大规模病原体特征序列检测
| 中文摘要 | 第3-4页 |
| 英文摘要 | 第4-5页 |
| 1 绪论 | 第8-11页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-9页 |
| 1.2 研究意义 | 第9页 |
| 1.3 本文主要研究工作与技术路线 | 第9-10页 |
| 1.3.1 技术路线 | 第9-10页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第10页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第10-11页 |
| 2 相关知识介绍 | 第11-27页 |
| 2.1 病原体特征序列的介绍 | 第11-12页 |
| 2.1.1 病原体特征序列的组成 | 第11页 |
| 2.1.2 DNA测序 | 第11页 |
| 2.1.3 核酸序列数据库 | 第11-12页 |
| 2.1.4 病原体特征序列的定义 | 第12页 |
| 2.2 生物信息平台介绍 | 第12-17页 |
| 2.2.1 集群计算平台介绍 | 第13-15页 |
| 2.2.2 集群中的任务调度 | 第15-17页 |
| 2.3 DNA序列比对 | 第17-21页 |
| 2.3.1 序列的相似性与同源性 | 第17页 |
| 2.3.2 序列比对概述 | 第17-18页 |
| 2.3.3 常见的序列比对算法 | 第18-21页 |
| 2.4 Blast算法 | 第21-26页 |
| 2.4.1 Blast工具介绍及使用 | 第21-22页 |
| 2.4.2 Blast算法原理 | 第22-26页 |
| 2.5 本章小结 | 第26-27页 |
| 3 病原体特征序列检测总体设计 | 第27-32页 |
| 3.1 研究技术路线 | 第27-29页 |
| 3.2 特征序列实现具体技术流程 | 第29-31页 |
| 3.3 本章小结 | 第31-32页 |
| 4 全基因组序列匹配信息库的建立 | 第32-44页 |
| 4.1 病原体序列数据格式的描述 | 第32-34页 |
| 4.2 MUMmer算法 | 第34-38页 |
| 4.2.1 全基因组序列比对 | 第34页 |
| 4.2.2 MUMmer算法的介绍 | 第34-36页 |
| 4.2.3 MUMmer算法的实现 | 第36-38页 |
| 4.3 使用集群调度系统实现并行计算 | 第38-42页 |
| 4.4 MUMmer结果分析 | 第42页 |
| 4.5 本章小结 | 第42-44页 |
| 5 特征序列计算及实现 | 第44-50页 |
| 5.1 匹配格式的转化 | 第44-45页 |
| 5.2 识别特征序列算法的实现 | 第45-48页 |
| 5.2.1 目标物种序列找出共享的序列 | 第45-46页 |
| 5.2.2 相对背景唯一的序列 | 第46-48页 |
| 5.3 计算出病原体特征序列 | 第48-49页 |
| 5.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 6 特征序列的验证及筛选 | 第50-54页 |
| 6.1 Blast做特征序列的计算筛选 | 第50-51页 |
| 6.2 筛选后结果展示 | 第51-53页 |
| 6.3 本章小结 | 第53-54页 |
| 7 总结与展望 | 第54-56页 |
| 7.1 本文工作总结 | 第54-55页 |
| 7.2 展望 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-59页 |
