| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第11-19页 |
| 1.1 向日葵锈病概述 | 第11页 |
| 1.2 DNA分子标记 | 第11-14页 |
| 1.2.1 限制性片段长度多态性(RFLP) | 第12页 |
| 1.2.2 随机扩增多态性(RAPD) | 第12页 |
| 1.2.3 简单重复序列(SSR) | 第12-13页 |
| 1.2.4 扩增片段长度多态性(AFLP) | 第13页 |
| 1.2.5 单链构象多态性(SSCP) | 第13页 |
| 1.2.6 单核苷酸多态性(SNP) | 第13-14页 |
| 1.3 效应因子在植物—病原菌互作中的作用 | 第14-18页 |
| 1.3.1 植物病原菌效应蛋白研究进展 | 第17页 |
| 1.3.2 效应蛋白的分类 | 第17-18页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第18-19页 |
| 2 基于向日葵锈菌转录组数据的SNP挖掘 | 第19-28页 |
| 2.1 数据来源 | 第19页 |
| 2.2 SNP的挖掘及分析 | 第19-20页 |
| 2.2.1 SNP挖掘 | 第19页 |
| 2.2.2 含SNP位点的unigene序列的功能注释分析 | 第19-20页 |
| 2.3 结果与分析 | 第20-25页 |
| 2.3.1 向日葵锈菌转录组数据SNP检测 | 第20页 |
| 2.3.2 SNP-unigene的功能注释 | 第20-21页 |
| 2.3.3 SNP-unigene的GO分类 | 第21-22页 |
| 2.3.4 SNP-unigene的COG功能分类 | 第22-23页 |
| 2.3.5 SNP-unigene的KEGG代谢通路分析 | 第23-25页 |
| 2.3.6 SNP-unigene的PHI比对 | 第25页 |
| 2.4 结论与讨论 | 第25-28页 |
| 3 向日葵锈菌遗传多态性 | 第28-39页 |
| 3.1 材料与试剂 | 第28-29页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第28页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第28页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第28-29页 |
| 3.2 实验方法 | 第29-31页 |
| 3.2.1 向日葵锈菌总DNA提取 | 第29页 |
| 3.2.2 总DNA质量检测 | 第29-30页 |
| 3.2.3 引物的设计 | 第30页 |
| 3.2.4 PCR反应体系 | 第30页 |
| 3.2.5 限制性内切酶的酶切反应 | 第30-31页 |
| 3.2.6 数据采集与处理 | 第31页 |
| 3.3 结果与分析 | 第31-37页 |
| 3.3.1 总DNA提取结果分析 | 第31-32页 |
| 3.3.2 PCR-RFLP片段多态性 | 第32-35页 |
| 3.3.3 通过UPGMA进行遗传相似性分析 | 第35-37页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第37-39页 |
| 4 向日葵锈菌效应蛋白的预测及筛选 | 第39-46页 |
| 4.1 数据来源 | 第39页 |
| 4.2 候选效应蛋白的预测及分析 | 第39-40页 |
| 4.3 结果与分析 | 第40-44页 |
| 4.3.1 不包含PFAM结构域的候选效应蛋白的筛选 | 第40-41页 |
| 4.3.2 对含有核定位信号(NLS)的候选效应蛋白的筛选 | 第41-42页 |
| 4.3.3 对富含半胱氨酸(SCR)候选效应蛋白的筛选 | 第42页 |
| 4.3.4 含内部重复序列(RCP)的候选效应蛋白的筛选 | 第42-43页 |
| 4.3.5 含有与其他病原菌类似结构基序的效应蛋白的筛选 | 第43-44页 |
| 4.4 结论与讨论 | 第44-46页 |
| 5 向日葵锈菌相关候选基因表达水平的实时荧光定量检测 | 第46-57页 |
| 5.1 实验材料 | 第46-48页 |
| 5.1.1 实验样品 | 第46页 |
| 5.1.2 实验基因 | 第46-47页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第47-48页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第48页 |
| 5.2 实验方法 | 第48-50页 |
| 5.2.1 样品总RNA的提取 | 第48页 |
| 5.2.2 RNA质量的检测 | 第48页 |
| 5.2.3 反转录合成cDNA | 第48页 |
| 5.2.4 荧光定量PCR引物设计 | 第48-49页 |
| 5.2.5 荧光定量PCR反应操作步骤 | 第49-50页 |
| 5.3 结果与分析 | 第50-55页 |
| 5.3.1 样品总RNA质量检测 | 第50-51页 |
| 5.3.2 引物检测锈菌表达候选基因条件确立 | 第51-52页 |
| 5.3.3 引物扩增效率分析 | 第52-54页 |
| 5.3.4 不同处理时间候选基因mRNA的表达水平 | 第54-55页 |
| 5.4 结论与讨论 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-67页 |
| 作者简介 | 第67页 |
