨基酸配对频率的一阶统计 | 第53-57页 |
| ·统计方法和结果 | 第53-54页 |
| ·统计结果的讨论 | 第54-57页 |
| ·一阶统计小结 | 第57页 |
| 第三节 氨基酸配对频率的二阶统计 | 第57-66页 |
| ·统计方法和结果 | 第57-60页 |
| ·氨基酸配对的整体分析 | 第60-61页 |
| ·氨基酸配对的偏好性分析 | 第61-63页 |
| ·平行和反平行折叠的氨基酸配对偏好性比较 | 第63-64页 |
| ·二阶统计小结 | 第64-66页 |
| 第四章 基于多维尺度的氨基酸配对偏好性分析 | 第66-86页 |
| 第一节 多维尺度分析简介 | 第66-67页 |
| 第二节 相对频率矩阵的转换和最小二次优化 | 第67-71页 |
| ·相对频率矩阵的转换 | 第67-68页 |
| ·距离矩阵的校正 | 第68-70页 |
| ·最小二次优化 | 第70页 |
| ·压力指数 | 第70-71页 |
| 第三节 多维尺度分析的结果和讨论 | 第71-77页 |
| ·压力指数结果 | 第71页 |
| ·多维尺度分析的结果 | 第71-77页 |
| 第四节 基于多维尺度分析和层次聚类对20种氨基酸降维 | 第77-86页 |
| ·聚类方法 | 第77-80页 |
| ·分层聚类结果 | 第80-82页 |
| ·最优聚类 | 第82-86页 |
| 第二部分:β折叠股的相互作用分析和排列预测 | 第86-134页 |
| 第五章 氨基酸配对与β股排列方向的关系 | 第87-104页 |
| 第一节 β股排列研究概述 | 第87-88页 |
| 第二节 β股对的特征提取 | 第88-96页 |
| ·有关数据集的说明 | 第89页 |
| ·β折叠股对的向量转换 | 第89-91页 |
| ·平均编码向量的计算 | 第91-94页 |
| ·使用平均编码向量对β折叠股对提取特征 | 第94页 |
| ·β折叠股对提取特征的小结和实例 | 第94-96页 |
| 第三节 平行和反平行β股的特征分析 | 第96-100页 |
| ·支持向量机分类 | 第96-98页 |
| ·支持向量机的分类结果 | 第98-99页 |
| ·随机分类的验证 | 第99-100页 |
| 第四节 氨基酸配对在β股排列方向中的作用 | 第100-104页 |
| 第六章 基于氨基酸配对偏好预测β股平行/反平行排列方向 | 第104-118页 |
| 第一节 预测β股的平行/反平行排列方向的意义和依据 | 第104-105页 |
| ·预测β股的平行/反平行排列方向的意义 | 第104页 |
| ·预测β股的平行/反平行排列方向的依据 | 第104-105页 |
| 第二节 基于氨基酸配对偏好编码β股对 | 第105-109页 |
| ·平均氨基酸配对编码矩阵 | 第105-106页 |
| ·编码β股对的方法 | 第106-107页 |
| ·编码β股对的实例 | 第107-109页 |
| 第三节 支持向量机的预测方法 | 第109-112页 |
| ·交叉检验 | 第109-111页 |
| ·评价指标 | 第111-112页 |
| 第四节 β股平行/反平行排列方向的预测结果 | 第112-116页 |
| ·支持向量机的预测结果 | 第112-113页 |
| ·支持向量机与其他一些机器学习方法的预测比较 | 第113-115页 |
| ·支持向量机对平衡样本集的预测结果 | 第115-116页 |
| 第五节 对β股平行/反平行排列方向预测的小结 | 第116-118页 |
| 第七章 β折叠股配对关联规律的探索 | 第118-129页 |
| 第一节 β折叠股的配对关联 | 第118-120页 |
| ·β折叠股的配对关联概述 | 第118-119页 |
| ·有关配对关联的几个定义 | 第119-120页 |
| 第二节 从β折叠距离考察β折叠股的配对关联规律 | 第120-123页 |
| ·β折叠距离的统计方法 | 第120-121页 |
| ·β折叠距离的统计结果 | 第121-123页 |
| 第三节 相邻β折叠股配对关联的氨基酸距离分析 | 第123-124页 |
| 第四节 不相邻β折叠股配对关联的间隔股片层系统同异分析 | 第124-127页 |
| ·BSD为2的间隔股的片层系统 | 第125页 |
| ·BSD为3的间隔股的片层系统 | 第125-127页 |
| 第五节 本章主要结论 | 第127-129页 |
| 第八章 配对β折叠股延伸末端的统计 | 第129-134页 |
