| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 课题来源 | 第12页 |
| 1.2 研究背景及意义 | 第12-15页 |
| 1.2.1 蛋白质组学 | 第12-13页 |
| 1.2.2 蛋白质鉴定相关问题 | 第13-14页 |
| 1.2.3 从头测序算法软件并行化问题 | 第14-15页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第15-17页 |
| 1.4 本文的主要研究内容及贡献 | 第17页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第17-19页 |
| 第2章 从头测序算法和MapReduce基础概述 | 第19-35页 |
| 2.1 串联质谱技术和鉴定方法 | 第19-22页 |
| 2.1.1 质谱技术简介 | 第20页 |
| 2.1.2 串联质谱谱图鉴定方法 | 第20-22页 |
| 2.2 从头测序算法 | 第22-26页 |
| 2.2.1 图论类方法 | 第22-25页 |
| 2.2.2 综合类方法 | 第25-26页 |
| 2.3 MapReduce与Hadoop平台 | 第26-30页 |
| 2.3.1 MapReduce原理 | 第26-27页 |
| 2.3.2 Hadoop介绍 | 第27页 |
| 2.3.3 Hadoop框架 | 第27-30页 |
| 2.4 Hadoop Streaming介绍 | 第30-34页 |
| 2.4.1 Hadoop Streaming原理分析 | 第30-31页 |
| 2.4.2 Hadoop Streaming编程方法 | 第31-34页 |
| 2.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第3章 基于MapReduce的PepNovo并行化研究 | 第35-46页 |
| 3.1 PepNovo算法简介 | 第35-38页 |
| 3.1.1 PepNovo算法框架 | 第35-37页 |
| 3.1.2 PepNovo软件流程 | 第37-38页 |
| 3.2 基于MapReduce的PepNovo并行方法 | 第38-41页 |
| 3.2.1 基于MapReduce的PepNovo并行化设计 | 第38-39页 |
| 3.2.2 基于MapReduce的PepNovo并行化实现 | 第39-41页 |
| 3.3 实验和结果分析 | 第41-45页 |
| 3.3.1 实验环境 | 第41页 |
| 3.3.2 Hadoop平台搭建 | 第41-42页 |
| 3.3.3 实验结果验证分析 | 第42-43页 |
| 3.3.4 实验结果性能分析 | 第43-45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 基于MIC的PepNovo并行化研究 | 第46-56页 |
| 4.1 MIC技术简介 | 第46-47页 |
| 4.2 MIC架构与编程模型 | 第47-50页 |
| 4.2.1 MIC架构 | 第47-48页 |
| 4.2.2 MIC编程模式 | 第48-50页 |
| 4.3 基于MIC的PepNovo软件并行方法 | 第50-52页 |
| 4.3.1 基于MIC的PepNovo软件并行化设计 | 第50-51页 |
| 4.3.2 基于MIC的PepNovo软件并行化实现 | 第51-52页 |
| 4.4 实验与结果分析 | 第52-55页 |
| 4.4.1 实验结果验证分析 | 第52页 |
| 4.4.2 CPU平台实验分析 | 第52-54页 |
| 4.4.3 MIC平台实验分析 | 第54-55页 |
| 4.5 本章小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 附录A 攻读硕士学位期间发表论文目录 | 第64-65页 |
| 附录B 攻读学位期间参与的研究项目 | 第65页 |
