| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第17-29页 |
| 1.1 测序技术概述 | 第17-19页 |
| 1.1.1 测序技术发展史 | 第17-18页 |
| 1.1.2 全基因组重测序 | 第18页 |
| 1.1.3 转录组测序 | 第18-19页 |
| 1.2 RNA编辑概述 | 第19-28页 |
| 1.2.1 RNA编辑的定义 | 第19-21页 |
| 1.2.2 RNA编辑的分子生物学功能 | 第21-22页 |
| 1.2.3 RNA编辑的检测方法 | 第22-24页 |
| 1.2.4 基于高通量测序的RNA编辑检测工具 | 第24-27页 |
| 1.2.5 RNA编辑在人和畜禽中的研究进展 | 第27-28页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| 第二章 猪7种组织RNA编辑位点鉴定与分析 | 第29-65页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第29-38页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第30-38页 |
| 2.2 实验结果 | 第38-61页 |
| 2.2.1 测序数据统计 | 第38-41页 |
| 2.2.2 RNA编辑位点鉴定 | 第41-42页 |
| 2.2.3 RNA编辑位点验证 | 第42-43页 |
| 2.2.4 RNA编辑位点的编辑类型与水平 | 第43页 |
| 2.2.5 RNA编辑簇和碱基偏好性分析 | 第43-44页 |
| 2.2.6 RNA编辑位点在染色体上的分布 | 第44-45页 |
| 2.2.7 RNA编辑位点的保守性分析 | 第45页 |
| 2.2.8 RNA编辑位点在基因组上的分布 | 第45-47页 |
| 2.2.9 CDS中的RNA编辑位点 | 第47-50页 |
| 2.2.10 3′UTR中的RNA编辑位点 | 第50-52页 |
| 2.2.11 RNA编辑位点组织特异性分析 | 第52-59页 |
| 2.2.12 RNA编辑位点与ADARs基因表达量相关性分析 | 第59-61页 |
| 2.3 讨论 | 第61-64页 |
| 2.3.1 RNA编辑位点的鉴定 | 第61-62页 |
| 2.3.2 RNA编辑位点的特征 | 第62页 |
| 2.3.3 RNA编辑位点在基因组上的分布 | 第62-63页 |
| 2.3.4 CDS中的RNA编辑位点 | 第63页 |
| 2.3.5 RNA编辑位点的组织特异性 | 第63-64页 |
| 2.4 本章小结 | 第64-65页 |
| 第三章 猪背膘厚高低组中差异RNA编辑位点筛选与分析 | 第65-83页 |
| 3.1 材料与方法 | 第65-68页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第65-66页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第66-68页 |
| 3.2 实验结果 | 第68-80页 |
| 3.2.1 RNA测序数据质量 | 第68页 |
| 3.2.2 DNA测序数据质量 | 第68-69页 |
| 3.2.3 测序数据比对统计 | 第69页 |
| 3.2.4 RNA编辑位点鉴定 | 第69-70页 |
| 3.2.5 RNA编辑位点的特征 | 第70-73页 |
| 3.2.6 差异RNA编辑位点的筛选 | 第73-74页 |
| 3.2.7 功能富集分析 | 第74-78页 |
| 3.2.8 CDS中的高低组差异RNA编辑位点 | 第78-79页 |
| 3.2.9 3′UTR中的高低组差异RNA编辑位点 | 第79-80页 |
| 3.3 讨论 | 第80-82页 |
| 3.3.1 RNA编辑的鉴定 | 第80-81页 |
| 3.3.2 高低组差异RNA编辑位点所在通路分析 | 第81页 |
| 3.3.3 CDS和3′UTR中的高低组差异RNA编辑位点 | 第81-82页 |
| 3.4 本章小结 | 第82-83页 |
| 第四章 猪RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2的克隆及分析 | 第83-114页 |
| 4.1 材料和方法 | 第83-92页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第83-84页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第84-92页 |
| 4.2 实验结果 | 第92-109页 |
| 4.2.1 猪脾脏总RNA的提取 | 第92-93页 |
| 4.2.2 猪ADAR1 基因cDNA克隆及分析 | 第93-98页 |
| 4.2.3 猪ADAR2 基因cDNA克隆及分析 | 第98-104页 |
| 4.2.4 猪ADAR1和ADAR2 基因的组织表达分析 | 第104-106页 |
| 4.2.5 猪ADAR2 转录本上的47bp插入 | 第106-109页 |
| 4.3 讨论 | 第109-113页 |
| 4.3.1 ADAR1 | 第110-111页 |
| 4.3.2 ADAR2 | 第111-113页 |
| 4.4 本章小结 | 第113-114页 |
| 第五章 全文结论 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-128页 |
| 附录 | 第128-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简历 | 第147页 |
