| 致谢 | 第5-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| 1 文献综述 | 第14-36页 |
| 1.1 鸡黑色素相关的质量性状的基因定位研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 鸡胫色性状的定位 | 第14-15页 |
| 1.1.2 肤色性状的定位 | 第15-17页 |
| 1.1.3 白羽性状的定位 | 第17-18页 |
| 1.2 黑色素的研究进展 | 第18-23页 |
| 1.2.1 黑色素细胞的起源、分化与形成 | 第19-21页 |
| 1.2.2 黑色素的产生、运输及沉积 | 第21-23页 |
| 1.3 集群分离分析法 | 第23-26页 |
| 1.3.1 集群分离分析法的原理和方法 | 第23-24页 |
| 1.3.2 集群分离分析法的应用 | 第24-25页 |
| 1.3.3 构建DNA混池的注意事项 | 第25-26页 |
| 1.4 新一代测序技术 | 第26-29页 |
| 1.4.1 新一代测序技术的原理 | 第26-27页 |
| 1.4.2 目标序列捕获 | 第27-28页 |
| 1.4.3 目标序列捕获测序技术的应用 | 第28-29页 |
| 1.5 拷贝数变异及其检测方法 | 第29-34页 |
| 1.5.1 家禽拷贝数变异的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.5.2 拷贝数变异的检测方法 | 第30-34页 |
| 1.6 分子标记及其研究方法 | 第34-36页 |
| 1.6.1 分子标记的发展 | 第34页 |
| 1.6.2 单核苷酸多态性 | 第34-36页 |
| 2 引言 | 第36-38页 |
| 2.1 鸡质量性状研究的重要性. | 第36页 |
| 2.2 本研究的目的、意义及主要研究内容 | 第36-38页 |
| 3 目标区域捕获测序技术定位鸡真皮黑色素抑制基因 | 第38-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第39-44页 |
| 3.1.1 试验样品采集和DNA混池的构建 | 第39页 |
| 3.1.2 目标区域捕获试剂盒的定制 | 第39-40页 |
| 3.1.3 混池文库的构建 | 第40页 |
| 3.1.4 目标区域捕获测序 | 第40-41页 |
| 3.1.5 测序数据的处理 | 第41页 |
| 3.1.6 定位鸡真皮黑色素抑制基因 | 第41-44页 |
| 3.2 结果与分析 | 第44-55页 |
| 3.2.1 混池文库的构建 | 第44-45页 |
| 3.2.2 捕获测序结果 | 第45-46页 |
| 3.2.3 测序数据的Mapping | 第46-48页 |
| 3.2.4 测序结果的SNV和In Del分析 | 第48页 |
| 3.2.5 SHOREmap分析 | 第48-51页 |
| 3.2.6 青胫DNA混池和白胫DNA混池的差异位点筛选与分析 | 第51-53页 |
| 3.2.7 不同胫色混池的基因型频率和基因型频率比值 | 第53-55页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第55-57页 |
| 3.3.1 基于集群分离分析法构建F2极端表型混池 | 第55-56页 |
| 3.3.2 目标区域捕获测序定位基因 | 第56页 |
| 3.3.3 基因型频率和基因型频率比值 | 第56-57页 |
| 3.4 本章小结 | 第57-59页 |
| 4 鸡真皮黑色素抑制基因的候选基因确定 | 第59-81页 |
| 4.1 材料与方法 | 第60-67页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第60页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第60-67页 |
| 4.2 结果与分析 | 第67-77页 |
| 4.2.1 鸡真皮黑色素抑制基因的位置候选基因 | 第67页 |
| 4.2.2 差异位点的基因分型 | 第67-70页 |
| 4.2.3 差异位点基因型与胫色的关联分析 | 第70-74页 |
| 4.2.4 鸡胫色性状的分子标记 | 第74页 |
| 4.2.5 位置候选基因的生物信息学分析 | 第74-76页 |
| 4.2.6 位置候选基因的组织表达分析 | 第76-77页 |
| 4.3 结论与讨论 | 第77-80页 |
| 4.4 本章小结 | 第80-81页 |
| 5 鸡乌肤性状原因突变的验证与分子标记开发 | 第81-92页 |
| 5.1 材料与方法 | 第82-85页 |
| 5.1.1 试验动物及样品采集 | 第82页 |
| 5.1.2 试验方法 | 第82-84页 |
| 5.1.3 试验数据的处理 | 第84-85页 |
| 5.2 结果与分析 | 第85-88页 |
| 5.2.1 标准曲线的制作 | 第85页 |
| 5.2.2 不同肤色的鸡种在EDN3位点的相对拷贝数 | 第85-87页 |
| 5.2.3 丝羽乌骨鸡与淅川乌骨鸡在EDN3位点的相对拷贝数 | 第87页 |
| 5.2.4 不同基因型个体在EDN3位点的相对拷贝数 | 第87-88页 |
| 5.3 结论与讨论 | 第88-91页 |
| 5.4 本章小结 | 第91-92页 |
| 6 全文结论、需进一步研究的内容及创新点 | 第92-94页 |
| 6.1 全文结论 | 第92页 |
| 6.2 需要进一步开展的工作 | 第92页 |
| 6.3 创新点 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-104页 |
| 附录 | 第104-106页 |
| 作者简介 | 第106-107页 |