| 第一节 配对延伸末端概述 | 第129-131页 |
| ·配对延伸末端和有关变量的定义 | 第129-130页 |
| ·配对相对位置的表示方法 | 第130-131页 |
| 第二节 配对延伸末端的统计结果 | 第131-134页 |
| 第三部分:生物信息软件或工具的开发 | 第134-188页 |
| 第九章 氨基酸配对可视化软件StrandPairsViewer的开发 | 第135-142页 |
| 第一节 生物信息软件或工具开发概述 | 第135-136页 |
| 第二节 StrandPairsViewer软件概述 | 第136-137页 |
| 第三节 StrandPairsViewer软件的设计与实现 | 第137-138页 |
| 第四节 StrandPairsViewer软件的主要特点 | 第138-140页 |
| ·β折叠数据的前处理 | 第138页 |
| ·用户数据集的管理 | 第138页 |
| ·β折叠的可视化 | 第138-139页 |
| ·简单的统计分析 | 第139-140页 |
| 第五节 StrandPairsViewer软件小结 | 第140-142页 |
| 第十章 生物大分子序列关系动态绘图软件SRD的开发 | 第142-161页 |
| 第一节 转化生物信息学和生物大分子的序列关系 | 第142-143页 |
| 第二节 SRD软件采用的主要绘图算法 | 第143-151页 |
| ·表示序列关系的矩阵和无向图 | 第143-144页 |
| ·带分类的无向图 | 第144-145页 |
| ·后台数据库 | 第145-147页 |
| ·图形布局算法 | 第147-150页 |
| ·图形热区 | 第150-151页 |
| 第三节 SRD软件的实现和特性简介 | 第151-156页 |
| ·SRD软件的实现平台 | 第151页 |
| ·SRD软件的性能 | 第151页 |
| ·SRD软件的特性简介 | 第151-155页 |
| ·SRD软件与其他同类软件的主要特性比较 | 第155-156页 |
| 第四节 使用SRD软件分析序列关系的实例 | 第156-159页 |
| ·帮助探察人类艾滋病病毒(HIV)传播途径的线索 | 第156-158页 |
| ·考察不同物种间血红蛋白基因的序列关系 | 第158-159页 |
| 第五节 本章小结 | 第159-161页 |
| 第十一章 其他生物信息软件或工具的设计与开发 | 第161-185页 |
| 第一节 时间序列数据读取和展示工具NRChart控件的设计与实现 | 第161-167页 |
| ·神经信息学和时间序列数据 | 第161-162页 |
| ·NRChart控件的主要设计思想 | 第162-165页 |
| ·NRChart控件的使用实例 | 第165-167页 |
| 第二节 膜片钳数据前处理软件PCDReader的开发 | 第167-172页 |
| ·膜片钳和膜片钳数据的前处理 | 第167-168页 |
| ·clsPulseData类模块的设计 | 第168-170页 |
| ·PCDReader软件的主要特点 | 第170-171页 |
| ·PCDReader软件的运行性能 | 第171-172页 |
| 第三节 LTP文本数据转换小工具LTPConverter的开发 | 第172-173页 |
| 第四节 通用纯文本处理软件超级记事本的开发 | 第173-179页 |
| ·超级记事本软件概述 | 第173-175页 |
| ·超级记事本软件设计的主要创新点 | 第175-176页 |
| ·超级记事本软件的使用举例 | 第176-179页 |
| 第五节 VB中增强滚动条控件类模块的实现 | 第179-185页 |
| ·滚动条控件 | 第179-180页 |
| ·程序设计和主要技术 | 第180-182页 |
| ·接口和调用方法 | 第182-183页 |
| ·增强滚动条控件类模块的主要特点 | 第183-185页 |
| 第十二章 结论 | 第185-188页 |
| 第一节 本文主要结论 | 第185-186页 |
| 第二节 本文主要创新点 | 第186-187页 |
| 第三节 今后的研究方向 | 第187-188页 |
| 参考文献 | 第188-200页 |
| 致谢 | 第200-201页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果 | 第201-202页 |
